全面充分地了解实验原理,掌握实验背后的底层逻辑;
熟悉实验的规范化操作流程,从一开始就养成规范操作的习惯(注:这点非常重要,有的同学可能做实验的时候马马虎虎,只追求结果,实验做出来了却连规范化的实验怎么做都不清楚,稀里糊涂的,还有可能把别人带“坑”里,查原始数据才发现实验都是错的,瞎折腾);
尽可能地了解你所用到的实验设备和试剂,当然也要对比别的同学所用耗材,事无巨细,这是我们查找实验问题最关键的一步(注:此步在实验设计阶段尽可能有个大致了解,具体了解基本上是等实验正式开始真正用到了,但最起码得知道要用到什么东西吧);
养成做好实验记录的好习惯:好记性不如烂笔头,最初实验设计是咋样的,后续进行了怎样的优化等等,越详细越好,任何一个被忽略掉的细节都有可能导致实验失败哦;
好的实验设计关键在于“灵活”,能保证条件随处可调的同时却不打乱实验节奏!
模板(cDNA):2ul; 上游(下游)引物:0.4ul; 无酶水:7.2ul; 预混液Mix:10ul; 总体积:20ul
A基因用样本1做,B基因用样本2做,依次类推;
每个基因的不同稀释梯度分别用样本1/2/3来做,但要注意调换哦,因为原液用量肯定大,所以4个基因原液要都用样本1那样本1肯定在正式实验开始前就被用完了;
要注意新手对内参基因不熟悉的情况下最好也做预实验。
3 数据处理及统计分析
3.1 背景介绍
实时荧光定量PCR (Quantitative Real-time PCR,qPCR)的数据分析主要有绝对定量法和相对定量法两种方法。
所谓绝对定量法,即对未知样品的拷贝数进行测定的方法,如血样中的病毒、支原体、衣原体的定量分析、食品中某一转基因成分的含量分析等。
而相对定量法主要是以某一内参基因做对照,进而比较两个或多个样本之间某一目的基因表达量的差异,常用于检测mRNA表达量的变化,以及在不同组织中mRNA表达量的差异等。其中,相对定量法是最常用的方法,其数据处理又包含双标准曲线法和2-△△Ct 法两种,并以2-△△Ct法最为常用。
因此,接下来主要围绕相对定量法中的2-△△Ct法简要介绍qPCR的数据分析过程,并进一步通过GraphPad Prism 8.0对统计分析及绘图作一简单介绍。
3.2 相对定量法
(1)目的基因Ct值的归一化:
ΔCt(实验组)=Ct(实验组的目的基因)-Ct(实验组的内参基因)
ΔCt(对照组)=Ct(对照组的目的基因)-Ct(对照组的内参基因)
(2)实验组ΔCt的归一化:ΔΔCt=各样本的ΔCt-对照组的ΔCt
(3)表达水平的差异倍数:2 –ΔΔCT
3.3 数据处理及统计分析
(1)qPCR结束,得到原始数据,粘贴到Excel表格中,仅保留位置及Cq值(注:Ct值与Cq值表达的意思基本一致,实验指南建议用Cq值来命名,所以不必纠结两者的名称,同等看待即可;此外,一定要明确自己的加样位置,以防分析出错);
(2)我们一般在实验中会设置复孔,所以第一步先求其平均值;
(3)第二步:计算ΔCt,用目的基因的Ct值减去内参基因的Ct值;
(4)第三步:计算对照组ΔCt的平均值;
(5)第四步:计算ΔΔCt,用ΔCt值减去对照组ΔCt的平均值即可;
(6)第五步:计算2–ΔΔCT(注:数据的排布方式可以按照个人习惯自由布局,另外样本较多时也仅需在此基础上添加即可,灵活变换哦);
(7)复制粘贴2–ΔΔCT值为数据模式,打开GraphPad Prism 8.0,新建Column(注:此处以两组间比较为例);
(8)复制粘贴数据至GraphPad Prism 8.0,点击Analyze,选择Normality and Lognormality Tests进行正态性检验,默认选项,点击OK,即可得到正态性检验结果;
(9)返回Table,点击t Tests,进行t检验 ;
(10)方差齐性检验:默认方差齐,方差不齐时返回Table,再次进行t检验,此时注意勾选第二个,即可得到统计结果。
(11)绘图:点击侧面Graphs里面的Data1(注:文件名都是可以重新命名的),即可生成图片;
(12)图片的美化及相关信息完善:此步操作简单,双击即可弹出格式设置窗口,按个人喜好选择即可,但仍需强调的是,一定要展示统计分析结果添加星号哦!
(13)全部处理完成,点击File→Export即可输出图片,还可以根据需要更改图片格式哦!(注:最好保留原始格式,这样后期只需要修改即可,无需再次分析和作图)
本文作者是"夏沫梦鸢"同学,在获得授权后,实验老司机将本文发表于公众号。
本文由作者根据自身经验总结而成,内容仅供参考。
文稿:夏沫梦鸢
校对:煲仔饭
素材:Canva
参考资料:
https://www.minipcr.com/product/qpcr-lab-principles-quantitative-pcr/
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