东北是满清龙兴之地，清王朝对东北十分重视，在东北地区建立了盛京、宁古塔、黑龙江三将军驻防体系。吉林地区的最高长官是吉林将军，其前身是顺治十年（1653年）设立的“宁古塔昂邦章京（汉语为“统领”之意）”，从设置宁古塔昂邦章京到裁撤吉林将军，吉林地区将军镇守制度共延续254年，总计92任。
吉林将军是吉林地区最高军政长官，对吉林地区实行“旗民分治”的统治政策。
早在满清入关前，满清内部实行军政合一的“八旗制度”。“八旗制度”始创于努尔哈赤，他在明万历二十九年（1601年）建立正黄、正白、正红、正蓝四旗。后来，又增编镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗，形成了八旗制度。后金管辖下的所有民众都编制在旗内。皇太极称帝后，将女真族名改为“满洲”，此后“八旗”也称“满洲八旗”。随着满清统辖地区的不断扩大，皇太极又增编了“汉军八旗”和“蒙古八旗”。凡属于这三旗的统称“旗人”，凡是“旗人”，平时从事生产劳动，战时从军出征。所有八旗事务，都归将军管辖。而普通汉族民众，则由地方衙门官员管理。这就是“旗民分治”制度。后来，为使军政系统互相协调，政令统一，1759年，清政府下令地方官员受将军管辖，自此，将军成为负责地方军事、民政的最高军政长官，东北军政制度初步形成。
自17世纪中期，沙俄开始向东扩张势力，侵犯东北边境。为抵御沙俄入侵，清朝加强了吉林地区驻防八旗实力。自康熙十年（1671年）至乾隆二十一年(1756年），吉林地区陆续增设吉林、宁古塔等五城副都统，统兵驻守各地，负责巡防、稽查等事务。
清朝中前期，吉林八旗在开拓疆域、抵抗外敌入侵、保卫边疆方面，发挥了重要的作用。但是清朝末年，由于清政府政治腐败，造成东北地区的八旗军战斗力大大削弱。加之，长期以来封禁东北的政策，直接导致东北边防空虚，为沙俄的侵略埋下了隐患。满清的政治腐败决定了自身的没落，这是历史的必然。
1907年，清王朝废除八旗制，改设巡抚制度，成立吉林行省。自此，吉林真正成为与内地各省同等地位的行政区域，完成了从龙兴之地到行政管辖的近代化，实施数百年的封禁政策宣告结束，吉林发展跨入一个新时期。
