· 爱基百客云平台小工具使用
1.1 爱基百客云平台小工具科研常用绘图之Venn图
1.2 参数设置
1.3 任务查看
1.4 结果
1.4.1 Venn图
1.4.2 交集元素表格首先,打开爱基百客官网:http://www.igenebook.com;点击菜单栏最右侧“云平台”按钮。
登陆后,如下图,我们进入到小工具专栏。当前云平台已上线了32款小工具供大家使用,包括基础绘图,高级绘图,差异检验,聚类分析,序列处理等子模块,本着用户至上的理念,平台小工具将会持续更新维护,积极接受用户的反馈和意见。
Venn图(Venn diagram)是一种用于展示两个或多个集合之间的关系的图形表示方法。它由英国逻辑学家和数学家约翰·Venn在1880年首次提出。Venn图的主要目的是通过两个或多个重叠的(椭)圆形区域来表示集合之间的交集、并集以及差异。每个(椭)圆形代表一个集合,圆形之间的重叠部分表示两个集合的交集,即同时属于这两个集合的元素。圆的一部分位于另一个圆之外表示该元素属于这个集合,但不属于另一个集合。
当生物信息学研究需要整合来自不同来源的数据时,Venn图可以帮助识别数据集之间的共同和独特元素,从而推进数据挖掘。不过,随着数据集的增加,Venn图的复杂度也会增加,如超过四集合Venn图对于人类视觉来说可能难以准确解释。在这种情况下,可以使用更复杂的图形表示方法,如upset图或者花瓣图。这两种图形爱基百客云平台均有提供可视化小工具。
爱基百客云平台Venn图可视化地址:http://124.71.149.47:5000/smalltools/detail?id=1675798338525478913。
下面我们进行韦恩图可视化实操练习。
输入文件:支持txt(制表符分隔)文本文件,以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。
填写好上述所有的参数后,点击提交即可。
您可在任务管理栏中查看任务的运行情况和结果。默认情况下新任务将会在最上方展示。也可通过任务名、任务编码、日期点击查询,找到需要的任务。如下图:当状态成功时,表示任务成功结束。
点击下载按钮可直接打包下载全部结果。点击查看按钮可在线查看结果。
您可在在线查看结果后选择是否下载保存。另外如果结果较多时,结果展示区还可通过点击左侧或右侧的箭头进行图片切换。您可挑选自己感兴趣的结果图片进行下载保存。
也可根据自己的喜好换个配色试试。如使用”#e4c9b2”,“#f1c2a5”,“#f49d98”,“#fcd68f”这组粉色系。
交集元素表格如下表所示:
该表格总结了不同元素集合组合的计数和值信息。每行代表一种特定组合的状态。前面若干列代表的是输入的元素集合状态(TRUE 代表参与交集,FALSE代表的是不参与交集),倒数第二列是满足组合状态下的值,最后一列代表的是具体组合状态的交集元素。 如FALSE TRUE TRUE TRUE 1 AFLA_114050表示RNA_DOWN、ChIP_UP、ChIP_DOWN三组交集元素有一个,为AFLA_114050。
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