今年初,《早期胰腺癌分子诊断专家共识(2023年版)》正式公布,说明早期胰腺癌分子诊断取得了重大进展。该专家共识为临床诊断和治疗提供了新的指导方针。
此前,《肝细胞癌生物标志物检测及应用专家共识》也纳入了miRNA的筛查。
miRNA几乎参与肿瘤发生发展的全过程,例如调节肿瘤的增殖自主生长信号、凋亡、转移、能量代谢及免疫逃逸等。由于miRNA在血液中以核酸-蛋白复合物形式存在或包被于外泌体中,因此它可以耐受反复冻融和极端的pH环境,不易被降解,具有良好的稳定性。因此,miRNA是比较理想的液体活检肿瘤生物标志物。相较于蛋白质标志物,miRNA的表达异常在机体内出现得更早,含量更高,并且多个miRNA联合检测相较于单个miRNA检测更有优势。
miRNA不具有编码功能,而是通过与靶mRNA特异性结合调控靶mRNA的表达,从而参与了许多生命过程。miRNA与其靶基因作用的相关机制也是miRNA研究的重要一环,研究人员可以通过IPA软件,快速查找miRNA的靶基因及其富集的生物学通路和功能。
IPA整合了常用的TargetScan预测系统,有实验证据支持的TarBase数据库和miRecords数据库构成了强大的miRNA靶基因预测体系。除此之外,IPA还可以一键富集miRNA靶基因所在的生物学通路及其影响的生物学功能,预测其表达变化对下游的影响。接下来,请跟着我们一步步操作吧~
在IPA检索框搜索miRNA名称,或上传miRNA的成熟体序列。上传成功后会显示出该miRNA的种子序列,如果其他miRNA也有一致的种子序列也会显示出来。
筛选miRNA靶基因,基于数据库来源和可信度筛选靶基因。如果上传了mRNA表达谱数据,则可以基于表达值的变化筛选miRNA-RNA配对。
在表中选择感兴趣的miRNA,然后点击“Display as Network”按钮,将microRNA与mRNA的网络可视化。
富集靶基因对应的通路和生物学功能,如下图所示。此外,可以基于数据库证据预测miRNA活性变化对下游活性的影响。
打开IPA专有的机器学习疾病网络,将感兴趣的miRNA添加到网络中,查看miRNA对疾病网络的影响。
此外,对于miRNA的测序数据,CLC平台配备了多种分析工具,可以实现miRNA的定量、差异分析等,并且可以与IPA连用,进行无缝数据传输。
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