大家好，今日分享单细胞项目的梳理以及转录组常遇到的问题~
书接上回，转录组项目有很多分类（转录组看的眼花缭乱？一文带你理清转录组项目！），今天重点了解单细胞转录组SMART项目与单细胞RNA测序。
1. 从实验样本、数据量上看，二者区别如下：
2. 研究目的不同，选用的项目也不同。高通量单细胞测序技术是对细胞群体进行单细胞表达谱的研究，主要用于不同类型细胞的分群研究。单细胞SMART测序是基于SMART技术的单细胞转录组测序方法。SMART技术原用于RNA的线性扩增，与单细胞技术结合可以实现对单个细胞内RNA的扩增和测序。
3. 单细胞转录组送样要求的区别
常见问题
1. 单细胞转录组和普通转录组的区别？
2. 植物snRNA-seq和scRNA-seq结果差异大吗？
snRNA-seq和scRNA-seq基因表达比例趋于一致；与scRNA-seq相比，snRNA-seq方法捕获到了更多样化且更具代表性的细胞类型群体。
3. 老师的样本是比较特殊的组织，含量很少，例如花药，还能做单细胞转录组吗？
我们要求植物组织1g以上，如果含量太低，客户尽量收集，我们抽核质检5000细胞核以上就可以做；否则推荐做SMART单细胞。
4. 做单细胞转录组需要参考基因组吗？
必须有参，无参考基因组：先做物种denovo基因组，或者全长转录组组装基因组。
5. 为什么植物研究中选择snRNA-seq而不推荐scRNA-seq？
抽核研究更便于样本保存和处理：
1. 研究对象广，新鲜样本、冻存样本以及较难制备原生质体组织均可适用，样品保存和运输更便捷；
2. 样本前处理的要求降低，对活细胞率的高要求转化为核膜完整即可, 对个别难于确保细胞质量的样本仍可开展研究。
抽核研究数据真实性更佳：
1.在细胞壁裂解过程中，植物易出现应激反应，出现转录偏好性，引入偏差，影响实验结果。snRNA-seq可以更大限度减少操作干扰，保真性更好。
2. 直接抽核，降低细胞类型偏好性，获取更全面的细胞类型，发现稀有细胞类型，挖掘新Marker基因；
3.核内基因更多保持了转录本的异构体和可变剪接信息；
4.与scRNA-seq在细胞分群上趋于一致，具有类似的基因检出率。
6. 有参考基因组，但是参考基因组质量不太好，有影响吗？
7. 参考基因组和转录组数据比对率（mapping）较低，一般是什么原因?
8. 什么是WGCNA分析？
9. 转录组后续验证一般通过什么方式？
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