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代谢组学已经成为后基因组学时代重要的平台型技术,代谢组学技术最大的挑战是数据库和数据解析算法。目前最新的高分辨质谱已经可以解析生物样本中数万的信号,但依据现有数据库只能解析出不到10%,而能准确解析的更是不足2%。数据库的发展已经远远赶不上仪器和算法的发展。
上海某某生物公司依托自身十多年代谢组学技术能力和平台基础,充分利用国内生物医药标准品(化合物)及化合物合成产业链优势,计划构建全球最大的代谢组学标准品数据库(10万级)。
现需要产业链相关供应商按标准提供标准品或合成化合物,群策群力,共同构建全球最大的代谢组学标准品数据库,建立中国代谢组学标准,推动代谢组学技术在基础科研、医学转化、药物研究等各方面进一步发展。
上海某某生物公司
十万级高分辨多维度代谢组学数据库底座攻关
1000.00
3-5年
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10万化合物标准品,1万起订
• 代谢组学(metabolomics)是对组群小分子代谢物进行高通量检测和数据处理,研究生物体微观及宏观的动态代谢变化,特别是对内源代谢、遗传变异、环境变化乃至各种物质进入代谢系统的特征和影响的学科。
• 代谢组学技术是平台型技术,可以运用到很多领域,比如:疾病诊断biomarker筛选(可以用于开发疾病诊断试剂盒)、药物治疗靶点(可以用于新药研制及药效评估、筛选)、营养价值评估(可以用于农业育种)、中药活性成分筛选(可用于中医药现代化)等。
• 对标技术:美国开发的METLIN、MoNA、Lipidmaps,日本开发的KEGG,加拿大开发的HMDB。
• 对标产品:美国metabolon公司的Global Discovery Panel。
• 数据库规模
高分辨LC-MS可以对生物样品检出数万个信号,但是只能对其中不到1000个物质进行准确鉴定。最大的瓶颈就在于数据库的规模不够大,导致很多位置化合物无法被准确鉴定。
• 数据库质量
尽管现在一些大学实验室建立了独立的数据库,但是由于标准不统一、仪器不统一、方法学不统一,导致各个数据库都是信息孤岛无法联用。由于数据库对于代谢组学检测是最核心最重要必不可少的基础,所以每个实验室、每个企业都需要有数据库。反复建低质量的数据等同于重复造轮子,存在巨大的浪费。
国外已建立的代谢组学物质数据库有HMDB、METLIN、Lipid Maps、KEGG,这些数据库免费版本适用于少量样本分析,如HMDB是当前世界上较完整的人类代谢物数据精选收集,但目前不支持代谢通路搜索、代谢化合物浓度搜索等功能;KEGG数据库的图形功能直观形象,但它有功能注释的基因总量低,并且通路边界定义主观;METLIN数据库主要侧重用于液质非靶向代谢组学代谢物鉴定领域,但它更偏重于化学分析,且没有代谢通路等信息。
目前,标准品库建设面临着一些问题,如标准品本身成本较高,要做一个大而全的数据库,所投入的成本更大。也没有必要每一家公司/实验室都建一个自己的数据库,只需要统一标准,建一个大而全且强的数据库和算法即可。
我国对基础科研以及成果转化的重视无需多言。代谢组学技术底座开发,下可以支撑基础科研,上可以加速疾病诊断试剂、新药的研发,可以说越早启动收益越大。
总之,在代谢组学的技术发展方向,急需建立我们国内自己的代谢组学数据库,以实现更多样本更全面的分析。上海某某生物公司具备建设高质量10万个物质的标准品库的硬件条件和技术条件。公司建设全球第一个10万个物质的标准品库,在代谢组学领域,将具有多方面的重要意义:
(1)提高代谢组数据质量,为科研创新打牢基础:在代谢组学研究中,准确鉴定代谢物是关键前提。通过建立标准品库,可以将样本中检测到的代谢物的保留时间、一级质谱图和二级质谱图等信息与标准品进行比对,从而实现代谢物的准确定性,为后续的定量分析、筛选差异代谢物以及生物学验证等工作提供可靠基础。
(2)加速生物医学领域的发展:在生物医学研究中,例如疾病诊断、药物研发等方面,对特定生物标志物的筛选和鉴定至关重要。标准品库的建立有助于更精准地发现与疾病相关的代谢物变化,为疾病的诊断和治疗提供新的靶点和思路。
(3)推动行业标准化和规范化:标准品建库过程中需要遵循一定的标准和规范,这有助于推动整个代谢组学行业在实验方法、数据分析等方面的标准化和规范化进程。只有标准化、规范化之后,采集的数据才是高质量的。这些高质量的数据累积起来就是肥沃的土壤,可以孵育出疾病诊断试剂、新药、新种子。
总之,十万级高分辨多维度代谢组学数据库技术底座攻关对于国家的基础科研、医学转化、经济发展等多个方面都具有重要的战略意义,能够为国家的发展和人民的福祉提供有力的支持和保障。
科研的老师们注意啦,您也可以提供您有的标准品(前提是需求方没有的,母液分取100 μL且>5 ppm即可)来交换您想要的标准品(前提是需求方有的,母液分取100 μL且>5 ppm)。或者将您提供的标准品母液转换为需求方产品500元服务券,10个标准品母液就能获得价值5000元的检测服务啦。
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编辑|刘程星 来源|企业供稿
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