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按默认设置安装anaconda3，安装完成后有以下几个软件添加到了程序开始菜单：
Anaconda Navigator：图形用户界面，用于启动和管理应用、创建新环境以及安装、更新和卸载包。
Jupyter Notebook：基于web的交互式计算环境，支持实时代码、方程、可视化和markdown文本混合的文档。
Spyder：集成开发环境（IDE），专为科学计算设计，内含调试器、文件浏览器和变量查看器等功能。
Anaconda PowerShell Prompt：基于PowerShell语言的命令行操作界面。
Anaconda Prompt：基于CMD语言的命令行操作界面。
二、配置channels
在程序开始菜单找到并打开Anaconda Navigator，按图所示依次点击1和2后，在红框区域依次输入conda-forge和bioconda。
我们使用命令行创建一个专门用于单细胞分析的python虚拟环境，请在windows程序菜单中找到Anaconda Powershell Prompt并打开。
在命令行界面中依次输入以下命令创建环境并安装分析包
# 创建名称为scanpy，python版本为3.10的虚拟环境conda create -n scanpy python=3.10 --yes# 激活scanpy环境conda activate scanpy# 安装jupyter notebook内核，-i参数指定了清华镜像作为安装包来源，可以加快安装速度。pip install ipykernel -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepython -m ipykernel install --user --name scanpy --display-name "Scanpy"# 安装常用分析包pip install scanpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip install pooch -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip install scrublet -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip install doubletdetection -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip install bbknn -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip install scanorama -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip install gseapy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip install adjustText -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip install cellphonedb -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip install ktplotspy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip install palantir -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip install infercnvpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simpleconda install -c conda-forge fa2# 退出当前虚拟环境conda deactivate### pyscenic环境conda create -n pyscenic python=3.10 --yesconda activate pyscenicpip install ipykernel -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepython -m ipykernel install --user --name pyscenic --display-name "pySCENIC"#新版本numpy导致module 'numpy' has no attribute 'object'的报错，因此指定版本pip install numpy==1.23.5 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip install scanpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip install pyscenic -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simpleconda deactivate
以下是我的命令执行结果截图，没用过命令行终端的朋友可以参考。
conda activate basepip install jupyter_contrib_nbextensions -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplejupyter contrib nbextension install --userpip install jupyter_nbextensions_configurator -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplepip install yapf -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
nbextensions的主要功能有：
Table of Contents (2) ：在 Notebook 的侧边栏生成一个交互式的目录，方便用户快速导航到文档的不同部分。 Codefolding：提供代码折叠功能，允许用户隐藏或展开特定的代码块，使长篇幅代码更易于管理和阅读。 Collapsible Headings：允许用户点击标题以折叠或展开整个子部分的内容，有助于组织大型 Notebook 的结构。 Execute Time：在每个代码单元格旁边显示执行该单元格所需的时间。 Variable Inspector：显示当前 Notebook 中所有变量的名称、类型以及值，便于监控和调试程序中的变量状态。 Spell Checker：自动检查 Markdown 单元格中的拼写错误，并提供修正建议。 Hinterland：为代码单元格提供自动补全功能，提升编程效率。 Code Prettify：优化代码格式化，使得输出的代码更加美观易读。
咱们依次点击Files->New，看看Scanpy的环境是否可以显示。
在点击Nbextensions选项卡后勾选一些自己喜欢的辅助功能，点击之后可以在下方看到插件的详细说明。
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