秋季仍是鱼病的多发季节，就草鱼来说，随着其集约化养殖程度的提高，鱼病的种类越来越多，而且常是几种病症同时发生，其流行时间长，死亡率高，容易反复。因此，在治疗时，必须综合考虑，全面诊断，才能对症下药。
事实上，很多烂鳃是由于寄生虫破坏鱼体鳃组织后，继发细菌性感染而引起的，常见的寄生虫有中华鳋、指环虫、车轮虫等。这种病症主要表现为鳃部黏液增多，鳃丝有点状或块状充血，食欲减退或不吃食。
在这种情况下，应先杀灭寄生虫，再杀菌治疗烂鳃。中华鳋肉眼能看到，可选择敌百虫或一般鱼用广谱杀虫剂。而指环虫、车轮虫必需借助显微镜才能观察到，一般普通的杀虫剂很难杀灭，需选用专用药物如：90%晶体敌百虫加面碱合剂或甲苯咪唑溶液杀指环虫；硫酸铜加硫酸亚铁合剂杀车轮虫。杀虫后再用聚维酮碘杀菌，同时内服恩诺沙星治疗烂鳃，病情严重时杀菌药须连用2-3天。
养殖池塘发生烂鳃病的同时，常常发生病毒性出血病，养殖户如果缺乏经验易将其误诊为赤皮病。事实上赤皮病只是表皮充血，如鳍条未端、表皮等。而出血病则口腔、肌肉、肠道、鳍条基部都可能充血。出血病的毒性大、传染性强。许多患烂鳃的鱼体被感染后，往往未能表现出基本症状就死亡。这种综合症往往表现为病鱼食欲减退、离群独游、久治不愈等。
出现这类情况后，应先用解毒剂调节水质，再用聚维酮碘或消毒，同时内服板兰根、三黄粉、杜仲叶提取物等抗病毒药物。必须强调的是在治疗过程中，应避免使用强氯精、漂白粉等强刺激性药物。
在治疗烂鳃和肝胆综合症并发的病症时，如果发现有寄生虫，应先杀寄生虫，再治疗烂鳃和肝胆综合症。在治疗过程中要同时考虑到不能使用强刺激性药物，不能使用对鱼体肝胆有损伤的药物。
建议停食两三天后，再内服胆汁酸、VC等有利于肝胆修复的药物。
治疗草鱼综合症的一般程序为：改良水质一杀虫一杀菌一修复肝脏，内服药物可同时进行。但在治疗过程中应注意以下两点：
1、不得随意加注新水或排放老水，因为水质变化过于剧烈，易造成鱼类应激加重而死亡；
2、不得随意施入大量有机肥，因有机肥分解时会消耗大量溶氧，而草鱼发病期间体质虚弱，容易造成缺氧泛塘。
