❝1、《KS科研分享与服务》公众号有QQ交流群,进入门槛是20元(完全是为了防止白嫖党,请理解),请考虑清楚。群里有免费推文的注释代码和示例数据(终身拥有),没有付费内容,群成员福利是购买单个付费内容半价!
2、《KS科研分享与服务》微信VIP群只针对购买打包代码的小伙伴(公众号所有付费内容合集)!微信群不是单独的,是对于打包的人答疑解惑和交流的平台、群成员专享视频教程,帖子提前发布,以及其他更多福利!
点击:→ 加入微信vip群:2024-2025《KS科研分享与服务》付费内容打包集合
3、需进QQ群或者打包代码入微信VIP的小伙伴请添加作者微信了解,请备注目的,除此之外请勿添加,谢谢!
详情请联系作者:
❞
前言:
import pandas as pd
import glob
import os
#我们这里用最新的,定义cpdb的版本为5.0. 并下载database。
cpdb_version = 'v5.0.0'
cpdb_target_dir = os.path.join('./', cpdb_version)
from cellphonedb.utils import db_utils
db_utils.download_database(cpdb_target_dir, cpdb_version)
#下载后文件夹除了一个zip文件之外,我们得到了6格csv文件,这也是我们如果需要修改cpdb的时候操作的文件
#修改就在excel中手动修改就行了
from cellphonedb.utils import db_utils
cpdb_input_dir = "./re-bulid/"
db_utils.create_db(cpdb_input_dir)
# Created ./re-bulid/cellphonedb_07_25_2024_191116.zip successfully
%%bash
cd re-bulid/
ls -lh
-rw-rw-r-- 1 ks_ts ks_ts 117K Jul 25 19:11 cellphonedb_07_25_2024_191116.zip
-rw-rw-r-- 1 ks_ts ks_ts 56K Jul 25 19:10 complex_input.csv
-rw-rw-r-- 1 ks_ts ks_ts 64K Jul 25 19:10 gene_input.csv
-rw-rw-r-- 1 ks_ts ks_ts 497K Jul 25 19:10 interaction_input.csv
-rw-rw-r-- 1 ks_ts ks_ts 156K Jul 25 19:10 protein_input.csv
drwxrwxr-x 2 ks_ts ks_ts 4.0K Jul 25 19:10 sources
(左侧:原始数据库;右侧:更新数据库)
完整版代码以及构建后的数据库文件已发布微信VIP群,自信下载使用!