自交指来自同一个体的雌雄配子的结合或具有相同基因型个体间的交配或来自同一无性繁殖系的个体间的交配。
例如植物，雌雄同花植物的自花授粉或雌雄异花的同株授粉均为自交；动物，由于多为雌雄异体，所以基因型相同的个体间交配即为自交，其含意较植物要广泛些。
注意正确区分“自交”、“自由交配”和“近交”三个类似的概念，试做如下的辨析：
一是自由交配不同于自交。自由交配是指群体中的雌雄个体随机交配，而自交在狭义上是指植物的自花授粉或雌雄异花的同株授粉，一般来说，有性别决定的生物不能自交。可见自由交配与自交的界线分明，切不可混淆。
二是近交不同于自交。近交是指亲缘关系较近个体间进行的交配，亲缘关系相近的两个个体至少有一个共同祖先，一般以在祖代或曾祖代有共同祖先的两个体交配就算近交，在遗传学上属于完全或不完全的同型交配。可见，狭义上的自交与近交存在包含关系，如自花授粉植物就是最近的近交的典型。值得注意的是，近交是改良家畜的重要手段，但不是常规手段，因为近交会使群体均值下降，产生衰退。
在遗传学上，存在一词多用、一意多名的现象，如植物称自交，动物学中指自群繁育。
