Nature|ExM for poor people:膨胀显微成像的十年

文摘   2025-01-26 17:11   浙江  

1月13日,Naturetechnology features 栏目发表 ‘Expansion microscopy’ turns ten: how a tissue-swelling method brought super-resolution imaging to the masses 一文,回顾了膨胀显微成像技术(Expansion Microscopy, ExM)技术十年的发展历程。

图1 Nature 文章截图



科研 “穷鬼套餐”

科研人有自己的专属 “穷鬼套餐”。


2015年,来自麻省理工学院的神经科学家 Ed Boyden 和他的团队首次提出了ExM技术,并通过实验展示了其在显微镜下观察细胞细节的潜力。ExM的核心是通过让组织样本均匀膨胀突破传统显微镜的衍射极限,从而实现超分辨率成像。

图2 十年前(2015年)Boyden团队首次在Science提出ExM


传统显微镜的分辨率大约在200纳米左右,而ExM可以通过膨胀样本,提供超分辨率的成像效果,达到接近纳米尺度的分辨率。膨胀后的样本体积通常是原来的100倍,像被充气的物体一样,组织几乎呈现出半透明状。

ExM的一个重要优势是,它能够使用普通的荧光显微镜就实现纳米级别的成像分辨率,这使得这项技术大大降低了高端超分辨率显微技术的门槛。因此,ExM技术广泛普及,实验室预算有限的研究者也能使用。

来自荷兰拉德堡德大学的细胞神经生物学家 Anne-Sophie Hafner 评价ExM时说:“这是给穷人用的超分辨率技术”。(It’s the super-resolution technique for poor people.)

在过去的十年中,ExM技术得到了广泛的应用,全球已有超过700篇科研论文采用了这一技术。研究人员不仅不断改进ExM技术,使其更加多样化和精确,还将其与其他先进技术结合,用于探究蛋白质、核酸以及其他生物分子在空间中的组织和功能。通过膨胀样本,研究人员能够获得更加清晰的细胞结构图像,甚至可以达到单分子级别的精细观测。

虽然它无法用于活细胞成像,也无法提供像某些高端技术那样的原子级细节,但它的可用性和成本优势使其成为了一项重要的工具。



膨胀的魔法

Boyden和他的团队在2007年开始尝试用膨胀组织样本来实现纳米级成像,当时的想法看似异想天开。


实验初期,研究人员尝试了几种实验室现有的材料,但都没有成功。直到2012年,团队成员 Fei Chen 和 Paul Tillberg 找到了一种 “智能” 膨胀胶(‘smart’ gel)(与婴儿尿布相同的吸收材料),这种凝胶在水中膨胀后,能够让组织样本体积膨胀至原来的四倍以上,且样本变得透明,细胞内部的细节得以显现。

科学发现常常充满了偶然性和惊喜。Chen回忆道,当时看到样本膨胀的过程时,感觉就像是 “魔法”。

这个突破为ExM技术的诞生奠定了基础。之后,研究人员继续优化技术,最终确定了一种稳定、可重复的四步流程(见下图):

 1   Anchoring agent binds to the molecule of interest.

锚定剂与目标分子结合;

 2   A polymer is created and attached to the anchors.

聚合物生成并附着在锚定分子上;
 3   Other cell elements are removed by digestion.
通过酶解去除其他细胞成分;
 4   The gelling process causes the cell to expand. The result is that closely spaced objects can be distinguished more clearly.
凝胶化过程使细胞膨胀,因此可以更清晰地分辨间距较近的结构


图3 ExM的四步基本流程


ExM的核心流程包括将样本固定、锚定目标分子、加入智能凝胶原料并促使组织膨胀。在这一过程中,荧光探针(fluorescent probes)帮助揭示样本中的分子细节。整个过程通常需要一到两天完成,且操作步骤可以在Boyden维护的网站上找到。

ExM的简便性使得全球范围内的研究人员都能够掌握这一技术,即使在资源相对匮乏的地区(如文中列举的乌拉圭和加纳),ExM也已成为一种有价值的研究工具。



不断 “膨胀” 的膨胀技术

自问世以来,ExM技术正不断优化技术、扩展边界,以应对不同的挑战。


Boyden强调,ExM的核心内容保持不变,但各个步骤可以根据需要进行调整,这种灵活性使得ExM能够适应不同的研究需求。例如,华盛顿大学的 Joshua Vaughan 改进了荧光蛋白和抗体的使用,使得这一方法更简便快捷。其他研究团队也通过简化协议提升了ExM的实用性。

此外,瑞士的 Paul Guichard 和 Virginie Hamel 通过优化凝胶化学和固定过程,开发了一个适用于细胞器超微结构研究的变体——U-ExM(超微结构膨胀显微镜)。该方法成功揭示了微藻细胞骨架(cytoskeletal)的奇异形状,并在全球不同水域采样中揭示了生态变化的影响。

近期的技术进展进一步推动了ExM的边界。2024年10月,德国哥廷根大学医学中心 Rizzoli 团队开发的 “一步纳米级扩展”(ONE)方法,通过AI算法结合成千上万张荧光图像,能够以接近原子级的分辨率重建分子结构。

2021年,Boyden团队结合ExM开发了 “扩展测序” 技术(expansion sequencing)。该技术不仅可以生成小鼠大脑中的基因表达空间图谱,还成功应用于癌症组织活检,揭示免疫细胞与肿瘤细胞相互作用中的基因活动变化。

ExM技术的一个重要特点是,它不仅仅局限于单一的生物学数据,而是能够将不同类型的数据(如分子信息、结构信息等)结合起来,提供更全面的视野。



未来,精准医学

随着ExM进入第二个十年,越来越多的研究者和企业开始将其应用于临床和商业领域。


研究人员在基因疗法、视网膜细胞治疗等领域利用ExM优化治疗策略。业界,Panluminate 和 Expansion Technologies 等公司正在开发硬件和服务,以进一步推动ExM的应用,尤其是在大脑连接组学的研究中。同时,Magnify Biosciences推 出的ExM试剂盒使得研究者能够更加方便地进行ExM实验,降低了技术门槛。

ExM还展示了其在诊断领域的潜力。例如,通过ONE显微镜技术,研究人员能够在帕金森病患者的脊髓液中区分蛋白质聚集体(protein aggregates),从而为早期诊断和疾病监测奠定基础。Boyden 和 Yongxin Zhao 团队也通过ExM技术在人体活检样本中识别并分类乳腺癌和肾病综合征等疾病,显示出ExM在疾病诊断中的应用潜力。

尽管ExM在诊断领域的应用尚处于起步阶段,但随着技术的进一步发展,它可能会成为一个革命性的工具,帮助提高诊断的准确性,尤其是在早期发现疾病和评估疾病进展方面。

原文链接:

https://www.nature.com/articles/d41586-025-00059-6


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