这两天大家应该都知道Biomedicine & Pharmacotherapy这个生信友好期刊被on hold了吧?那这个杂志上的文章思路还能借鉴吗?
精华文章完全可以继续借鉴学习,一个杂志被on hold,并不代表其中的每一篇文章质量都有问题,有些文章内容还是做的很扎实的,也有一些创新思路,这些还是要学会它,并使其为我们所用。
今天馆长就分享一个该杂志上的网药文章,内容做的就比较扎实,逻辑也很完整,完全具备5分+网药文章的水准,是一个非常典型的网药干湿结合模版思路,学会它,复制出个5分文章不在话下!
分析了下文章,选题为“药食同源”的天麻,研究其神经保护作用,有一定的创新性和发文空间;思路设计为网药+分子对接+体内外实验,经典的网药干湿结合发文模式,逻辑很完整,工作量不少但难度都不大,也不需要复杂机制实验,相较于5分+的实验文章还是非常省时省钱省力的!网药思路变化多,到底该选哪一个?馆长日更生信新思路、新方向,只要跟紧我的每日推荐,思路的事就迎刃而解啦!什么?看到新思路不知道怎么复现?直接联系馆长,专业生信团队,个性化思路设计、生信分析都能做,十年经验,包满意的~
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题目:基于网络药理学、分子对接和实验验证的天麻素抗神经毒性机制
杂志:Biomedicine & Pharmacotherapy(IF=6.9)
研究背景
谷氨酸代谢紊乱和过量释放参与多种神经元病理,包括缺血性中风(IS)、阿尔茨海默病(AD)或帕金森病(PD)。天麻是一种传统的中药,可以缓解头晕、头痛、痉挛、中风和健忘症。天麻素是天麻的主要生物活性成分,具有抗氧化和抗炎作用。已有研究发现,天麻素显示出一定的神经保护作用并与谷氨酸诱导的神经毒性有关,但其机制尚不清楚。
研究思路
该研究利用公共数据库收集天麻的活性成分和目标基因以及神经系统疾病的靶标,进行网络药理学分析,建立活性成分-靶标-疾病网络。针对共有靶点进行PPI网络分析识别核心靶点,并利用分子对接分析天麻素和核心靶点间的结合作用。通过western blot、钙成像、膜片钳、CCK8和流式细胞术来揭示天麻素的作用。通过测量丙二醛(MDA)水平和超氧化物歧化酶(SOD)活性来评估神经元氧化应激和损伤。使用Golgi-Cox染色检查神经元形态学。最后,使用新的物体识别和恐惧条件测试来检查动物的行为。
主要结果
1. 天麻有效成分-靶标-疾病网络的建立
作者在数据库中总共鉴定了117个天麻成分相关靶标、1817个AD相关靶标、794个PD相关靶标、543个癫痫相关靶标和41个中风相关靶标,在取所有目标的交集后筛选了15个潜在目标,随后构建了成分-靶标-疾病网络(图1)。
图1:天麻有效成分-靶标-疾病网络的建立
2. PPI分析和分子对接
针对所有成分和疾病靶点进行PPI网络构建,识别到5个核心靶点。随后分子对接分析天麻素与5个核心靶点间的结合作用(图2)。
图2:PPI分析和分子对接
3. 天麻素对五种关键靶蛋白的调节作用
利用小鼠POCD神经保护模型研究天麻素对五种关键靶蛋白的调节作用,WB结果显示,天麻素(60 mg/kg)处理显著增加AKT1、BCL2和EGFR2表达,同时降低CASP3表达,并且天麻素对AKT1的调节作用可以被AKT1特异性抑制剂所逆转(图3)。
图3:天麻素对五种关键靶蛋白的调节作用
4. 天麻素的体外作用研究
天麻素显著抑制谷氨酸诱导的皮层神经元的Ca2+内流(图4),降低了皮层神经元的兴奋性突触传递(图5)。此外,天麻素能有效减轻神经元凋亡、氧化应激(图6)。
图4:天麻素抑制原代培养的皮质神经元中谷氨酸诱导的[Ca2+]i增多
图5:天麻素显著降低原代培养皮层神经元的兴奋性
图6:天麻素抑制神经元凋亡和氧化应激
5. 天麻素的体内作用研究
作者使用Sholl分析和树突棘密度评估来检查海马和皮质神经元的树突分枝和棘密度。结果表明天麻素对POCD引起的神经元形态学损伤有显著的保护作用,能够减少POCD小鼠的突触损伤和树突棘丢失(图7)。此外,利用OFT、ORT和CFC行为测试检测认知障碍,发现天麻素可以显著改善POCD诱导的小鼠认知障碍(图8)。
图7:天麻素减轻POCD小鼠的突触损伤和树突棘丢失
图8:天麻素治疗减轻了麻醉和手术引起的认知障碍
小结
虽然Biomedicine & Pharmacotherapy这个期刊被on hold 了,但这篇文章还是很有参考价值的!非常典型的网药干湿结合模版思路,生信和实验的难度都不大,但工作量又很充实,很适合有一定实验条件但又不想做机制的中医药方向的朋友!另外,这篇文章咱们只探讨思路,杂志就不要再去投了哈。想要在中医药领域追求创新思路的朋友,建议紧跟馆长脚步,生信热点日更不停!想做个性化生信分析?欢迎随时联系馆长!专业团队为你保驾护航,1V1定制创新思路~
馆长有话说
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