本系列讲座围绕着计算模拟和 AI 技术在药物设计流程中的应用,以及相关的算法原理介绍展开,旨在帮助有药物计算需求的科研人员快速入门 AI for Life Science 领域。
在上期的培训中,我们以药物设计中的自由能计算为主题,对常见的两类自由能计算方法(MM-PB/GBSA 和 FEP)的基本原理和简单的应用进行了介绍。然而,在实际使用自由能计算工具预测药物分子的结合自由能时,需要使用者在掌握算法原理的基础上,对计算过程中使用的输入文件和关键中间环节进行仔细地准备和检查,确保计算过程符合算法原理的成立条件。同时,也需要使用者能够对计算结果相关的各类指标进行评估,以判断计算结果的合理性。特别是在使用 FEP 的过程中,涉及的准备流程较长,对使用者的经验也有一定的要求。在本期培训中,我们将以基于物理模型的自由能计算实例为主题,通过实际案例演示,进一步讲解 FEP 计算工具的具体使用方法和注意事项,以及如何评估计算结果的可靠性,展示 FEP 方法在药物设计流程中的实际应用效果。通过本次培训,我们希望能帮助大家理解 FEP 计算工具的基本操作逻辑、掌握使用方法,并能够在自己的研究项目中顺利地使用 FEP 计算,提高研发的效率。药物计算中的自由能计算(下):基于物理模型的自由能计算实例培训时间:
2024年9月25日(周三)19:00-20:30
腾讯会议
培训日程:
时间 | 具体内容 |
19:00 - 19:30 | FEP 计算关键步骤的原理和注意事项 |
19:30 - 20:30 | FEP 计算实际案例演示和流程介绍 |
培训主讲:
宋珂,深势科技高级计算科学家。2012年毕业于山东大学化学与化工学院,获“理论与计算化学专业”博士学位,随后进入复旦大学化学系开展博士后研究工作。2016年加入上海科技大学-免疫化学研究所,在计算生物学平台和生物医学大数据平台工作。主要研究方向为:利用量子化学方法研究催化反应机理,利用分子动力学方法研究生物大分子的功能机理,以及药物分子的筛选和 MOA 研究。
1. 本次培训在线上进行,如您有意向报名本次培训,请扫描下方二维码或访问链接,点击“立即报名”,并填写报名信息:
课程链接:
https://dwz.cn/QT12Mq8t
2. 填写报名问卷后,请不要快速切出,问卷末尾将显示本次培训的微信群二维码,请大家扫码进入课程群。如果二维码无法加入,请添加小助手微信(HermiteService),小助手会手动拉你入群;3. 培训涉及到的账号将由小助手进行开通,如您遇到任何问题,可以添加下方课程小助手微信:1.药物计算系列培训第一期:走进计算视角下的药物设计
2.药物计算系列培训第二期:基于结构的虚拟筛选:原理、技巧及结果解读
3.药物计算系列培训第三期 | 药物设计中的自由能计算(上):基于物理模型的计算方法介绍
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深势科技是“AI for Science”科学研究范式的引领者和践行者。AI for Science 即运用 AI 学习一系列的科学原理和科学知识,并进一步解决科学研究和工业研发领域的关键问题。深势科技依托在交叉学科领域的深耕,构建了“深势 · 宇知®”AI for Science 大模型体系,将众多学科的科研方法从“实验试错/计算机”时代带入了“预训练模型时代”,并以“微尺度工业设计与仿真”为切入点,打造了 Bohrium® 玻尔®科研空间站、Hermite® 药物计算设计平台、RiDYMO® 难成药靶标研发平台及 Piloteye® 电池设计自动化平台等科研和工业研发基础设施,形成了 AI for Science 的“创新-落地”链路和开放生态,赋能“千行百业”,为人类经济发展最基础的生物医药、能源、材料和信息科学与工程研究打造新一代工业设计与仿真系统。深势科技是国家高新技术企业、国家专精特新“小巨人”企业,在北京、上海、深圳等城市布局研发中心。科研技术团队由中国科学院院士领衔,汇集了超百位数学、物理、化学、生物、材料、计算机等多个领域的优秀青年科学家和工程师,其中博士及博士后在公司成员中占比超过35%。核心成员获得过2020年全球高性能计算领域的最高奖项“戈登贝尔奖”,相关工作入选2020年中国十大科技进展和全球 AI 领域十大技术突破。