PRRSV 2毒株分类国际最新进展

创业 2024-10-05 00:00 江苏

引言：猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）具有快速变异与演化的特性，其RNA依赖的RNA聚合酶（RdRp）缺乏校正功能，核苷酸突变率约为4.7 × 10−2 — 1.55 × 10−3。PRRSV全长基因组约为15.4kb，具有11个开放阅读框（ORFs），编码16个非结构蛋白，8个结构蛋白。结构蛋白中ORF5变异较大，且报道具有中和抗原表位、可能与诱导中和抗体有关，因此常被用作PRRSV的分子流行病学调查研究的靶基因。PRRSV的分类方法主要有2种，RFLP分析（限制性片段长度多态性）和lineage（谱系）划分，其中RFLP对PRRSV ORF5的分析最早可追溯到1998年，当时主要是用来区分野毒与疫苗毒Ingelvac PRRS MLV vaccine (RFLP 2-5-2)，而后该方法主要在北美地区使用；谱系划分最经典的参考文献是2010年Shi Mang等老师对全球8624条ORF5序列的分析，其将PRRSV 2分为了9个谱系，而我国主要流行毒株属于谱系1,3,5,8，但从多片段测序或全长基因组测序，当前我国不同谱系重组毒株占比超过60%。

2023年11月，Microbiology Spectrum在线发表了爱荷华州立大学等多个单位题为Refining PRRSV-2 genetic classification based on global ORF5 sequences and investigation of their geographic distributions and temporal changes的研究性文章。该文章分析了1989年-2021年NCBI数据库中上传的82237条ORF5序列，对PRRSV 2的分类标准及疫苗毒与野毒的判定标准（基于核苷酸同源性）进行了系统的分析，值得高校等科研院所研究人员及一线兽医同行阅读与了解。

主要内容分享如下：

1）1989-2021年，美国上传ORF5序列742119条，我国大陆地区仅上传4188条，表明我们的监测及测序分析工作不够；实验室是发现、暴露、复核问题的有效工具，也是PRRSV状态评估及净化成功的必备工具；关于PRRSV测序的目的与意义可参考公众号之前发布的文章。

2）新的分类按照11%的核苷酸同源性将PRRSV 2共分为11个谱系（谱系1—11），21个亚谱系（sublineage），其中L1分为9个亚谱系（L1A-L1F, L1H-L1J），L5分为2个亚谱系（L5A, L5B），L8分为8个亚谱系（L8A-L8E），L9分为5个亚谱系（L8A-L8E），亚谱系间的核苷酸同源性平均低于8.5%。

3）11个大谱系中，谱系1-5-8-9占比最多，分别为57.2%、20.5%、12.9%、7.4%；谱系1（L1）中，L1A、L1B、L1C分别占比35.5%、16%、23.3%；谱系5（L1）中，L5A占比98.1%；谱系8（L8）中L8A、L8C、L8E占比较高，分别为27.7%、23.9%、31.2%；谱系9（L9）中L9A占比51.8%，L9C占比29.7%。

4）新划定的谱系10与11主要分离自泰国与韩国。

5）82237条序列中，共分析出341个RFLP分类模式，其与谱系间的分类方法存在较大差异，对真正分析PRRSV 2的遗传演化存在局限性。

6）2020年10月份，美国出现高致病性1-4-4毒株，其谱系划分属于谱系1C（L1C）,对L1C的10961条序列进一步划分，发现其可分为5个群体，L1C.1-L1C.5，而高致病的1-4-4属于L1C.5，L1C.5序列由2020年的5.8%上升至了2021年的59.4%。

7）美国共有6种PRRSV 2疫苗商品化使用，分别为Lineage 1D: Prevacent PRRS vaccine(Elanco)，Lineage 5A: Ingelvac PRRS MLV(BI)，Lineage 7: Prime Pac RR (Pharmgate)，Lineage 8A: Ingelvac PRRS ATP (BI)，Lineage 8C: Fostera PRRS vaccine (Zoetis)，L1F：PRRSGard vaccine(Merck)，上市时间分别为2018、1994、2020、1997、2012、2018年。

8）本研究将核苷酸同源性≥98%，判定为疫苗毒序列；95%与98%之间为疫苗毒序列可疑；＜95%，判定为野毒；

9）L5A、L8A、L8C、L1D等所有序列中，疫苗毒序列均超过80%，其中2018年上市的Lineage 1D: Prevacent PRRS vaccine(Elanco)序列已从2018年的0%上升至2021年的7.5%。

10）我国CH-1a及HP-PRRSV及其演化毒株重新划分在了L8E中，1996-2020年国内4188条序列分析，L8E毒株序列占比最高，为71%。

爱荷华州立大学Wannarat Yim-im为本文第一作者，爱荷华州立大学Jianqiang Zhang为本文通讯作者。

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwODcyNzA2MA==&mid=2718710469&idx=1&sn=4ecb8ed4154cc9cb58d431451dca218f

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从业三十余年，对集团规模化猪场生产管理、猪群健康管理有相当的造诣。只有养殖团队稳定才会有好的业绩与回报，优秀的养猪企业应该是建体系、定流程、重培训、抓监督、以数据统领全局，以人为本，辅之以必要的智能化设备，愿天下再没有难养的猪！

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