Part 1 core分析是什么?
核心物种
大家都有的——多个群落中都识别到的共有物种
优势物种
最多的——丰度在群落中占绝对优势,会影响群落功能或某个特定的过程
关键物种
独特地位的,消亡会给群落带来巨大的改变——在微生物组高度连接的、对群落结构和功能中起重要作用且不因丰度和时空变化而改变的物种。
Part 2 core分析包括什么内容?
维恩图(Venn)and 花瓣图
Venn图适用于5组及以下的情况(也有6种只是不能成圆形),而超过5组的话就要用花瓣图来表示了。
通过看图大家可以得知,Venn图不光能展示共有和特有元素的信息,还能展示每两个或者多个分组的共有元素信息,这点花瓣图就做不到,只能展示共有元素和每组特有元素。
Part 3 core分析专题工具
平台上提供了维恩图(Venn)和花瓣图的工具,需要根据示例文件上传OTU丰度表和分组文件(注意是制表符分隔的txt格式的哦)来进行核心otu分析。
第二种:单个矩阵表格上传。上传表头为组名每列为对应元素的矩阵文件。适用于简单数据。
第三种:数据文件+分组文件上传。适用于复杂数据
此处根据示例文件上传OTU丰度表和分组文件(注意是制表符分隔的txt格式的哦),分析组间核心OTU和分组特有OTU。
otu丰度表
分组文件
在扩增子报告中,otu丰度表位于01.OTU.tax\01.OTU\02.normalize\otu_table.xls;
otu丰度表在扩增子报告中的位置
那今天的分享就到这里啦,同学们再见!
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