模仿柳叶刀期刊文献森林图的绘制-基于R语言forestplot包

.libPaths()#查看R包位置.libPaths("D:/Program File/R/R-4.3.2/library")#定义包安装位置setwd("E:/02学习/经验/03R语言图形绘制/14森林图")#设置工作空间getwd()#加载工作空间           ##画森林图的包library(forestplot)library(stringr)

##导入fiture1result<-read.csv("fiture1_all.csv",                 as.is = TRUE,header = T,sep = ",", fileEncoding='utf-8')           ## 加上表头信息    result<- rbind(c("Outcomes", NA, NA, NA, "HR(95%CI)","P","Death(n)"),result)## 画森林图p1<-forestplot(result[,c(1,7,5)], #告诉函数，合成的表格result的第1，5，6列还是显示数字               mean=result[,2],   #告诉函数，表格第2列为HR，它要变成森林图的小方块               lower=result[,3],  #告诉函数表格第3列为5%CI，               upper=result[,4],  #表格第5列为95%CI，它俩要化作线段，穿过方块               zero=1,            #告诉函数，零线或参考线为HR=1即x轴的垂直线               boxsize=0.2,       #设置小黑块的大小               graph.pos=3,       #森林图应插在图形第2列               #graph.pos="right",       #森林图应插在图形最右边               hrzl_lines=list("1" = gpar(lty=1,lwd=2),                               "2" = gpar(lty=2),                               ###############这里更改                               "26"= gpar(lwd=2,lty=1,columns=c(1:4)) ), # 加上横线               graphwidth = unit(.25,"npc"), # 图的宽度               xticks=c(0.5,1,2,3,4,5), # 横轴上数字               is.summary=c(T,                            T,F,F,F,                            T,F,F,F,                            T,F,F,F,                            T,F,F,F,                            T,F,F,F,                            T,F,F,F), # 突出有统计差异的行（变量）                   txt_gp=fpTxtGp(                 label=gpar(cex=1),                 ticks=gpar(cex=0.8),                  xlab=gpar(cex=1),                  title=gpar(cex=1.5)), # 调整文字部分字体               lwd.zero=1,  # 参考线宽度               xlab="Hazard ratio", # 横轴标签               lwd.xaxis = 1, #横轴线宽               title="Total",                col=fpColors(box ='black',                             lines ='black',                             zero = "black"),  # 设置颜色               fontsize = 10,               lwd.ci=1, # 置信区间横线宽度               lty.ci=1, # 置信区间横线类型               ci.vertices =T,               ci.vertices.height=0.1,               clip=c(0.1,8),               ineheight=unit(8, 'mm'),               line.margin=unit(8, 'mm'),               colgap=unit(6, 'mm'))p1

##导入fiture1result<-read.csv("fiture1_m.csv",                 as.is = TRUE,header = T,sep = ",", fileEncoding='utf-8')## 加上表头信息result<- rbind(c("Outcomes", NA, NA, NA, "HR(95%CI)","P","Death(n)"),result)## 画森林图p2<-forestplot(result[,c(1,7,5)], #告诉函数，合成的表格result的第1，5，6列还是显示数字                   mean=result[,2],   #告诉函数，表格第2列为HR，它要变成森林图的小方块               lower=result[,3],  #告诉函数表格第3列为5%CI，               upper=result[,4],  #表格第5列为95%CI，它俩要化作线段，穿过方块               zero=1,            #告诉函数，零线或参考线为HR=1即x轴的垂直线               boxsize=0.2,       #设置小黑块的大小               graph.pos=3,       #森林图应插在图形第2列               #graph.pos="right",       #森林图应插在图形最右边               hrzl_lines=list("1" = gpar(lty=1,lwd=2),                               "2" = gpar(lty=2),                               ###############这里更改                               "26"= gpar(lwd=2,lty=1,columns=c(1:4)) ), # 加上横线               graphwidth = unit(.25,"npc"), # 图的宽度               xticks=c(0.5,1,2,3,4,5), # 横轴上数字               is.summary=c(T,                            T,F,F,F,                            T,F,F,F,                            T,F,F,F,                            T,F,F,F,                            T,F,F,F,                            T,F,F,F), # 突出有统计差异的行（变量）               txt_gp=fpTxtGp(                 label=gpar(cex=1),                 ticks=gpar(cex=0.8),                  xlab=gpar(cex=1),                      title=gpar(cex=1.5)), # 调整文字部分字体               lwd.zero=1,  # 参考线宽度               xlab="Hazard ratio", # 横轴标签               lwd.xaxis = 1, #横轴线宽               title="Male",                col=fpColors(box ='black',                             lines ='black',                             zero = "black"),  # 设置颜色               fontsize = 10,               lwd.ci=1, # 置信区间横线宽度               lty.ci=1, # 置信区间横线类型               ci.vertices =T,               ci.vertices.height=0.1,               clip=c(0.1,8),               ineheight=unit(8, 'mm'),               line.margin=unit(8, 'mm'),               colgap=unit(6, 'mm'))p2      

##导入fiture1result<-read.csv("fiture1_f.csv",                 as.is = TRUE,header = T,sep = ",", fileEncoding='utf-8')## 加上表头信息result<- rbind(c("Outcomes", NA, NA, NA, "HR(95%CI)","P","Death(n)"),result)## 画森林图p3<-forestplot(result[,c(1,7,5)], #告诉函数，合成的表格result的第1，5，6列还是显示数字                   mean=result[,2],   #告诉函数，表格第2列为HR，它要变成森林图的小方块               lower=result[,3],  #告诉函数表格第3列为5%CI，               upper=result[,4],  #表格第5列为95%CI，它俩要化作线段，穿过方块               zero=1,            #告诉函数，零线或参考线为HR=1即x轴的垂直线               boxsize=0.2,       #设置小黑块的大小               graph.pos=3,       #森林图应插在图形第2列               #graph.pos="right",       #森林图应插在图形最右边               hrzl_lines=list("1" = gpar(lty=1,lwd=2),                               "2" = gpar(lty=2),                               ###############这里更改                               "26"= gpar(lwd=2,lty=1,columns=c(1:4)) ), # 加上横线               graphwidth = unit(.25,"npc"), # 图的宽度               xticks=c(0.5,1,2,3,4,5), # 横轴上数字               is.summary=c(T,                            T,F,F,F,                            T,F,F,F,                            T,F,F,F,                            T,F,F,F,                            T,F,F,F,                            T,F,F,F), # 突出有统计差异的行（变量）               txt_gp=fpTxtGp(                 label=gpar(cex=1),                 ticks=gpar(cex=0.8),                  xlab=gpar(cex=1),                  title=gpar(cex=1.5)), # 调整文字部分字体                   lwd.zero=1,  # 参考线宽度               xlab="Hazard ratio", # 横轴标签               lwd.xaxis = 1, #横轴线宽               title="Female", #图标标题               col=fpColors(box ='black',                             lines ='black',                             zero = "black"),  # 设置颜色               fontsize = 10,               lwd.ci=1, # 置信区间横线宽度               lty.ci=1, # 置信区间横线类型               ci.vertices =T,               ci.vertices.height=0.1,               clip=c(0.1,8),               ineheight=unit(8, 'mm'),               line.margin=unit(8, 'mm'),               colgap=unit(6, 'mm'))p3

####forestplot森林图的拼接##先转化为ggplot能拼的library(ggplotify)library(patchwork)p11 <- grid2grob(print(p1))p21 <- grid2grob(print(p2))p31 <- grid2grob(print(p3))###然后再拼接library(cowplot)# nrow:几行  ncol:几列    fiture1 <- plot_grid(p11,p21,p31, nrow=1,ncol = 3)fiture1       

#保存其他包图片library(Cairo)# Cairo.capabilities() # 检查当前电脑所支持的格式# 1. 创建画布Cairo::CairoPNG(   filename = "fiture1.png", # 文件名称  width = 20,           # 宽  height = 12,          # 高  units = "in",        # 单位  dpi = 300)           # 分辨率# 2. 绘图fiture1 # 3. 关闭画布dev.off()