在临床研究中,LASSO 回归是一种常用方法,特别适用于高维数据中筛选重要变量。glmnet 包提供了 LASSO、岭回归 和 Elastic Net 的高效实现,是处理高维数据的得力工具。
本期内容将介绍 glmnet 包 的核心功能及代码示例,帮助大家掌握该包的基本用法,轻松应对变量筛选和回归建模需求。
本期演示数据将通过 R 语言自行模拟,帮助大家独立掌握数据处理的完整流程。
一、glmnet包 的主要功能包括:
1、LASSO 回归:用于变量筛选和模型拟合,特别适合高维数据。
2、岭回归:通过添加惩罚项解决多重共线性问题。
3、Elastic Net:综合 LASSO 和岭回归的优点,适合复杂数据的建模。
4、交叉验证:使用 cv.glmnet() 函数实现自动化交叉验证,选择最佳 λ(惩罚系数)。
lilibrary(glmnet)
set.seed(123)
n <- 100
p <- 20
x <- matrix(rnorm(n * p), nrow = n, ncol = p)
y <- rnorm(n)
lasso_model <- glmnet(x, y, alpha = 1)
print(lasso_model)
plot(lasso_model, xvar = "lambda", label = TRUE)
输出内容:
- LASSO 回归路径图:展示惩罚系数 λ 不同取值下各变量的回归系数变化。
交叉验证(CV)是 LASSO 回归的重要步骤,用于选择最优的惩罚系数 λ。以下代码展示如何实现:
cv_lasso <- cv.glmnet(x, y, alpha = 1)
print(cv_lasso$lambda.min)
print(cv_lasso$lambda.1se)
plot(cv_lasso)
输出内容:
最优 λ 值:根据均方误差(MSE)选择。
CV 曲线图:直观展示 λ 和模型性能的关系。
Elastic Net 结合了 LASSO 和岭回归的优点,其混合参数 α(0 ≤ α ≤ 1)决定了两者的权重。以下代码演示:
elastic_model <- glmnet(x, y, alpha = 0.5)
plot(elastic_model, xvar = "lambda", label = TRUE)
输出内容:
glmnet 包 在以下临床研究中具有广泛应用:
1、高维生物标志物筛选:筛选基因组、蛋白组等高维数据中的关键特征。
2、多重共线性问题解决:处理包含高度相关变量的回归模型。
3、个性化风险预测:构建精准的风险预测模型。
CRAN 文档:https: // cran .r - project .org /web /packages /glmnet /index. html通过本期推送,大家可以初步掌握 glmnet 包的基本功能与应用方法。如果你有其他感兴趣的 R 包,欢迎留言告诉我们,我们将为你量身定制相关内容!
今天的分享到这里就结束啦,你学会了吗?大家对于推送内容有任何问题或建议可以在公众号菜单栏“更多--读者的话” 栏目中提出,我们会尽快回复!
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