1、过敏性鼻炎
过敏性鼻炎在中医学中属于“鼻鼽”范畴，肺主鼻、其窍在鼻，通常认为该病病机为肺气肃降宣发功能失职，所致肺气不通而鼻窍壅塞。其病因主要为内伤与外感两个方面，主要病位在肺，因此治疗需以治肺为基础。玉屏风散即是临床上主要针对肺气虚见之病症常用的基础方剂。方中黄芪为君，性温补脾、益肺固表。以白术、防风为臣，白术益气健脾，且能够增强黄芪的药力；防风袪除风邪、扶正通窍。诸药合用以起到益肺健脾固表之功效。
现代药理学研究显示，黄芪的主要成分黄芪多糖可以帮助机体提高免疫功能，可以有效刺激IL-2等Th1类细胞因子的表达，而对Th2类细胞因子予以抑制、降低其表达，进而调节Th1/ Th2趋向平衡。防风水煎后提取液中具有抗变态反应成分 ，实验显示该成分可以对二硝基氯苯所引起的迟发性超敏反应以及毛细血管通透性过度增高进行有效抑制。白术提取成分能够激发巨噬细胞活性，促进非特异性免疫功能进一步增强。玉屏风散治疗过敏性鼻炎，有效的改善患者临床症状，降低血清IgE 与外周嗜酸性粒细胞（EOS）水平，缓解炎症反应。
2、慢性阻塞性肺疾病
医学认为慢性阻塞性肺疾病主责在肺脏，并同时与脾脏和肾脏均有关系，继则影响心，因此治疗应补脾肺肾、纳气平喘。玉屏风散作为治疗肺系疾病常用临床经验方，由黄芪、防风、白术组成，其中黄芪补气固表，有报道黄芪可影响慢阻肺患者T淋巴细胞亚群，激活肺泡巨噬细胞，增强其对病毒、细菌的吞噬作用；白术健脾助黄芪党参以加强固表之力，防风周行全身达体表而助黄芪以御风。临床研究显示，玉屏风散具有对于慢阻肺患者气道的修复和炎症的缓解作用，可以改善气道高反应性和气道重塑，并具有增强白细胞与吞噬细胞功能作用，提高免疫功能，减少疾病的发作次数，改善临床症状，预防急性发作，促进病情恢复。
3、咳嗽变异性哮喘
咳嗽变异性哮喘属于中医学“风咳”、“痉咳”、“哮咳”等范畴，“风”“痰〞“热”为主要病因，其临床治疗须以祛风解痉、宣肺化痰、清肺降逆为先，兼顾脾肾。玉屏风散出自朱丹溪所作的《丹溪心法》一书，此方中包含了白术，黄芪以及防风。其中黄芪以及白术是君臣合用，能够起到气旺表实的效果，同时与防风相互配合，达到祛风除湿功效。现代药理研究表明，对于肺卫气虚的患者而言，使用此药能够有效的改善其症状，提升免疫能力，从而使血清IgG、IgA逐渐升高。与此同时，淋巴细胞的转换率也呈上升趋势，而采用玉屏风散对咳嗽变异性哮喘进行治疗，能够有效的控制其症状，并使血清IgE逐渐下降。在此药方中，具有双向调节作用的药物是黄芪，当身体免疫功能逐渐下降时，其防风以及黄芪所具有的作用是相互的，对于免疫能力较低的患者而言，黄芪能够提升其免疫能力。
4、流感
玉屏风散药味组成少而精，只有黄芪、防风、白术三味药组成，其功效乃益气固表、扶正止汗、祛风御风等，主治表虚自汗，易感风邪。玉屏风散是中医扶正固本的经典方剂，是国家基本中成药，被《中华人民共和国药典》所收载。方中以黄芪为君药，内可大补肺脾之气，外可固表止汗，善补三焦之气而实卫；白术健运脾气以固表，助黄芪以加强益气固表，二药合用，使气旺表实，汗不外泄，邪不易侵；更佐防风走表以御风邪。黄芪与防风相得益彰，黄芪得防风，固表而不留邪；防风得黄芪，祛邪而不伤正。该方补中有散，散中寓收，既能补气健脾，又能燥湿祛风，具有标本兼治、扶正去邪的功能，临床多用于预防感冒，减少变态反应性疾病的复发。现代药理研究证实，玉屏风散对流感病毒感染有明显抑制作用，而且可灭活病毒，通过调节机体免疫力或干扰病毒免疫病理等途径达到防治流感的目的。
5、慢性湿疹
玉屏风散可用于治疗表虚不固且自汗恶风者，主要成分为黄芪、白术及防风。其中黄芪具有益气固表以及利水消肿作用，能够固卫止汗；白术可健脾补气，有助于黄芪功效发挥；防风可走表且能够御风邪。三者相互协调，起到固表祛邪且不伤及正气的功效。该药补益的同时又能够散邪，共同作用最终达到益气固表以及止汗效果。因此，将此方剂用于治疗慢性湿疹，可改善皮肤腠理，并缓解瘙痒症状。
湿疹患者多合并免疫功能失调，所以慢性湿疹具有易复发特点。因此，在治疗其临床症状同时，还需对其免疫功能予以调解。经现代药理学研究发现，玉屏风散能够提高机体抗过敏能力以及免疫力，进而降低过敏类疾病发生。其主要原因为，黄芪能够广泛调节机体免疫功能；白术对机体免疫起增强作用；防风阻滞各过敏介质释放，不但对过敏反应起到抑制作用，还可以抵抗炎性反应发生。玉屏风散治疗慢性湿疹，可对过敏症状加以纠正，并调节免疫功能，使其恢复至正常水平，预防复发。
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