1、慢性萎缩性胃炎
中医认为本病由于过食生冷食物、或者过食肥甘厚味，或者抑郁过度，导致脾胃虚弱，阳气不足，胃纳呆钝，脾运失健，而发为胃脘痞满、疼痛。香砂六君子丸是治疗脾胃虚寒证的主要方剂，方中人参健脾益气、白术健脾燥湿；茯苓渗湿健脾；甘草益气和中；半夏理气化痰；陈皮行气健脾，燥湿化痰；木香健脾行气，化滞止痛；砂仁化湿醒脾，行气和胃，全方共奏益气健脾，化痰和胃之功。现代药理研究发现，香砂六君子丸能抑制胃粘膜瘀血、水肿等病理变化，减轻炎细胞浸润，减少上皮化生；能较好地拮抗胃粘膜的慢性损伤；促进胃液分泌，显著提高胃液游离酸度的排出量；增加已减少的胃窦G细胞，改善胃肠道的内分泌功能，还能调节细胞免疫及体液免疫功能；能抑制胃酸及胃蛋白酶分泌，有利于反流性胃炎的治疗；可延缓H+自胃腔向黏膜内的弥散，并阻止碳酸氢盐自上皮细胞表面向胃腔内的移行，从而保护胃黏膜，使其免受损伤；对胃黏膜出血有显著的治疗效果，对胃黏膜损伤有促进自愈的疗效，适用于慢性萎缩性胃炎脾胃虚寒证。
2、消化性溃疡
消化性溃疡在祖国医学中也早有记载，属于“胃脘痛”“心下痞”“呕吐”“心痛”等病范畴，为脾胃气虚是发病的关键，脾胃气虚则无力抵御外感邪毒乃至产生瘀血、食滞、痰饮等病理产物，而致脏腑气机失调，经脉不通，局部组织失养而形成溃疡。香砂六君子丸出自《太平惠民和剂局方》，是著名的健脾益气之方。处方以四君子汤为基础加减化裁而成，方中人参、白术、茯苓、炙甘草益气健脾，佐以陈皮、半夏和胃化湿，降逆止呕；伍以木香、砂仁疏通脾胃气滞，消胀散满，全方补气行气，用于脾虚气滞所致诸证。
现代药理学研究显示，香砂六君子丸可以调节胃液分泌，保护胃黏膜，这大概也就是香砂六君子丸在治疗溃疡上起到的主要的作用。香砂六君子丸对水杨酸钠引起的胃黏膜损伤有拮抗作用。现代药理也证实，香砂六君子丸在很多方面有调节作用，例如对免疫系统的调节上，香砂六君子丸可以很好地提高免疫力和改善消化功能。
3、肝硬化
肝硬化属中医的“鼓胀、黄疸、胁痛、积聚”等范畴。乙型肝炎后肝硬化的起始病因为肝炎病毒之邪，属于湿热疫毒之邪，痹着于肝胆，缠绵难愈，久之入于气血，气滞血瘀，伤及脏腑，致正气耗伤，虚实互见，治疗较为复杂。香砂六君子丸原方主治脾气虚弱之心下痞满证。方中人参甘温益气，健脾养胃；白术苦温，健脾燥湿，加强益气助运之功；茯苓甘淡，健脾渗湿。苓术合用，则健脾袪湿之功更著。半夏、陈皮益气和胃，燥湿化痰；木香、砂仁行气温中；炙甘草甘温，益气和中，调和诸药。因此香砂六君子丸可从整体改善患者机体功能，治疗肝硬化可起到标本兼治的效果，可改善患者肝脏功能并抑制肝脏纤维化。
4、功能性消化不良
中医根据症状．可以将功能性消化不良归属在“胃脘痛”、“腹胀”、“痞满”、“反胃”、“嘈杂” 等范畴。本病以脾胃气虚为本，气滞湿阻为标。临床治疗本病应以健脾理气化湿为原则。香砂六君子丸具有健脾和胃、理气止痛之功，方中党参、白术、茯苓甘温益胃，有健运之功；加陈皮理气散逆；半夏燥湿除痰；木香、砂仁行气调中止痛，与补虚药同用补而不滞，砂仁还能化湿行气，醒脾和胃。药理研究证明，香砂六君子丸具有抗消化性溃疡，双向调节胃肠道运动功能的作用；同时具有抑制胃酸分泌，促进胃粘液合成，保护胃粘膜，调节胃肠活动及增强免疫功能的作用。香砂六君子丸治疗功能性消化不良，可明显改善腹胀、纳差、恶心、呕吐等临床表现，也可促进胃动力障碍患者胃排空，提高胃排空率。
5、糖尿病胃轻瘫
传统医学认为糖尿病胃轻瘫属“痞满、胃缓”范畴，多因消渴久损素体，血瘀气滞，脾胃失营，湿浊阻塞，胃满内蕴所致；故治应以合胃健脾，祛湿降逆为主。香砂六君子丸方剂组成中白术益脾润肠，木香消积利气，人参补中温甘，砂仁补气醒脾，陈皮降气消滞，半夏止呕燥湿，而灸甘草则可调和诸药以奏合胃益气，健脾消积之效。香砂六君丸有助于降低糖尿病胃轻瘫患者胃肠激素水平，这可能是其加快胃肠运动，促进胃部排空功能主要机制。香砂六君丸治疗糖尿病胃轻瘫，有助于缓解患者胃部症状，改善排空功能，降低胃肠激素水平。
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