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随着基因组测序技术不断发展和成本不断降低，越来越多的物种完成了全基因组测序工作，这为比较基因组学和功能基因组学研究提供了极为丰富的组学数据资源。在植物基因组学与生物信息学研究领域，基因组数据的标准化、统一性以及可访问性，都有着举足轻重的意义。然而，由于数据提交途径繁杂多样，衍生出大量的数据下载渠道，这使得确保基因组数据的准确性、标准化以及一致性面临不小的挑战。
2024年12月，Horticulture Research在线发表了华北理工大学宋小明教授课题组题为plantGIR: a genomic database of plants的论文。
本研究从797篇出版物，110个不同的数据库中收集了1117种植物基因组数据，涵盖了从低等植物到高等植物的基因组数据。为方便相关研究人员使用这些基因组数据资源，开发了植物基因组信息资源数据共享平台（plantGIR，http://plantgir.cn/）。该数据库主要包括五种主要的基因组相关文件格式，包括基因组序列、GFF3格式文件、CDS序列、蛋白质序列和基因注释文件。我们提供了多选下载、FPT链接下载和树图展示下载三种下载方式，极大的方便了用户找寻所需的数据。
同时，我们对所有物种数据进行了功能基因注释，功能基因和转录因子的鉴定，并将这些结果展示在数据库中。为了增强用户体验，我们整合了四种在线分析工具：Primer Design（图1F）、Hmmsearch（图1G）、Sequence Alignment（图1H）和Blast（图1I），以满足用户的不同分析需求。
华北理工大学宋小明教授为通讯作者，硕士研究生刘卓和张晨浩为共同第一作者。中国农业科学院深圳农业基因组研究所周永锋研究员参与工作的指导。该工作得到了河北省杰青、国家自然科学基金和河北省重点研发等项目的支持。
https://doi.org/10.1093/hr/uhae342
plantGIR database：
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