Matthews CA, et al. (2024). A gentle introduction to pangenomics. Briefings in Bioinformatics, 25(6): bbae588.
（2024年11月17日发表）
摘要参考翻译：泛基因组（Pangenomes）是针对传统线性参考基因组的局限性而出现的。与（通常）从单个个体组装而成的传统参考基因组不同，泛基因组旨在代表生物群体中发现的所有基因组变异。目前，“泛基因组 ”一词被用来描述多种不同类型的基因组信息，而用于区分这些信息的语言非常有限。这让在该领域工作的研究人员感到沮丧，也让刚进入该领域的研究人员感到困惑。在此，我们将介绍与原核生物和真核生物相关的泛基因组学，并建议将用于描述泛基因组的语言正规化（见术语表），以提高该领域讨论的针对性。
传统参考基因组方法与泛基因组学方法的比较
泛基因组学数据结构的三种类型
Gene-oriented图
识别nonredundant reference序列的4种方法
构建sequence-oriented泛基因组图的三种方法
开放和闭合的泛基因组
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