(更新)复现Cell子刊图表:GSEA多组结果可视化函数

学术   科学   2024-08-09 10:02   重庆  

偷偷问一下,关注了吗

之前我们发布过一个函数(花里胡哨|GSEA结果展示新函数-gene rank-p.adjust-NES值展示)。关于GSEA的可视化。之前是微信群小伙伴告知的,因为是一篇审稿文章,所以没有列出参考,现在找到一篇Cell子刊,这也许就是出处:


(reference:Distinctive multicellular immunosuppressive hubs confer different intervention strategies for left- and right-sided colon cancers)

此外,小伙伴在使用过程中也发现了一些问题,主要是某些情况下会导致数据错误。基于此,以及这篇Cell子刊的文章,我们对函数进行了大的调整。第一:解决了小伙伴所说的问题。第二:区分了上下调,也就是NES是否大于0,用不同颜色表示。第三:仿照Cell子刊文章,增加一些注释,例如箭头等。第四:取消了气泡图,当然在函数中还是存在的,最终效果需要自己调整。函数参数如下:


看看效果吧:
#演示1-直接取前10term,修改下默认颜色ks_plot_gsea(data = res,             term = res@result$Description[1:10],             labels_size=F,             up_rankColor = '#C21B00',             down_rankColor = "#2D8313")

#演示2-自定义terms,只有上调,默认颜色ks_plot_gsea(data = res,             term = c("GnRH secretion",                      "Calcium signaling pathway",                      "Coronavirus disease - COVID-19",                      "Ras signaling pathway"),             labels_size=F)

#演示3-随意选择需要展示的上下调结果,修改默认颜色ks_plot_gsea(data = res,             term = c("GnRH secretion",                      "Calcium signaling pathway",                      "Coronavirus disease - COVID-19",                      "Ras signaling pathway",                      "Herpes simplex virus 1 infection",                      "Alcoholic liver disease"),             labels_size=F,             up_rankColor = '#C21B00',             down_rankColor = "#2D8313")

这样这个函数就可以了,函数使用解说视频已发布B站,有问题请观看!函数完整内容已发布微信VIP群,之前购买本函数的小伙伴可微信联系作者获取免费更新,函数其他个性化问题可自行调整!


END


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