随着“三反”、“五反”运动的深入开展，一些地方再度出现市场停滞、交易清淡，私营工商业生产经营发生困难，部分工厂停工，工人失业。1952年3月14日，政务院发出《关于必须立即进行生产恢复交流活跃经济的指示》。虽然私营工商业的积极性有所提高，生产走向正常，但私营商业困难仍然很大，营业额下降，歇业户增多，失业人员大量增加。1952年11月15日，中共中央发出《关于调整商业的指示》，要求在全国范围内对公私商业关系进行调整。
为了加强对工商界的了解，帮助工商业者成员搞好公私关系和劳资关系，促进生产经营，民建设立了工商研究处，对私营工商业进行调查研究，反映他们的合理要求，帮助解决一些具体困难。1953年3月，民建总会常委会通过了《关于加强工商调查研究工作的决议》，决议把工商调查研究工作作为全年的中心工作，作为发展、巩固组织的条件和进行宣教工作的基础，各分支会都要设立工商研究机构，加强这方面的工作。在1953年4月召开的工商情况汇报会议上，一些代表反映私营工商业者存在程度不同的“五毒”行为和不服从国营经济领导的情况。同时，也反映了工商界在生产经营中存在的困难和问题。
根据这个情况，黄炎培带队进行了调查研究，先后整理了《各地工商业情况反映》《民建、工商联工商问题座谈纪要》《私营企业劳资问题现状的一斑》《私营工商业现存的问题和解决的办法建议》等调查报告送中共中央。黄炎培还多次写信给毛泽东，反映工商界接受社会主义改造的动态、工商界的意见要求。8月1日，民建总会通函各地加强“五反”原则的教育，提出“加紧号召成员首先严格检查自己，在私营工商业界起骨干带头作用，有效地防止‘五毒’行为的重犯，是我会当前头等重要的任务。”
在此过程中，民建一方面加强对成员的教育，一方面代表成员的合法权益，积极协助政府处理“五反”运动中的“退赔”问题。退赔的政策性很强，为做好工作，总会多次要求各级组织正确处理“退赔”问题，协助调整好公私关系、劳资关系。各地组织遵照上述精神，配合政府对工商户的违法所得数字反复进行了核实。在核定工商户的违法所得后，按照对偷税漏税所得只退1951年部分、基本守法户免于退补、半守法半违法户只退不罚等规定，确定了退补罚的户数和金额。这项工作，对调整公私关系、劳资关系发挥了重要作用。
