实验中,我们经常会遇到图像质量不佳,但已经无法再重新采集的情况,那么如何从这些图像中提取信息就是我们最关心的问题。
蔡司arivis就可以提供这类问题的解决方案——AI分割。
首先,简单介绍一下这次案例的基本信息。
样本类型
秀丽隐杆线虫胚胎(德国德累斯顿工业大学 C. W. Okafornta)
目标任务
利用AI分割细胞并进行细胞分裂的追踪
荧光标记
细胞膜(PH-mKate2)、细胞核(H2B-mCherry)和中心体(gammaTub-GFP)
通道信息
绿色(细胞膜和细胞核),紫红色(中心体)
分析结果
胚胎细胞发育过程中细胞分裂轨迹的精确定位
成像系统
蔡司晶格层光显微成像系统
Lattice Lightsheet 7
采集时间
≈2小时,每30s采集一个3D stack
图像大小
每个stack包含476个平面,
共120,000张图像,≈86GB
降采样后
降采样50%,转为8bit,最终包含2个通道、79个平面、60个时间点,≈0.9 GB
图像软件
蔡司arivis Pro、蔡司 arivis Cloud
从上视频我们可以看到图像的噪声较大,如果要将细胞核及细胞体分割出来,需要进行不少图像预处理工作,其分割结果还不一定准确。因此,本次我们会使用“深度学习分割器”(Deep Learning Segmentation)功能,将在蔡司 arivis Cloud训练的AI模型直接嵌入到arivis Pro分析流程中去分割细胞体和细胞核。
蔡司 arivis Cloud是独立于Pro的一个云端图像处理平台,不占用电脑空间,仅需连接网络后,打开任意一个浏览器,搜索蔡司 arivis Cloud便可使用账号登陆该平台,即便在咖啡厅使用笔记本,也可以在线使用AI进行您图像的专属分割模型的训练。
现在,让我们根据上述需求,再次明确我们的图像处理流程。
▽点击图像处理流程卡片,查看详细教程▽
如文章所示
蔡司 arivis具有丰富且灵活多变的图像处理方法,
来应对各种复杂棘手的图像。
arivis的可拓展性
让您在多种环境下都能使用arivis进行图像处理。
轻量化的蔡司 arivis Cloud
让您随时随地可以训练独属于您的AI分割模型。
AI智能化,让您的数据焕发新生,
带来不止步于定性的量化结果。
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