畜禽单细胞转录组研究新视角:全面解析高分文章细胞捕获数量分布

文摘   2024-09-05 18:17   北京  

单细胞测序技术作为解析细胞异质性的关键利器,已逐步在生命科学领域展现具大应用潜力。近年来,随着基因组学的发展、单细胞测序通量的提高、测序成本的降低,单细胞转录组测序技术不再局限于医学领域,非模式生物的研究热度也在不断攀升。


我们对10× Genomics、DNBeLab C4官网已发布的所有畜禽单细胞文章进行统计,结果显示,在牲畜(猪、牛、羊)、禽类(鸡、鸭)等高经济价值动物领域,单细胞测序技术已成为科研创新的核心驱动力。研究方向包括分子育种、发育生物学、细胞图谱构建,此外还涉及动物疫病、异种移植免疫反应等疾病模型的相关研究。



不同畜禽类型高分文章(部分)





捕获细胞数

捕获细胞数作为单细胞转录组测序项目的核心质量指标,其数量直接关乎细胞亚群鉴定的全面性与精准度,是确保研究结果可靠性的基石。


常见畜禽捕获细胞数分布

我们基于已发表的高分畜禽单细胞测序文章,首先从猪、牛、羊、禽类等物种维度进行总结,结果显示各物种捕获细胞中位数分布范围为8000-10000,不同物种间捕获细胞数基本无显著差异。



不同动物组织捕获细胞数分布

鉴于畜禽动物研究领域的广泛性,涵盖了多样化的器官与组织,这些组织因其独特的生理与结构特性,导致在单细胞捕获过程中展现出不同的效率水平,从而进一步影响了细胞捕获的整体效果。


我们对畜禽单细胞测序文章不同组织类型捕获细胞数进行总结,中位数分布范围为6000-15000。包括但不限于胃、肺、卵巢、睾丸、肌肉、各种肠道组织、乳腺、胸腺、唾液腺、胚胎、皮肤、脾脏、肾脏、心脏、脂肪组织、脑及不同脑区以及外周血单个核细胞(PBMC)。


其中胚胎、心脏、肾脏由于发育阶段、细胞类型、组织致密性和结构复杂性等因素,捕获细胞数分布水平整体较低(中位数:4000-6000)。



格致博雅不同组织捕获细胞数分布

同时,我们对格致博雅近一年数千例畜禽样本的各类器官类型捕获细胞数进行统计,所有组织类型捕获细胞中位数均>8000,满足客户发高分文章的需求。





综上,畜禽单细胞测序研究中,捕获细胞中位数主要集中在8000-10000,不同物种间的捕获细胞数大致相同,不同组织类型因生理与结构差异导致捕获细胞数有所变化。格致博雅承诺所有项目捕获细胞数>8000,可满足高质量研究及高分文章发表的需求。







北京格致博雅生物科技有限公司(简称“格致博雅”)是国内领先的高通量测序和生物信息学技术研发企业,自成立以来始终乘持着“让生命可知”的愿景,专注于动植物多组学测算服务,致力于为育种 4.0 提供智能化解决方案。格致博雅具备完整的基因检测技术链,拥有自动化的样本前处理平台、超高通量 DNBSEQ-T7 测序平台以及配备有大量自研数据处理流程的高性能计算中心,以“大数据+生物技术”为核心竞争力。格致博雅搭建有多基因分型检测、高通量测序和动植物多组学数据挖据的生物育种底层技术平台,提供基因组测序与分析、单细胞及多组学测序与分析和宠物基因检测三大技术服务。格致博雅现已获得国家高新技术企业、中关村高新技术企业、北京市“创新型”中小企业、ISO9001 质量体系认证等多项荣誉资质。

格致博雅生物科技
Make Life Predictable
 最新文章