ATAC-seq在植物研究领域的应用我们已经介绍3期了，最后一期我们聚焦ATAC-seq技术在生物和非生物胁迫方向的应用案例。
文献一：HSFA1a modulates plant heat stress responses and alters the 3D chromatin organization of enhancer-promoter interactions
中文标题：HSFA1a调节植物热胁迫反应并改变增强子-启动子相互作用的三维染色质组织
发表时间：2023.01
发表期刊：Nature Communications（IF：16.6）
研究物种：番茄
胁迫类型：热胁迫
研究技术：Hi-C、HiChIP、ATAC-seq、ChIP-seq、PCHi-C、3C、双荧光素酶
主要内容：
Fig1. 高温胁迫对番茄染色质的高级组织有强烈的影响
文献二：The chromatin remodeller MdRAD5B enhances drought tolerance by coupling MdLHP1-mediated H3K27me3 in apple.
中文标题：染色质重塑剂MdRAD5B通过偶联MdLHP1介导的H3K27me3增强苹果的抗旱性
发表时间：2024.03
发表期刊：Plant Biotechnol J（IF：13.8）
研究物种：苹果
胁迫类型：干旱胁迫
研究技术：ATAC-seq、RNA-seq、ChIP-seq、遗传转化、Y2H、Co-IP、酶活性测定、WB
主要内容：
Fig2.MdRAD5B调节染色质的可及性来响应脱水
文献三：Rice chromatin protein OsHMGB1 is involved in phosphate homeostasis and plant growth by affecting chromatin accessibility.
中文标题：水稻染色质蛋白OsHMGB1通过影响染色质可及性参与磷酸盐稳态和植物生长.
发表时间：2023.10
发表期刊：NEW PHYTOLOGIST（IF：9.4）
研究物种：水稻
胁迫类型：磷酸盐饥饿胁迫
研究技术：RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq、RT-PCR、亚细胞定位、组织化学GUS分析、CRISPR-Cas9系统构建突变体、农艺性状测量和元素含量分析
主要内容：
Fig3.OsHMGB1影响全基因组染色质的可及性
文献四：Integration of chromatin accessibility and gene expression reveals new regulators of cold hardening to enhance freezing tolerance in Prunus mume.
中文标题：染色质可及性和基因表达的整合揭示了提高梅花抗冻性的新调控因子
发表时间：2023.03
发表期刊：J Exp Bot（IF：7.378）
研究物种：梅花
胁迫类型：冷胁迫
研究技术：ATAC-seq、RNA-seq、生理指标测定
主要内容：
Fig4.开放染色质富集相关基因的鉴定
文献五：Assay for transposase accessible-chromatin with high throughputsequencing (ATAC-seq) analysis the molecular responses of postharvestpear during Penicillium expansum infection
中文标题：转座酶可及染色质高通量测序(ATAC-seq)分析采后青霉菌感染过程中的分子反应
发表时间：2023.12
发表期刊：Postharvest Biology and Technology（IF：7.0）
研究物种：梨
胁迫类型：生物胁迫
研究技术：ATAC-seq、RT-qPCR
主要内容：
Fig5.CK和T样本的染色质可及性景观
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ATAC-seq广泛用于染色质开放性研究，该技术利用Tn5转座酶可以接近核小体疏松区域切割暴露的DNA，获得开放染色质区段（open chromatin），然后结合高通量测序和生物信息学分析来挖掘潜在的活跃转录因子及其靶基因，以此探究生物学相关问题。
· 技术优势：
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