低深度全基因组重测序(LcWGS)专题文章合集

文摘   2024-11-13 15:13   北京  


低深度全基因组重测序(LcWGS),通过对群体中所有个体进行低深度测序,基于连锁不平衡原理对缺失基因型进行填充,得到全基因组范围内的高密度SNP。以其较低的成本和广泛的适用性,已成为解析种群遗传结构、探索基因变异以及促进动植物改良育种的重要工具。为方便各位读者查阅,小格将格致博雅既往发表LcWGS专题文章进行整理,以供参考。


技术对比:低深度重测序 vs. 全基因组高深度测序、简化基因组测序、SNP芯片?

LcWGS作为继高深度全基因组重测序、简化基因组以及SNP芯片之后发展出的新一代高通量基因分型技术,凭借其低成本获取高密度全基因组位点信息的优点,在动植物育种领域展现出了无限潜力。
文章指路☛:育种应用|全基因组低深度重测序究竟潜力如何?


低深度重测序项目开展的关键——高质量基因型参考面板

高质量的基因型参考面板是LcWGS获取高精确度高密度全基因组位点信息的关键,格致博雅自建了猪和牛的高质量基因型参考面板,涵盖多个品种,可充分满足以上两种家畜的群体基因组学研究。另外,针对没有参考面板的其他物种,格致博雅提供了一整套解决方案以供参考。

文章指路☛:低深度重测序专题 | 基因型填充参考面板的构建策略


低深度重测序应用场景有哪些?

当前,基因组学研究的关键问题在于如何以低成本获取高密度标记,这一问题在大型基因组物种研究中尤为突出。LcWGS以降低测序深度来降低测序成本,也因此可以纳入更多样本量进行研究,从而获取更精准的群体信息,提升复杂性状的定位精度。  

文章指路☛:低深度重测序专题|探究LcWGS的多元化应用场景


低深度重测序助力多篇最新高分文章发表

越来越多研究者开始利用LcWGS进行群体基因组学研究辅助育种改良。近日,一篇发表在Nature Communications上的研究,通过LcWGS对900只鸡进行全基因组重测序之后进行基因型填充的方法,既节约了研究成本,又获取到了精准的群体信息,可谓一举两得。

文章指路☛:低深度重测序(LcWGS)助力NC文章发表——多组学联合分析鸡产蛋性能的调控机制!


低深度重测序如何助力大基因组物种GWAS研究?

基于全基因组重测序进行全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是解析遗传调控机制的常用策略。然而在实际实践中,由于研究成本的限制,大基因组物种往往可纳入的样本量有限,这不可避免地会导致检验效能的降低。格致博雅提出基于LcWGS的GWAS解决方案,助力大基因组物种的GWAS研究,加快育种进程。文中还列举了部分大基因组动植物基因组数据以供参考。

文章指路☛:低深度重测序专题|LcWGS助力大基因组物种GWAS研究


格致博雅深耕分子育种领域,针对性地推出了LcWGS解决方案,以期在更多物种的遗传多样性领域贡献力量,进而助力在动植物育种、种质资源保护及疾病抗性研究领域的应用研究。后续小格将针对LcWGS推出更多干货推文,感兴趣的话,可关注格致博雅公众号以防走失。






北京格致博雅生物科技有限公司(简称“格致博雅”)是国内领先的高通量测序和生物信息学技术研发企业,自成立以来始终秉持着“让生命可知”的愿景,专注于动植物多组学测算服务,致力于为育种 4.0 提供智能化解决方案。格致博雅具备完整的基因检测技术链,拥有自动化的样本前处理平台、超高通量 DNBSEQ-T7 测序平台以及配备有大量自研数据处理流程的高性能计算中心,以“大数据+生物技术”为核心竞争力。格致博雅搭建有多基因分型检测、高通量测序和动植物多组学数据挖据的生物育种底层技术平台,提供基因组测序与分析、单细胞及多组学测序与分析和宠物基因检测三大技术服务。格致博雅现已获得北京市“专精特新”中小企业、国家高新技术企业、中关村高新技术企业、北京市“创新型”中小企业、ISO9001 质量体系认证等多项荣誉资质。 



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