大家好，我是邓飞，我们做GWAS的目的是为了找到显著性SNP，然后找到优势基因型，然后利用。
最近，群里面的一个老师，问到了这个问题，很有代表性，这里写篇博客介绍一下：
这里，举一个例子：得到了一个显著性位点，突变类型是A-T分型，也就是有三种基因型：AA，TT，AT三种，这个位点与表型高度相关，得到GWAS结果，哪个位点是与表型正相关的，换句话说：AA，AT，TT哪个表型值是最高的？
比如上面的GWAS分析结果，一般我们将REF作为主等位基因，ALT是次等位基因。
第一个位点中：T是主等位，A是次等位，Effect是斜率，为0.323，对应的GWAS图如下：
所以，AA的分型平均值最高，AT齐次，TT最小。
第二个位点中：C是主等位，T是次等位，Effect是斜率，为-0.233，对应的GWAS图如下：
所以，斜率为负的话，主等位基因CC最高，CT齐次，TT最小。
所以，这到底有什么用呢？
分子标记辅助育种呀！！！这些位点挑选想要的基因型，要高的就挑选高的，要低的就挑选低的，这些GWAS位点就有用处了！
什么，基因怎么应用，也是一样的道理。
另外一个问题，有8个SNP显著了，想要找到影响最大的SNP，即：主效SNP或者主效基因，应该怎么选择呢？
答：根据SNP的解释百分比，如何计算SNP的解释百分比呢？昨天刚写了博客：GWAS分析中单个SNP，如何计算解释百分比？完美闭环，哈哈。
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