何为“液-液相分离”？
液-液相分离 (LLPS)是细胞中的一种物理过程，其中大分子自发地分离成浓相和稀相，产生生物分子冷凝物。这些浓缩物通过选择性浓缩蛋白质和核酸，帮助组织和浓缩生物分子，从而创造了一个多样的细胞环境。特定的分子域和基因突变可以驱动 LLPS 的形成， LLPS 可维持基因组稳定性，调节细胞信号转导，调节蛋白质质量、降解和酶活性。
“液-液相分离”与哪些疾病有关？
异常LLPS与人类多种疾病的发展有关，而且研究发现，它可能导致异常的蛋白质积累和沉积，从而促进神经退行性疾病、癌症、衰老和免疫系统疾病的发生和进展。
“液-液相分离”生信发文空间如何？
LLPS是个国自然新热点，也是顶刊常客，但查阅PubMed发现，已发表的LLPS相关生信文章只有几十篇，所以说还有超大空间待挖掘，蓝海领域速来！
话不多说，上实例：
这篇文章是一个非常典型的预后模型分析，最大的亮点就是LLPS选题，创新性高。所以仅以最简单的思路，加了一丢丢qPCR验证实验，2个多月就发了2区5分+，性价比超高，可复现性很强！
文章选题的创新性较高，发文空间大，正是挖掘好时机！只需简单分析即可成文，小记者上面已经罗列出了LLPS相关疾病，模仿这个思路换个疾病就能再发一篇，增加一些机器学习、单细胞分析等还能冲击更高分！做课题没想法？想实践没条件？小记者来帮你！创新思路设计、个性化生信分析方案定制，你所需的服务我应有尽有，欢迎来询~
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题目：液-液相分离相关信号预测食管腺癌的预后和治疗反应
杂志：Analytica Chimica Acta（IF=5.7）
日期：2024年10月
公众号回复“999”领取原文PDF，文献编号：241111
研究背景
食管腺癌（EAC）是世界范围内死亡的主要原因。新的证据表明，液-液相分离与恶性肿瘤有关。该研究旨在探讨液-液相分离在食管腺癌中的作用。
研究思路
首先从GeneCards 数据库中获得LLPS相关基因（LRGs），并在TCGA-EAC队列中检测其差异表达，差异表达的LRGs进行GO和KEGG分析。随后利用单变量和多变量Cox回归分析筛选预后基因，并构建LLPS风险评分。根据风险评分划分高低风险组，进行生存分析。基于临床特征和LLPS评分建立列线图。比较高低风险组间的免疫治疗反应和药敏性差异，并根据LLPS特征筛选出一些针对食管腺癌的小分子化合物。最后将LLPS评分在GEO外部队列和收集的临床样本中进行验证。
主要结果
1. LRGs鉴定和分析
首先从GeneCards 数据库中获得61个LLPS相关基因（LRGs），然后在TCGA-EAC队列中检测其差异表达，获得32个差异表达的LRGs。对其进行GO和KEGG分析显示LRGs与 DNA 复制、细胞代谢和一些 DNA 相关疾病密切相关（图1）。
图1：LRGs鉴定和分析
2. 预后LRGs的鉴定和LLPS预测模型建立
基于32个差异表达的LRGs利用单变量和多变量Cox回归分析筛选预后基因，得到2个基因（HSPA4 和 HNRNPA2B1）用于构建LLPS风险评分（图2）。根据中位风险评分划分高低风险组，进行生存分析，结果显示LLPS 评分低的患者总体生存时间明显延长，随着LLPS评分呈现上升趋势，患者的死亡风险也相应增加（图3）。随后整合了 LLPS 评分、性别、肿瘤分期和 TNM 分期开发了一个列线图来预测OS，校准曲线显示列线图预测的 OS 非常接近实际 OS，ROC曲线也显示了模型的良好预测性能（图4）。
图2：预后LRGs的鉴定
图3：生存分析
图4：列线图的构建
3. 突变和免疫治疗反应分析
用 MAF tools R 软件包分析了 78 例 EAC 患者的体细胞突变数据，结果显示TP53、TTN和 MUC16是高低评分组中的最常见突变基因（图5）。免疫治疗反应分析发现，在低 LLPS 评分组中，TIDE 评分降低，表明对 ICB 疗法表现出增强的反应性。基于 TMB，根据中位数将患者分为高 TMB 组和低组，发现低 TMB 的个体表现出显著的延长存活期的可能性（图6）。(（ps：生信想做的又快又好？一定得用服务器！生信日报提供服务器租赁服务，想要免费试用直接联系小记者，双11还有超多优惠等你来询）
图5：突变分析
图6：免疫治疗反应分析
4. 药敏性分析和靶向药物鉴定
使用“pRRophetic”软件包计算了分子靶向药物和化疗药物在高和低 LLPS 评分组中的近似 IC50 值。结果发现，低 LLPS 评分患者对贝沙罗汀、顺铂、伊马替尼和 Roscovitine更敏感（图7）。随后分析高低LLPS 评分组间的差异基因（SDEG），并根据SDEG从 CMAP 数据库中筛选靶向EAC的小分子化合物，共鉴定了 119 种潜在的小分子化合物。
图7：药敏性分析
5. qPCR验证
作者鉴定并选择了表达差异最显著的10个基因，在临床 EAC 和正常组织样本中进行 PCR验证，实验结果显示与分析结果一致（图8）。
图8：表达验证
小结
这篇文章的内容简单又有创新性，LLPS选题创新性较高，只需常规预后模型思路就完成一篇生信文章，分析简单并且容易复现。根据小记者提供的LLPS相关疾病，模仿这个思路换个疾病就能再发一篇！你说，选题方向搞不定拿不准？还想不费力的发高分文章？小记者来帮你！专业的思路设计和生信分析团队为您提供1V1的方案定制服务，有需要随时联系！生信分析离不了服务器，生信日报贴心上线【生信云服务器训练营】课程，线上视频课，30天一对一指导，让你轻松掌握服务器使用方法，点击下方链接即可参与~
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