偷偷问一下,关注了吗?
之前我们发布过一个函数(花里胡哨|GSEA结果展示新函数-gene rank-p.adjust-NES值展示)。关于GSEA的可视化。之前是微信群小伙伴告知的,因为是一篇审稿文章,所以没有列出参考,现在找到一篇Cell子刊,这也许就是出处:
#演示1-直接取前10term,修改下默认颜色
ks_plot_gsea(data = res,
term = res@result$Description[1:10],
labels_size=F,
up_rankColor = '#C21B00',
down_rankColor = "#2D8313")
#演示2-自定义terms,只有上调,默认颜色
ks_plot_gsea(data = res,
term = c("GnRH secretion",
"Calcium signaling pathway",
"Coronavirus disease - COVID-19",
"Ras signaling pathway"),
labels_size=F)
#演示3-随意选择需要展示的上下调结果,修改默认颜色
ks_plot_gsea(data = res,
term = c("GnRH secretion",
"Calcium signaling pathway",
"Coronavirus disease - COVID-19",
"Ras signaling pathway",
"Herpes simplex virus 1 infection",
"Alcoholic liver disease"),
labels_size=F,
up_rankColor = '#C21B00',
down_rankColor = "#2D8313")
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