核小体纤维拓扑结构指导转录因子与增强子的结合
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01.
细胞身份需要多种转录因子 （TF） 的协同作用，这些转录因子 （TF） 与细胞类型特异性基因的增强子结合在一起。尽管 TF 识别可接近染色质中的特定 DNA 基序，但此信息不足以解释 TF 如何选择增强。
02.
在这里，我们比较了诱导不同细胞状态的四种不同的 TF 组合，分析了 TF 基因组占有率、染色质可及性、核小体定位和核小体分辨率下的 3D 基因组组织。我们表明单核小体上的基序识别只能破译 TFs 的单个结合。当结合在一起时，TF 以合作或竞争方式发挥作用，以靶向具有明确 3D 组织的核小体阵列，以特定模式显示基序。
03.
在一种组合中，基序方向性沿染色质环汇集 TF 组合结合，然后横向渗透到相邻的增强子。在其他组合中，TF 组装在基序密集且高度互连的环连接上，随后转移到附近的谱系特异性位点。我们提出了一种引导搜索模型，其中核小体纤维上的基序语法充当路标元素，将 TF 组合结合引导到增强子。
