10秒搞定六大蛋白质队列药靶SMR分析--SMRinR0.5.0史诗级更新！

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药靶多组学实乃发文利器！本工作室已产出3篇中科院一区药靶孟德尔随机化文章！

药靶靶点MR的使用有如下好处：①在缺乏临床试验数据的情况下，药物靶点MR可用于告知药物的潜在疗效和安全性，这类似于临床试验中的随机化。②药物靶点MR可能为没有有效治疗手段的复杂性状找到新的干预措施或确定新的潜在靶点。③药物靶点MR确定疾病的潜在靶点后，通过PheWAS分析候选药物的遗传预测变化对全表型组的影响，以确定药物靶点的潜在靶向副作用。

本工作室特为药靶多组学+PheWAS系列课程开发专用R包（SMRinR和mrasst包），内置海量数据，在线获取，高效运行，无需额外付费。

今天，特推出SMRinR包0.5.0更新，接下来让小编带大家一探究竟吧！

本工作室特开发全网首发SMRinR包，专为多组学药靶分析设计！现已经推出0.5.0版本，基本内容如下：

• ①10s完成六大蛋白质队列药靶SMR分析（deCODE, Fenland, UKB-PPP, INTERVAL, FinnGen_Olink, FinnGen_Somascan，全网最全最快）。

• ②六大蛋白质队列HEIDI和coloc均可在线完成，22T数据云端获取，不再额外收费。

• ③SMR结果可视化（火山图等）

1. 最新更新--加入了Fenland 4775蛋白质组及在线获取原始功能，来自中科院一区44.7分science DOI:10.1126/science.abj1541IF: 44.7 Q1 B1

2. 最新更新--FinnGen的Olink与SomaScan蛋白质组数据清洗完毕，IVs已经支持在线获取，原始数据云端获取。

3. 支持GTEx V8 49个组织及全血的eQTL和sQTL免费在线获取

4. 纯R语言的SMR+HEIDI test，全程无需制作二进制文件，较Yanglab方法方便、快速；

5. 纯R语言的共定位分析，现在可对蛋白质进行共定位分析；

6. 添加了SMR结果的可视化（火山图等）；

7. 统一了IVs筛选原则；

8.内置已经整理完毕的数据资源，可在线获取，高效分析，无需额外付费；

• pQTL--蛋白数量性状基因座--Fenland、deCODE、UKB-PPP、SCALLOP、INTERVAL、FinnGen的Olink与SomaScan数据
  

• eQTL--表达数量性状基因座--GTEx 49组织数据

• sQTL--剪接数量性状基因座--GTEx V8 49个组织数据
  

1. 药靶理论课--药靶MR基础知识、工具变量的选取、分析方法、文章解析

2. 老药新用--针对现有药物的重新利用

3. DrugBank、Ensembl、UniProt、ChEMBL等数据库的特点与使用

4. 首发！基于QTLs的全新靶点发现（pQTL，eQTL，mQTL，sQTL）--整合多个分子QTL数据，发现全新的药物靶点--QTLs （pQTL，eQTL，mQTL，sQTL）的介绍及获取方式，数据清洗等

5. QTLs 的利用：孟德尔随机化/SMR.exe/SMRinR包

6. SMR（summary-data-based mendelian randomization，基于汇总数据的孟德尔随机化）--原理+实操

7. HEIDI test（heterogeneity in dependent instruments test，依赖工具的异质性检验）--原理+实操

8. 药靶阳性对照分析的意义及实施

9. 贝叶斯共定位分析--coloc--原理+实操

10. 首发！多性状共定位分析--moloc和HyPrColoc--原理+实操

• moloc--整合GWAS汇总数据和多个分子QTL数据，以确定GWAS风险位点的调控效应（regulatory effects）的多性状共定位方法

• HyPrColoc--可以同时检测大量性状的共定位（例如，可以在大约1秒内联合分析100个性状），揭示复杂疾病的候选致病基因和途径的多性状共定位方法

11. 医豌豆工作室特研发出高效运行SMR的SMRinR package（蛋白药靶分析全流程解决方案），已推出0.5.0版本

• 10s完成六大蛋白质队列药靶SMR分析（deCODE, Fenland, UKB-PPP, INTERVAL, FinnGen_Olink, FinnGen_Somascan，全网最全最快）。

• 六大蛋白质队列HEIDI和coloc均可在线完成，22T数据云端获取，不再额外收费。

• SMR结果可视化（火山图等）

• 现有功能如下
  

• 最新更新--加入了Fenland 4775蛋白质组及在线获取原始功能，来自中科院一区44.7分science DOI:10.1126/science.abj1541IF: 44.7 B1

• 最新更新--FinnGen的Olink与SomaScan蛋白质组数据清洗完毕，IVs已经支持在线获取，原始数据云端获取。

• 支持GTEx V8 49个组织及全血的eQTL和sQTL免费在线获取

• 纯R语言的SMR+HEIDI test，全程无需制作二进制文件，较Yanglab方法方便、快速；

• 纯R语言的共定位分析，现在可对蛋白质进行共定位分析；

• 添加了SMR结果的可视化（火山图等）；

• 统一了IVs筛选原则；
  

• 内置已经整理完毕的数据资源，可在线获取，高效分析，无需额外付费；

• pQTL--蛋白数量性状基因座--Fenland、deCODE、UKB-PPP、SCALLOP、INTERVAL、FinnGen的Olink与SomaScan数据

• eQTL--表达数量性状基因座--GTEx 49组织数据

• sQTL--剪接数量性状基因座--GTEx V8 49个组织数据

12. 不断免费更新最新高分文章复现

• 柳叶刀子刊13.4分--二甲双胍与aging--Effects of putative metformin targets on phenotypic age and leukocyte telomere length: a mendelian randomisation study using data from the UK Biobank

• 中科院1区11.5分--降脂药物与银屑病--Association of Lipid-Lowering Drugs With Risk of Psoriasis: A Mendelian Randomization Study

• 中科院1区10.4分--循环蛋白与结直肠癌--Identification of novel protein biomarkers and drug targets for colorectal cancer by integrating human plasma proteome with genome

• 中科院1区9.7--线粒体基因与炎症性肠病-Multi-omic insight into the molecular networks of mitochondrial dysfunction in the pathogenesis of inflammatory bowel disease

• Q1区12.5分--GLP1R与癌症--Association of glucagon-like peptide-1 receptor agonists with risk of cancersevidence from a drug target Mendelian randomization and clinical trials

13. 绘图--共定位图、曼哈顿图、火山图等--美图助力SCI

• 共定位图--gassocplot2包绘制；locuscomparer包绘制

• 曼哈顿图--视频讲解及R语言代码

• 火山图--视频讲解及R语言代码

14. SNPLib包--chr和pos与RSID相互转换+补充缺失的EAF值！

针对近日某宝、某公众号倒卖相关课程、R包，特此提醒：

SMRinR包为药靶课程学员专用，未来不断更新内容及功能

任何非法获取倒卖均属违法犯罪行为

勿因一时贪图便宜而成为个人学术生涯污点