云平台core分析专题工具介绍

文摘   2024-12-17 08:03   内蒙古  
同学们大家好,今天珂珂老师带给大家core分析专题的介绍,其中包括core分析的介绍和云平台相关工具的使用。

Part 1  core分析是什么?

core分析,也就是核心物种分析,在这个分析中,可以找到特有物种、共有物种(核心物种),进而对其进行相对丰度变化规律、组间差异性检验以及分类学组成统计等分析内容。


举个例子来说,假如有两个分组,他们的构成如下

那么,物种B和C就是两组的共有物种,也叫核心物种,物种A是组1的特有物种,物种B是组2的特有物种
在讲核心物种之前,首先我们来做一个概念区分——核心物种、优势物种、关键物种都是什么?

1

核心物种

大家都有的——多个群落中都识别到的共有物种

2

优势物种

最多的——丰度在群落中占绝对优势,会影响群落功能或某个特定的过程

3

关键物种

独特地位的,消亡会给群落带来巨大的改变——在微生物组高度连接的、对群落结构和功能中起重要作用且不因丰度和时空变化而改变的物种。

Part 2  core分析包括什么内容

主要是样本间、组间核心物种识别及可视化:组间Venn图、样本间花瓣图、核心物种箱线图、柱状图、堆积冲击图、饼图、桑基图等。

维恩图(Venn)and 花瓣图

01



Venn图适用于5组及以下的情况(也有6种只是不能成圆形),而超过5组的话就要用花瓣图来表示了。

通过看图大家可以得知,Venn图不光能展示共有和特有元素的信息,还能展示每两个或者多个分组的共有元素信息,这点花瓣图就做不到,只能展示共有元素和每组特有元素。

Part 3  core分析专题工具

平台上提供了维恩图(Venn)和花瓣图的工具,需要根据示例文件上传OTU丰度表和分组文件(注意是制表符分隔的txt格式的哦)来进行核心otu分析。

维恩图(Venn)工具提供了三种上传方法
第一种:直接输入。在框中填写组名和组内元素,适用于简单、少量信息

第二种:单个矩阵表格上传。上传表头为组名每列为对应元素的矩阵文件。适用于简单数据。

第三种:数据文件+分组文件上传。适用于复杂数据


此处根据示例文件上传OTU丰度表和分组文件(注意是制表符分隔的txt格式的哦),分析组间核心OTU和分组特有OTU。

otu丰度表

分组文件

在扩增子报告中,otu丰度表位于01.OTU.tax\01.OTU\02.normalize\otu_table.xls;

otu丰度表在扩增子报告中的位置

除此以外还可以上传各分类学物种丰度表:03.Community\01.tax_summary(样本)来分析不同分类学水平的共有物种和特有物种。或者其他矩阵表格以分析共有元素和特有元素。

出图后需在表格中填写分组名称,可以在线对图片参数进行修改,布局、颜色、字体都可以调整。

展示模式:Arial 或Sens-seirf
字体选择:Arial 或Sens-seirf 或Serif 或Monospace
字体大小:8px 9px 10px 11px 12px 13px 14px
是否需要根据统计列表显示统计信息:是 或 否
是否显示开关按钮面板(如提供三个以上列表):是 或 否
是否用问号(?)代替交叉点计数大小:是 或 否
选择列表中的元素:输入元素名

那今天的分享就到这里啦,同学们再见!

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