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2.在定量分析的方法设置上，尽可能提高扫描速率，提高准确率和重复性（可以通过a减小扫描质量数的范围来提高目标峰的扫描次数，或将一个样品全部分析时间断分成n个segments，对目标离子单独设置扫描模式）。3.一定要通过色谱柱分离后定量分析，避免竞争性离子的存在影响目标离子的离子化效率；如果目标分子未与竞争性分子完全分开，则在离子化过程中导致目标分子的离子化效率降低，导致样品分子的定量结果偏低，当然标准浓度的样品也要用相同的方法分析。4. 如果样品都是纯品的话可以不经过色谱柱直接进样分析，包括做标准曲线的样品（虽然不建议直接进样分析）。5.如果用的离子源的喷针位置是可移的话，一定要记住做标准曲线时其位置，否则其位置移动后在相同的条件下进入质谱的离子流量会发生改变，标准曲线就不能使用了！
6. 所建立的标准曲线一个月后如果想重复使用，则用QC样品检验一下该标准曲线！
7.对于已经建立好的分析方法在扫描范围、流动相的组成、梯度或流速等方面不要作任何改动，否则，标准曲线要重作。扫描范围改变目标峰的扫描次数、流动相组成改变离子化效率，流速改变色谱峰的保留时间和峰宽。
8.离子阱的强项在于多级－定性，四级杆的强项在于定量。
9.对于热稳定性不好的样品可以通过提高气速，降低毛细管温度的方法保证定量分析的重复性；一旦方法固定后不要轻易改动。
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解析未知样的质谱图，大致按以下程序进行：
（1）标出各峰的质荷比数，尤其注意高质荷比区的峰。（2）识别分子离子峰。首先在高质荷比区假定分子离子峰，判断该假定分子离子峰与相邻碎片离子峰关系是否合理，然后判断其是否符合氮律。若二者均相符，可认为是分子离子峰。（3）分析同位素峰簇的相对强度比及峰与峰间的Dm值，判断化合物是否含有C1、Br、S、Si等元素及F、P、I等无同位素的元素。（4）推导分子式，计算不饱和度。由高分辨质谱仪测得的精确分子量或由同位素峰簇的相对强度计算分子式。若二者均难以实现时，则由分子离子峰丢失的碎片及主要碎片离子推导，或与其它方法配合。（5）由分子离子峰的相对强度了解分子结构的信息。分子离子峰的相对强度由分子的结构所决定，结构稳定性大，相对强度就大。2.解析碎片离子
（1）由特征离子峰及丢失的中性碎片了解可能的结构信息。
若质谱图中出现系列CnH2n+1峰，则化合物可能含长链烷基。若出现或部分出现m/z 77，66，65，51，40，39等弱的碎片离子蜂，表明化合物含有苯基。若m/z 91或105为基峰或强峰，表明化合物含有苄基或苯甲酰基。若质谱图中基峰或强峰出现在质荷比的中部，而其它碎片离子峰少，则化合物可能由两部分结构较稳定，其间由容易断裂的弱键相连。（2）综合分析以上得到的全部信息，结合分子式及不饱和度，提出化合物的可能结构。
（3）分析所推导的可能结构的裂解机理，看其是否与质谱图相符，确定其结构，并进一步解释质谱，或与标准谱图比较，或与其它谱(1H NMR、13CNMR、IR)配合，确证结构。
2. 通过查阅文献等，了解样品其他知识，例如熔点，沸点，溶解性等理化性质，样品来源，光谱，波谱数据等， LC条件，可能的杂质，样品含量，色谱柱类型，规格，流动相，流速等等.原来溶剂，若不合适，N2吹干，再用甲醇或乙睛定量溶解.保存状况，对温度，光敏感否，送样前一定要摸好LC条件，能够基本分离，缓冲体系符合MS要求。3. 浓度非常低的样品不能保存太长时间，容器吸附、分解等原因使样品浓度降低，标准品工作液现配现做。4. 先定性后定量：
（1）首先，查看存在哪些离子，初步判断分子量，再进行PRODUCT SCAN，找出碎片信息，从中选定MRM需要测定的一对或更多离子对，为最后LC-MS/MS做准备。
（2）特征离子的质量色谱在复杂混合物分析及痕量分析时是 LC/MS测定中最有用的谱图，当样品浓度很低时，LC的TIC上往往看不到峰，此时，根据上一步得到的分子量信息，输入M+1或M+23等数值，观察提取离子的质量色谱图，检验直接进样得到的信息是否在LC-MS上都能反映出来，确定LC条件是否合适，然后进行MRM测定。碱性化合物宜用正离子方式，酸性化合物宜用负离子方式，如未知，可能正负都要做，有些化合物正负都出峰，选择灵敏度高的方式，不明确的优先用正离子方式试。
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