当代年轻人主打一个"没苦不硬吃"---KS原创函数合集

学术   2024-08-29 09:59   重庆  

偷偷问一下,关注了吗

内容获取


1、购买打包合集(《KS科研分享与服务》付费内容打包集合),价格感人,可以加入微信VIP群(答疑交流群,甚至有小伙伴觉得群比代码更好),可以获取建号以来所有内容,群成员专享视频教程,提前更新,其他更多福利!


2、《KS科研分享与服务》公众号有QQ群,进入门槛是20元(完全是为了防止白嫖党,请理解),请考虑清楚。群里有免费推文的注释代码和示例数据(终身拥有),没有付费内容,群成员福利是购买单个付费内容半价!


需要者详情请联系作者(非需要者勿扰,处理太费时间):



走过路过,不要错过

也是经过很多小伙伴善意的提醒,我们写过很多东西,可即使是我们的VIP也可能不知道,某些内容我们出过。虽然检索也是可以的,但总归是很乱。当然打包合集(微信VIP群:《KS科研分享与服务》付费内容打包集合)整理是比较有规律的,很容易找到!所以我们将一个大类整理在一期,可以快速了解有什么内容,获取自己需要的(文件夹里有什么?2024年4月合集更新)。

此外,还有一个原因可能是因为公众号的问题,如果你没有将我们的号设置为星标,那么很难第一时间收到发布的内容,所以如果您觉得我们的内容还可以,有关注的价值,可以按照下面的步骤设置一下。找到手机订阅号,打开KS科研分享与服务公众号主页,点击右上角三个点,选择设为星标,这样我们彼此就不会错过了!


01









一些有用的可视化函数

原创函数放在:打包代码—原创函数合集文件夹!

我们在做可视化或者分析的时候,一直想在个性化的基础上简化这个流程,虽然基本的流程如果一步步做也是可以的,但是做起来很繁琐,所以,我们有很多内容都是致力于出一个简化的函数,让这个过程不那么繁琐!函数的使用我们B站“KS科研分享与服务”有视频解说!这里我们列举部分!


1、单细胞比例函数:统计细胞比例、统计学检验以及可视化!

点我跳转】nature级别图表:单细胞转录组细胞比例统计可视化函数


2、堆叠小提琴函数、可做两组间基因显著性分析!

点我跳转】ggplot堆叠图无缝拼接(自写一个简洁堆叠小提琴图函数)

3、注释气泡图函数:可视化单细胞marker基因,bulk热图、以及富集分析结果展示!

点我跳转】nature级别图表:一个注释气泡热图函数(适用于单细胞及普通数据)


4、GSEA结果展示函数:可进行GSEA分析及可视化!

点我跳转】复现Nature图表:GSEA分析及可视化包装函数

5、这个图片相信大家不陌生了,可视化celltype差异基因,很好的展示方式,我们包装为一个函数,可以省略繁琐过程,一键出图!

点我跳转】单细胞转录组多组差异基因分析及可视化函数有(更新)


6、展示差异基因数目函数
点我跳转】(原创函数:一键出图)单细胞多组差异基因展示及基因标注函数

点我跳转】BUG更新:单细胞多组差异基因展示及基因标注函数(视频教程)

7、scRNA(基于seurat)和scATAC(基于ArchR)marker基因可视化合体函数!

点我跳转】单细胞scRNA/scATAC之marker基因个性化展示气泡图函数(视频教程)

8、scRNA(基于seurat)和scATAC(基于ArchR)celltype比例展示函数!

点我跳转】单细胞scRNA-scATAC细胞比例堆叠注释柱状图函数

9、可视化marker基因的通用函数!

点我跳转】marker基因注释热图可视化函数(视频教程-通用函数)

10、单细胞SCENIC个性化分析-CSI及可视化,我们将计算和可视化都打包为一体函数,方便使用!
点我跳转】(视频教程-打破壁垒)单细胞SCENIC个性化分析之regulon module分析(CSI计算及可视化)

点我跳转】更新-SCENIC转录因子CSI计算及Module分析及可视化函数


11、单细胞通讯可视化函数!
点我跳转】弦图展示单细胞互作数目及受配体对(原创函数视频教程)

12、单细胞降维UMAP/TSNE可视化函数!
点我跳转】单细胞scRNA-scATAC降维聚类图修饰函数

13、满足ggplot2做热图的函数!
点我跳转】ggplot绘制聚类、注释热图函数

14、适用于常见细胞通讯分析cellchat/cellphonedb工具的结果可视化!
点我跳转】细胞通讯Cellchat V2和Cellphonedb V5细胞互作网络图函数(视频教程)
15、这是改编函数,总之简化了流程,一键个性化可视化cellchat结果!
点我跳转】基于cellchat互作分析:弦图展示细胞互作受配体对结果(一键函数)

16、Bulk RNA多组差异基因分析简化函数,可进行多组分析,也提供了常见的DEseq2、edgR、limma等方法供选择!
点我跳转】Bulk RNA(普通转录组)多组差异基因分析函数(视频教程)

17、一种新的GSEA结果可视化
点我跳转】(更新)复现Cell子刊图表:GSEA多组结果可视化函数

18、Cellchat受配体多组比较可视化!
点我跳转】连夜更新---别说两组了,这个cellchat多组比较气泡图函数10组也能做了
19、Cellphonedb受配体多组比较可视化!
点我跳转】连夜苦战---Cellphonedb v5受配体多组比较气泡图(原创函数)

20、VlnPlot小提琴图修饰
点我跳转】Seurat包VlnPlot小提琴图修饰---顺带一个函数展示基因表达小提琴图+细胞比例饼图

大概就是如此了,我们也会继续努力,提供更多有用的简化函数,方便分析及可视化,当然了,这里也并不是我们的全部,有些分析中,我们也会增加一些函数,简化您的分析,让你更加省时省力,在分析代码中注意即可,只不过这里不足以展示......

02







KS科研分享与服务
科研学习交流于分享,生信学习笔记,科研经历和生活!
 最新文章