2024
08/08
三角褐指藻基因组揭示了硅藻基因组的进化历史]
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让我们打开硅藻世界的大门吧！
硅藻是在海洋和淡水环境中发现的光合次生内共生体，是被认为占地球上约五分之一的主要生产力！
硅藻与生活密不可分
最近报道了海洋硅藻，假微型海链藻， Thalassiosira pseudonana 的基因组序列，揭示了有关硅藻生物学的大量信息。本文将报告羽状硅藻，三角褐指藻， Phaeodactylum tricomutum 的完整基因组序列，并将其与 Thalassiosira pseudonana的基因组序列进行比较，从而阐明这些特征在整个硅藻中的进化起源、功能意义和普遍性。
尽管羽状谱系和中心谱系只有9000万年的分化历史，但它们的基因组结构却有很大的不同，并且很大一部分基因（40%）并不被这两个谱系的代表所共享，因此通过对比两系的特征区别从而得出该进化历程
Table1 |Major features of the P.tricomutum and T.pseudonana genomes
通过比较P. tricomulum和T. pseudonana预测的蛋白酶体与来自两种植物、三种绿藻、一种红藻、三种后生动物、两种真菌和十种其他的蛋白酶体,指定了不同的基因类别。
Figure1 |Molecular divergence between P.tricornutum and T.pseudonana.（在P.tricornutum和T.pseudonana之间的分子分化）
分析硅藻和其他异孔藻之间的分子差异，并与选择的半子囊菌和脊索动物进行比较，得出例如图中显示硅藻-卵菌对显示出最低的氨基酸同一性，与提出的约700百万年前的古代分离一致的等等论证。
表2|不同生物对之间的分子差异
通过比对不同的生物之间的基因类别、分子分化、分子差异等等一系列方法进而揭露硅藻基因组的进化历史！
进而发现更多了硅藻的秘密！
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参考文献：
Bowler, C., Allen, A., Badger, J. et al. The Phaeodactylum genome reveals the evolutionary history of diatom genomes. Nature 456, 239–244 (2008). https://doi.org/10.1038/nature07410
创作人:
何月琴 海南热带海洋学院
本文来源于第一届水生生物与水域生态学全国研究生暑期学校的学员作业。
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