云平台 | 如何根据序列ID提取fasta序列

学术   科学   2024-09-02 11:30   湖北  

爱基百客云平台小工具使用

1.1  爱基百客云平台小工具之根据序列ID提取fasta里的序列

1.2  参数设置

1.3  结果


01
爱基百客云平台小工具使用

首先,打开爱基百客官网:http://www.igenebook.com;点击菜单栏最右侧“云平台”按钮。

弹出云平台界面(下图),输入账号、密码和验证码方可登录;进入云平台,可以轻松实现多种组学数据的分析和可视化,实现真正的“零代码、无门槛、操作简单”!

登陆后,如下图,我们进入到小工具专栏。当前云平台已上线了32款小工具供大家使用,包括基础绘图,高级绘图,差异检验,聚类分析,序列处理等子模块,本着用户至上的理念,平台小工具将会持续更新维护,积极接受用户的反馈和意见。


1.1 
爱基百客云平台小工具之根据序列ID提取fasta里的序列

在生物学研究中,我们常常需要提取某些关注的基因或者蛋白的序列,用于进一步的实验研究和分析。通过提取特定的核酸或蛋白序列,我们可以使用这些序列可以用于序列比对、进化分析和基因家族等等分析。当原始的fasta序列文件较大或者要提取的序列较多时,手动查找效率很低,基于此,我们开发了根据序列ID提取fasta里序列的小工具,以方便客户。

爱基百客云平台fasta文件序列提取地址:http://124.71.149.47:5000/smalltools/detail?id=1752887987030552577
下面我们进行实操练习。
首先点击小工具fasta文件序列提取
右侧的工具介绍对fasta文件序列提取小工具的主要用途,使用方法以及结果解读做了详细的说明。左侧是必要的输入文件和参数选项。任务名称和任务编号系统会自动生成。后面可用于记录查看具体的任务。小工具提供了示例文件给用户做测试分析。同时,该页面还提供了一些常用参数调节选项。您也可进行自定义,后面将详细介绍。输出名自定义,默认Result。

1.2 
参数设置

输入文件:序列ID支持txt(制表符分隔)文本文件,以及fasta序列文件。

序列ID如下表所示:

fasta总文件:

如果文件已经上传过,您可以直接点击选择按钮找到需要的文件勾选确定,无须再次上传。另外你可以根据自己的喜好选择不同的色系,输出名默认是result。

填写好上述所有的参数后,点击提交即可。

1.3 
结果

输出结果为提取的fasta序列。


IGENEBOOK

关于我们
武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客),位于武汉高农生物园,是一家专业提供表观组学科研服务、单细胞与空间组学测序分析和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。公司先后引入ChIP、WGBS、ATAC-seq、DNBSEQ-T7、10x Genomics、SeekOne® DD、DNBelabC-TaiM4和Stereo-seq等实验平台,不断提升公司的科研服务能力。

运营至今合作的科研客户超2000家,涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业,科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL、Plant Cell 等国际高水平学术期刊发表,受到了客户广泛好评,是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。

项目咨询 
了 解 更 多 
{ 往 期 精 彩 回 顾 }

 精选合集,欢迎收藏哟! 

点个「在看」 天天发SCI

爱基百客生物
爱基百客是一家专业提供表观组学、单细胞与空间组学以及高通量测序分析的新型生物科技服务企业,旗下拥有DNBSEQ-T7、10xGenomics等平台,依托表观技术的优势,为生命科学研究和医疗健康等领域提供方案设计到数据分析一站式服务。
 最新文章