Plant Cell | 华中农业大学宁国贵课题组发现串联激活结构域可显著增强转录因子的转录激活活性

学术   2024-12-10 11:00   英国  


基因表达调控对维持细胞代谢稳态和控制生长发育至关重要(Levine & Tjian, 2003)。众所周知,转录因子(TFs)参与调控大量基因的表达调控,一般由DNA结合结构域 (DBDs) 和转录激活结构域 (ADs) 组成,其通过结合特定基因的启动子,激活转录复合体,启动基因表达调控。DBDs在同源蛋白中通常表现出结构上的保守性,而ADs一般位于转录因子的内在无序区域 (Erijman et al., 2020;Brodsky et al, 2021)。已有研究表明,大量转录因子参与调控作物的重要农艺及质量性状(Walzer et al., 2024,Wang et al., 2018,Wei et al., 2022),因此提高TFs的转录激活活性对生物改良、代谢工程和植物科学有重要作用。操纵TFs转录激活活性的方法可以让我们更好地探索TFs的功能,从而在系统和合成水平上推进植物基因工程。然而,迄今为止,尚未有报道通过操纵天然TFs的ADs来合成具有更强转录激活活性的TFs。



近日,华中农业大学园艺林学学院宁国贵课题组在国际学术期刊The Plant Cell在线发表了题为Boosting transcriptional activities by employing repeated activation domains in transcription factors的研究论文,利用调控花青素合成的MYB转录因子,发现了一种通过串联重复天然转录因子ADs增强其转录激活活性的方法。



该研究以两个调控花青素生物合成的R2R3-MYB转录因子,来自拟南芥中的AtPAP1(Arabidopsis thaliana和淫羊藿中的EsMYBA1Epimedia sagittatum为对象,发现过表达EsMYBA1拟南芥和烟草相比过表达AtPAP1拟南芥和烟草中合成积累更多的花青素,且EsMYBA1相比AtPAP1下游类黄酮合成关键基因的表达量更高,RNA-seq结果表明EsMYBA1相比AtPAP1对共同的下游基因具有更强的转录激活能力,说明同源基因之间转录激活强度存在显著差异。


图1 MYB转录因子调控花青素生物合成


从蛋白结构来看,R2R3-MYB转录因子一般由DBDs和ADs组成,这两个结构域对转录因子转录激活活性具有重要影响。作者以多种方式包括置换转录因子的DBDs和Ads、串联重复转录因子DBDs以及串联重复转录因子ADs,合成了一系列转录因子,通过遗传转化实验发现串联重复ADs能够促进烟草积累更高含量的花青素,且类黄酮合成相关基因的表达量显著提高,说明串联重复ADs能够提高转录因子的转录激活活性。同时,利用来自NAC、bHLH和EIL转录因子家族成员,进一步证明了合成TFs与天然TFs相比,其活性显著增强。这些发现加深了我们对TFs转录激活活性的理解,并表明通过串联重复天然TF中的ADs是一种广泛适用的能够提高TFs的激活能力的方法。


图2串联重复AtPAP1的 ADs合成转录因子的功能分析


综上所述,该研究提供了一种有效的方法,可以大大增加TFs的转录激活活性,对下游基因的不良影响最小。随着对重要TFs的持续挖掘,这种增强TFs活性的策略不仅为我们探索决定TF激活效力的机制提供了视角,而且对于加速基础研究、合成生物学、基因工程和基因治疗的进展也将变得越来越有价值。



华中农业大学园艺林学学院宁国贵教授为该论文的通讯作者,华中农业大学何超超博士(现为浙江省农科院博士后)梁跃博士后(现为中国农业大学副教授)陈润洲博士为该文共同第一作者,华中农业大学博士生李润慧,已毕业硕士研究生孙婷婷杜星倪晓梅,已毕业博士研究生申玉晓(现就职于河南农业大学),华中农业大学尚均忠副教授,华中农业大学何燕红副教授,华中农业大学包满珠教授,克莱姆森大学罗宏教授,云南省农科院王继华研究员,香港浸会大学廖攀教授,华中农业大学康春颖教授,康涅狄格大学袁耀武教授也参与了本研究工作。本研究得到了国家重点研发计划项目、国家自然科学基金和现代农业产业技术体系建设的支持。



参考文献:


  1. Levine M and Tjian R. Transcription regulation and animal diversity. Nature. 2003:424(6945):147–151. https://doi.org/10.1038/nature01763.
  2. Erijman A, Kozlowski L, Sohrabi-Jahromi S, Fishburn J, Warfield L, Schreiber J, Noble WS, Söding J, and Hahn S. A High-throughput screen for transcription activation domains reveals their sequence features and permits prediction by deep learning. Mol Cell. 2020:78(5):890-902.e6. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2020.04.020.
  3. Brodsky S, Jana T, and Barkai N. Order through disorder: The role of intrinsically disordered regions in transcription factor binding specificity. Curr Opin Struct Biol. 2021:71:110–115. https://doi.org/10.1016/j.sbi.2021.06.011.
  4. Walzer KA, Tandel J, Byerly JH, Daniels AM, Gullicksrud JA, Whelan EC, Carro SD, Krespan E, Beiting DP, and Striepen B. Transcriptional control of the Cryptosporidium life cycle. Nature. 2024:630(8015):174–180. https://doi.org/10.1038/s41586-024-07466-1.
  5. Wang J, Zhou L, Shi H, Chern M, Yu H, Yi H, He M, Yin J, Zhu X, Li Y, et al. A single transcription factor promotes both yield and immunity in rice. Science. 2018:361(6406):1026–1028. https://doi.org/10.1126/science.aat7675.
  6. Wei S, Li X, Lu Z, Zhang H, Ye X, Zhou Y, Li J, Yan Y, Pei H, Duan F, et al. A transcriptional regulator that boosts grain yields and shortens the growth duration of rice. Science. 2022:377(6604): eabi8455. https://doi.org/10.1126/science.abi8455.


论文链接:https://doi.org/10.1093/plcell/koae315

来源: BioArt植物


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