(原创函数)-Cellchat受配体多组比较气泡图函数

学术   科学   2024-08-15 10:00   重庆  

偷偷问一下,关注了吗

内容获取


1、购买打包合集(《KS科研分享与服务》付费内容打包集合),价格感人,可以加入微信VIP群(答疑交流群,甚至有小伙伴觉得群比代码更好),可以获取建号以来所有内容,群成员专享视频教程,提前更新,其他更多福利!


2、《KS科研分享与服务》公众号有QQ群,进入门槛是20元(完全是为了防止白嫖党,请理解),请考虑清楚。群里有免费推文的注释代码和示例数据(终身拥有),没有付费内容,群成员福利是购买单个付费内容半价!


需要者详情请联系作者(非需要者勿扰,处理太费时间):


Cellchat多组比较受配体可视化。有小伙伴给我一张图,是cellphonedb细胞通讯多组比较的,感觉图很好,所以复现一下。因为cellchat有现成结果,所以先从cellchat开刀,如果需要复现图,一步步也是能够实现的,只不过每一次都要修改多个参数,很繁琐。本着我们号以人为本的原则,我们干脆写一个函数吧,熬干自己,照亮别人,这样就没有任何痛苦了(完整版已发布微信VIP,请自行下载)。同时通过函数就可以实现图上所有的元素了。函数目前支持三组,因为是单个探究,所以组合的。如果需要多组,后期更新函数,改变成list输入就可以无限组别数了。

(reference:Single-cell transcriptome analyses reveal disturbed decidual homoeostasis in obstetric antiphospholipid syndrome)

看一下函数的参数(需要购买函数的小伙伴请添加作者微信):

视频演示解说参看B站:
https://www.bilibili.com/video/BV1ZreneNEmy/?spm_id_from=333.999.0.0&vd_source=05b5479545ba945a8f5d7b2e7160ea34

演示效果(两组):
ks_ccGroup_bubble(cellchat1 = HD.cellchat,                  cellchat2 = MDA.cellchat,                  analysis_cells = "Tcell",                  pathway=c("CCL", "MIF","MHC-II"),                  group_name1="HD",                  group_name2 = "MDA",                  tag_pos = c(0.5, 0.085))

ks_ccGroup_bubble(cellchat1 = HD.cellchat,                  cellchat2 = MDA.cellchat,                  analysis_cells = "Fibs",                  pathway=c("LAMININ","CXCL"),                  group_name1="HD",                  group_name2 = "MDA",                  tag_pos = c(0.43,0.06))

ks_ccGroup_bubble(cellchat1 = HD.cellchat,                  cellchat2 = MDA.cellchat,                  analysis_cells = "ECs",                  pathway=c("CCL","MIF","MHC-II","CD99"),                  group_name1="HD",                  group_name2 = "MDA",                  tag_pos = c(0.5,0.1))

看看三组效果:
ks_ccGroup_bubble(cellchat1 = HD.cellchat,                  cellchat2 = MDA.cellchat,                  cellchat3 = HD.cellchat,                  analysis_cells = "ECs",                  pathway=c("CCL","MIF","MHC-II"),                  group_name1="CTL",                  group_name2 = "MDA",                  group_name3 = "EE",                  tag_pos = c(0.5,0.06))



END

觉得我们分享有些用的,点个赞再走呗!

关注我们获取精彩内容:


关注不迷路:扫描下面二维码关注公众号!
B站视频号链接https://space.bilibili.com/471040659?spm_id_from=333.1007.0.0




关注 KS科研分享与服务,

认清正版优质内容和服务!

优质内容持续输出,物超所值!

合作联系:ks_account@163.com

新的板块-重要通知-双向选择

KS科研分享与服务
科研学习交流于分享,生信学习笔记,科研经历和生活!
 最新文章