本期文章就来介绍一下这些基于表观的国自然热点如何研究？
2. 如何研究RNA甲基化？
前期的我们单独写过针对m6A的推文《RNA甲基化修饰m6A简介及研究思路》，m5C RNA甲基化和m7G RNA甲基化的研究思路也是类似的，具体研究思路如下：
3.RNA甲基化研究相关产品：
单基因m6A位点检测技术：可提供MeRIP-qPCR，SELECT；
机制研究：RNA-seq、RIP-seq/qPCR。
2. 如何研究DNA甲基化？
3. DNA甲基化研究相关产品：
整体水平检测：同RNA甲基化一样，可提供Dot-blot和LC-MS/MS；
基因组水平检测：可提供甲基化金标准测序技术WGBS-seq以及基于特异性抗体的测序技术MeDIP-seq；
单基因甲基化位点检测（主要针对m5C）：可提供高通量BSP测序TBS-seq、基于飞行质谱法的MassArray以及基于抗体的单位点验证技术MeDIP-qPCR。
组蛋白修饰位点（部分）
2. 如何研究组蛋白修饰？
3. 相关产品：
组蛋白整体水平检测：蛋白质免疫印迹WB；
基因组水平上特定组蛋白修饰的分布：王牌产品ChIP-seq和新兴产品CUT&Tag。
乳酸化修饰是一种新型的蛋白质翻译后修饰，其中组蛋白乳酸化修饰因其与糖酵解的关系而成为研究的热点。这种修饰涉及将乳酸基团添加到组蛋白的赖氨酸残基上，可以影响基因的表达和细胞的功能。
超级增强子功能和激活示意图
2. 如何研究超级增强子？
3. 相关产品：
超级增强子鉴定：ChIP-Seq/CUT&Tag（H3K27ac/H3K4me1/p300/BRD4等）；
染色质开放区域：ATAC-seq；
基因表达差异：RNA-seq，lncRNA-seq，miRNA-seq，全转录组等。
染色质重塑作为近年来国自然热点之一，虽然不像细胞死亡或者免疫调控那么热门，但是染色质的动态调控对于生物遗传具有重要的意义，目前染色质重塑相关研究已在《cell》、《nature》等多个顶刊发表多篇文章，所以染色质重塑经过这几年的发展，未来一定会是一个持续的研究热点。
1. 什么是染色质重塑？
组蛋白修饰：如乙酰化、甲基化、磷酸化等，这些修饰可以改变组蛋白与DNA之间的相互作用，从而影响染色质的紧密程度和基因的可接近性。
ATP依赖的染色质重塑复合体：这些复合体使用ATP水解的能量来重新定位核小体，改变染色质的结构，使得某些基因区域变得更加开放或更加紧密。
组蛋白变体：某些组蛋白的变体可以替代标准组蛋白，这些变体可能具有不同的电荷或结构特性，从而影响染色质的组织和基因表达。
DNA甲基化和去甲基化：DNA上的甲基化修饰可以招募含有甲基结合域的蛋白质，这些蛋白质进一步影响染色质的结构和基因的沉默。
非编码RNA分子：长链非编码RNA和小RNA等分子可以通过与染色质重塑复合体或其他调控蛋白相互作用，影响染色质的结构和基因表达。
染色质重塑调控机制
2. 如何研究染色质重塑：
ChIP-seq：用于研究特定蛋白质与DNA的相互作用，以及染色质重塑复合物在基因组上的结合位点。 WGBS/meDIP：用于研究染色质重塑与DNA甲基化之间的相互作用。 ATAC-seq：用于分析染色质的可及性和开放性。 HiC：用来分析染色质的三维结构，揭示核小体之间的相互作用和染色质环的形成，这对于理解染色质重塑过程中的染色质结构变化至关重要。 RIP-seq：用于研究长链非编码RNA和小RNA等分子与染色质重塑复合体或其他调控蛋白之间相互作用。
2. 转录调控的主要机制包括：
启动子和增强子：启动子是DNA上的一段序列，它能够识别并结合RNA聚合酶，从而启动转录过程。增强子是另一类DNA序列，它可以增强或抑制启动子的活性，即使它们与启动子相隔很远。
转录因子：转录因子是一类蛋白质，它们可以结合到DNA上的特定序列，从而激活或抑制基因的转录。转录因子可以是激活因子，也可以是抑制因子。
染色质结构：染色质是DNA和组蛋白组成的复合物，其结构的变化可以影响基因的可及性，从而调控基因的转录。例如，组蛋白的乙酰化通常与基因激活相关，而甲基化则可能抑制基因表达。
非编码RNA：包括长链非编码RNA（lncRNA）和小RNA（如miRNA），它们可以通过多种机制影响基因的转录和转录后的调控。
表观遗传修饰：DNA甲基化和组蛋白修饰是表观遗传学中的重要概念，它们可以在不改变DNA序列的情况下调控基因的表达。
环境因素：包括温度、光照、营养状态等，这些因素可以通过影响转录因子的活性或稳定性来调控基因表达。
转录调控对于细胞分化、组织发育、疾病发生等生物学过程至关重要。研究转录调控机制有助于我们理解生命现象的复杂性，并为疾病的治疗提供新的策略。
3. 如何研究转录调控：
转录调控涉及到的机制比较多，这里我们以转录因子为例，可参考的研究思路如下：
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