大家的印象中，TEE的探头那么粗，只有在成人心脏病中才能使用。其实，在儿童中也可以用。甚至，在婴幼儿中也可以。
1989年以前，TEE检查在儿童人群中的应用仅限于较大儿童（>7岁）。
随着超声技术的进步，小型化探头逐步出现，婴幼儿也可以接受TEE检查，主要用于检测心室功能、心脏瓣膜结构异常、血流动力学状态，并作为围术期管理和外科干预的指导。
在先天性心脏病患者的心脏矫正术中，在手术开始前或者体外循环（CPB）开始前，经食管超声有助于发现术前漏诊的病变。
有研究报道，在先天性心脏病矫正术中，术中TEE检查可以检测出约7.4%的残余心脏缺损，但是该中心随后又报道了术中TEE的残余心脏缺损识别率可以更高，其中检查者的熟练度对及时发现心脏缺损有着重要的影响，这也从另一个方面反映出术中TEE检查对于先天性心脏病患者具有重要作用。
我国也有小样本研究表明，TEE检查可以快速发现先天性心脏病患儿手术中封堵器周围残余分流，通过及时干预，所有患儿最终都康复出院。
房间隔缺损是常见的成人先天性心脏病，目前房间隔治疗的方法主要分为三类：外科修补手术，包括经胸骨正中切口体外循环辅助下直视修补术，经右侧胸骨小切口体外循环下直视修补术，或者胸腔镜辅助体外循环下修补术；经皮介入封堵术；经胸介入封堵术，即结合外科手术和介入治疗的杂交手术。同时，治疗方法也在不断改变：发展方向是，创伤小、安全性高、美观，并在不断的进步和改变中。
早期的心脏介入治疗中，医生和患者需要经常暴露在射线中观察封堵器的位置和封堵效果，同时患者也需要承受造影剂过敏甚至是加重肾功能损伤的风险，但随着TEE技术的不断发展与成熟，一方面医患双方介入暴露风险逐步降低；另一方面，TEE也避免了成人患者胸壁厚、胸腔深，介入暴露不良的弊端，可以实时动
态观察心脏的解剖结构，指导外科医生手术操作，术后及时反映封堵器的状态。
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