Hamilton JP, et al. (2024). The rice genome annotation project: an updated database for mining the rice genome. Nucleic Acids Research, gkae1061.
（2024年11月18日发表）
摘要参考翻译：水稻（Oryza sativa L.）是为全世界提供热量的主要谷类作物。由于基因组较小，水稻已被广泛用作禾本科植物遗传和基因组研究的模型。自2002年发布第一个水稻基因组序列以来，已产生了改进的参考基因组组装、多个全基因组组装、广泛的基因表达谱以及来自3000多个水稻品种的重测序数据。为了方便植物生物学家访问水稻基因组，我们更新了水稻基因组注释项目数据库（Rice Genome Annotation Project database，RGAP; https://rice.uga.edu），增加了新的数据集，包括16个水稻全基因组组装和来自多个水稻泛基因组项目（包括3000个水稻基因组项目）的序列变异。我们利用80个RNA测序数据集更新了基因表达丰度数据，并进行了基因共表达，形成了39个共表达模块，捕获了高度关联的共调控基因集，从而促进了基因功能的发现。为便于进行基因组比较分析，在Nipponbare参考基因组和其他水稻基因组之间确定了32335个syntelogs，在Nipponbare和其他四个禾本科基因组之间确定了19371个syntelogs。对RGAP数据库基础设施的改进包括升级基因组浏览器和数据访问门户、加强网站安全和提高网站性能。
图形摘要
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