复现《Cell stem cell》图表:STRING互作分析+igraph绘制大型蛋白互作网络图

学术   科学   2024-07-20 12:55   重庆  
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这是发表在《Cell stem cell》上的一篇文章,当时复现还是花费了一番功夫,这里展示的是蛋白之间的互作网络。用图片查找,发现这种分析可视化并没有用烂,很多文章也在用,例如《Scientific reports》,那么你想做一个与众不同的基因或者蛋白互作分析的话,乘着还没有发现,赶紧做起来吧!这图放在文章中绝对拉风!!!

(Nicotinamide Ameliorates Disease Phenotypes in a Human iPSC Model of Age-Related Macular Degeneration)

作者简单描述了分析过程:

我们根据作者的方法描述,从最源头开始,差异的蛋白或者基因分析这里跳过,直接使用现成的数据,从STRING互作分析开始,直到igraph分析和可视化结束,最后对模块基因富集分析,用AI标注就完成了。我们使用的数据完成的效果如下:我们的代码进行了优化,更加容易理解。此外,增加了igraph形状的设置、module颜色的修改,文字标注设置等等。

第一步:准备显著性差异基因或者差异蛋白,最好有上下调标记!然后打开STRING网站主页(https://cn.string-db.org/)---选择左侧的multiple proteins---直接将基因名粘贴到右侧框中,并选择合适的物种。最后点击Search,点击Continue!

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