低深度全基因组重测序(LcWGS),通过对群体中所有个体进行低深度测序,基于连锁不平衡原理对缺失基因型进行填充,得到全基因组范围内的高密度SNP。以其较低的成本和广泛的适用性,已成为解析种群遗传结构、探索基因变异以及促进动植物改良育种的重要工具。为方便各位读者查阅,小格将格致博雅既往发表LcWGS专题文章进行整理,以供参考。
技术对比:低深度重测序 vs. 全基因组高深度测序、简化基因组测序、SNP芯片?
高质量的基因型参考面板是LcWGS获取高精确度高密度全基因组位点信息的关键,格致博雅自建了猪和牛的高质量基因型参考面板,涵盖多个品种,可充分满足以上两种家畜的群体基因组学研究。另外,针对没有参考面板的其他物种,格致博雅提供了一整套解决方案以供参考。
文章指路☛:低深度重测序专题 | 基因型填充参考面板的构建策略
当前,基因组学研究的关键问题在于如何以低成本获取高密度标记,这一问题在大型基因组物种研究中尤为突出。LcWGS以降低测序深度来降低测序成本,也因此可以纳入更多样本量进行研究,从而获取更精准的群体信息,提升复杂性状的定位精度。
文章指路☛:低深度重测序专题|探究LcWGS的多元化应用场景
越来越多研究者开始利用LcWGS进行群体基因组学研究辅助育种改良。近日,一篇发表在Nature Communications上的研究,通过LcWGS对900只鸡进行全基因组重测序之后进行基因型填充的方法,既节约了研究成本,又获取到了精准的群体信息,可谓一举两得。
文章指路☛:低深度重测序(LcWGS)助力NC文章发表——多组学联合分析鸡产蛋性能的调控机制!
基于全基因组重测序进行全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是解析遗传调控机制的常用策略。然而在实际实践中,由于研究成本的限制,大基因组物种往往可纳入的样本量有限,这不可避免地会导致检验效能的降低。格致博雅提出基于LcWGS的GWAS解决方案,助力大基因组物种的GWAS研究,加快育种进程。文中还列举了部分大基因组动植物基因组数据以供参考。
文章指路☛:低深度重测序专题|LcWGS助力大基因组物种GWAS研究
格致博雅深耕分子育种领域,针对性地推出了LcWGS解决方案,以期在更多物种的遗传多样性领域贡献力量,进而助力在动植物育种、种质资源保护及疾病抗性研究领域的应用研究。后续小格将针对LcWGS推出更多干货推文,感兴趣的话,可关注格致博雅公众号以防走失。