近年来，赣州呼研所把更多的目光聚焦于科研成果的质量提升，通过人才引进、队伍重组、制度优化等一系列举措，有力地引导医院科研人员完成从对论文数量的追逐到对论文质量的转变，努力推进医院科研实现高质量且稳步的增长。
赣州市呼吸病防治研究所成立于2013年，历经十余年风雨，发展成集医、教、研、防于一体的现代呼吸疾病诊治与人才培养基地。
呼研所拥有完善的呼吸临床医学学科体系和呼吸研究支持团队。呼吸临床医学学科体系涵盖呼吸与危重症医学科、结核病科、感染病科、危重症医学科、胸外科。呼吸研究支持团队包括呼吸检验、呼吸影像、呼吸病理、实验部（赣州市呼吸疾病重点实验室）等组成部分。呼研所自成立以来，立足于市内外呼吸疾病防治的现实需求，研究方向可分为1.急性呼吸道传染性疾病的临床流行病学、中医诊疗、检验优化等；2.复治肺结核病治疗新方案、耐药结核患者的感染情况、影响因素及其预测模型构建；3.尘肺病的序贯治疗、肺康复应用及中医药网络药理学研究；4.艾滋病的临床诊疗研究及疑难罕见病例报道，艾滋病患者免疫重建炎症反应综合征队列研究；5.肺部肿瘤的新诊疗技术（如：EBUS、手绘导航、虚拟导航）的临床疗效研究。6.老年呼吸慢病的大数据人群研究。
呼研所将致力于实现医院呼吸学科群整体性、协同性、可持续性的发展，成为一所“呼吸学科全面、专科特色突出、科教能力显著”具有区域影响力的品牌研究机构。
