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Hortic Res 回看 | 宋小明：千种植物基因组数据库平台与使用

科技 2025-01-21 13:53 江苏

主讲文章：

Hortic Res | 华北理工大学宋小明课题组开发了首个大规模植物基因组学数据库平台

plantGIR database：

http://plantgir.cn

《园艺研究》第54期作者分享会，邀请了华北理工大学宋小明教授线上直播讲解了“千种植物基因组数据库平台与使用”的相关研究，约2500人次参与了本次直播。

精彩问答

问题1&2：平台里的gff、cds和pep文件都是标准化后的吗？是否有基因组重组判断的方法？

问题3&5：可以寻找目标基因在数据库其他物种中的直系同源基因吗？网站下载和ftp下载速度不到100k/s，请问后续会改进这个问题吗？

问题4：网站开发工作时长？后台是sql数据库吗？Scaffold和contig级别的基因组数据有收集吗？

问题6：大规模基因家族分析的大规模是怎么定义的呢？如果是一个物种内围绕萜类合成的多个基因家族的分析可以进行发表么？

问题7：基因家族类型比较多，包括转录因子、酶、转运蛋白等，为什么plantGIR的Browse部分重点注释了转录因子家族？

问题8&9：对于多物种基因家族的进化研究，需要使用野生种基因组而不能使用驯化种基因组吗？用多个物种的家族序列构建进化树后，个别拟南芥序列与前人的亚家族分组不一致，应该怎么解决呢？

问题10：请问这些基因组的蛋白序列是去掉可变剪接的蛋白序列还是包括一个基因的所有可变剪接的序列？

问题11：请问数据库中信息是自动爬取的，还是手工搜集的呢？您网站的工具是在您自己的服务器上直接调用的吗？

问题12：基因组中RNA编辑的部分是否有数据库呢？是用什么做参考基因组呢？还是与自身转录组或者blast比对RNA编辑的内容呢？

问题13：网站数据库后续会更新吗？多久更新一次？对于contig这种级别的基因组，找到同源序列后，再基于同物种的T2T建模重新预测同源蛋白这样效果可靠吗？

往期回顾

【第53期】PMAT—高效的植物线粒体图形化基因组组装工具开发及升级

【第52期】花色与多样性

【第51期】八倍体栽培草莓高质量单倍型基因组组装和应用

【第50期】柑橘类黄酮合成相关羟化酶CitF3'H的功能研究

【第49期】番茄“糖刹车”基因与风味育种

【第48期】黑胡桃基因组学和抗病及油脂代谢遗传基础解析

【第47期】RcMYB1参与月季花色和花香的调控研究

【第46期】枇杷基因组进化规律和抗旱调控基因功能解析

【第45期】猕猴桃T2T参考基因组绘制与quarTeT工具包开发

【第44期】萜类合酶基因在陆地植物中的起源和演化

【第43期】基因组学分析揭示花椰菜分步驯化与花球形成分子机制

【第42期】柑橘油胞发育之谜

【第41期】番茄表皮改造与环境适应

【第40期】一作手把手教你使用多组学大数据分析和可视化的工具

编辑：王平、陈新月（实习）

审核：尹欢、孔敏

《园艺研究》（Horticulture Research）是南京农业大学主办的英文学术期刊，采用开放获取形式，专注刊载和园艺作物有关，能引起广泛的国际和学科兴趣的基础和理论研究。

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