中国抗癌协会国际医疗与交流分会, 中国医师协会肿瘤医师分会乳腺癌学组. 晚期乳腺癌二代测序临床应用专家共识（2024版）[J]. 中华肿瘤杂志, 2024, 46(12): 1127-1135. DOI: 10.3760/cma.j.cn112152-20240104-00006.
乳腺癌是全球女性最常见的恶性肿瘤，根据世界卫生组织的数据，2020年，全球新发乳腺癌病例约226万，占所有恶性肿瘤新发病例的11.7%。近年来，随着分子生物学和基因检测技术的飞速发展，晚期乳腺癌相关研究不断深入，治疗手段也不断丰富。基因靶向治疗显著延长了晚期乳腺癌患者的生存时间，在晚期乳腺癌患者的分子病理诊断、靶向药物选择以及治疗模式优化方面具有重要意义。基于文献及临床研究的发展，中国抗癌协会国际医疗与交流分会和中国医师协会肿瘤医师分会组织专家制定了《晚期乳腺癌二代测序临床应用专家共识（2024版）》，相较于《晚期乳腺癌基因检测热点问题中国专家共识（2021版）》，2024版共识采用了新的循证医学证据，旨在为晚期乳腺癌患者提供更全面的基因检测信息，从而制定更精准的治疗策略。
【关键词】乳腺肿瘤；晚期；基因检测；专家共识
乳腺癌是全球女性最常见的恶性肿瘤，2020年全球新发乳腺癌病例约226万，发病率居全部恶性肿瘤首位。在中国，乳腺癌也是女性发病率最高的恶性肿瘤，2022年中国乳腺癌新发病例41.6万例。晚期乳腺癌包括局部晚期乳腺癌和复发或转移性乳腺癌，在每年新发病例中，约3%～10%的患者在首次诊断时即存在远处转移，除此之外，早期乳腺癌接受手术治疗后，约30％的患者最终出现局部复发或远处转移。晚期乳腺癌患者5年生存率仅为20%，总体中位生存时间为2～3年，临床治疗面临巨大挑战。不同类型的晚期乳腺癌应以分子靶向药物治疗为核心，进一步实现精准医疗。近年来，随着二代测序（next generation sequencing, NGS）基因检测技术的发展和新型抗肿瘤药物临床研究的突破，晚期乳腺癌的治疗格局也在不断改写，个体化精准治疗模式逐渐成为主流。NGS技术是精准医疗领域的关键技术，具有通量高、灵敏度高等优势，是乳腺肿瘤分子分型、遗传诊断、疗效监测、预后判断、耐药提示以及治疗方案选择的重要依据。本共识就《晚期乳腺癌基因检测热点问题中国专家共识（2021版）》中的问题进行更新，针对晚期乳腺癌基因检测的临床应用及检测技术相关的热点问题进行深入探讨。
晚期乳腺癌难以治愈，其治疗的主要目的为通过优化治疗模式、实施个体化治疗来延长患者的生存时间，提高生活质量。近年来，乳腺癌分子靶向药物不断出现，包括靶向雌激素受体（estrogen receptor, ER））、孕激素受体（progesterone receptor, PR）的内分泌治疗药物、靶向人表皮生长因子受体2（human epidermal growth factor receptor 2, HER-2）的药物、靶向乳腺癌易感基因1/2（breast cancer suscepti-bility gene, BRCA1/2）突变的多腺苷二磷酸核糖聚合酶［Poly（ADP-ribose）polymerase, PARP］抑制剂和PI3K信号通路、抗血管生成、细胞周期蛋白依赖性激酶4/6（cyclin-dependent kinase, CDK4/6）抑制剂以及免疫检查点抑制剂等。
晚期乳腺癌患者在诊断后需要考虑进行基因突变检测，患者体系或胚系的基因突变信息可以辅助临床医师对肿瘤患者进行精准分型和治疗靶点的精确定位，提示药物敏感和耐药，有助于治疗策略制定和临床药物选择。对在药物治疗过程中出现疾病进展的患者再次进行基因检测，有助于临床医师对患者采取更精准的治疗措施。
2020年8月，欧洲肿瘤内科学会（European Society for Medical Oncology, ESMO）发布了全球首个转移性恶性肿瘤患者NGS指南，强烈建议临床研究中心在晚期肿瘤的分子筛选过程中进行多基因测序，增加患者使用新药物的机会并加速临床研究。SAFIR02-BREAST研究依据晚期乳腺癌患者的基因组改变，选择匹配的靶向治疗，在进行维持治疗的患者中，48.3%（115/238）的患者从基于基因组的靶向治疗中显著获益。
推荐意见 1
对于经济条件允许、标本可及的晚期乳腺癌患者进行多基因检测，尤其是对于标准治疗后出现疾病进展的患者，基因检测可以作为临床策略的一部分，有助于临床医师对患者采取更精准的治疗措施，为患者提供更多的治疗机会。
通过基因检测对晚期乳腺癌患者进行全面的基因组分析，找到相应靶点并进行匹配治疗的患者有改善疗效的趋势，但是整体人群是否通过基因检测获益还需要更多的研究证实。
一项研究对8654例晚期乳腺癌患者进行基因检测显示，6959例患者（80.4%）存在至少1条通路的基因改变。前瞻性随机试验纳入1462例HER-2阴性晚期乳腺癌患者，将其中238例存在基因组变异的患者随机分为2组，比较化疗维持治疗与匹配靶向治疗的疗效；结果显示，在总突变人群中，2组无进展生存时间（progression-free survival, PFS）无差异，亚组分析显示，根据ESMO分子靶点临床可动性量表分级为Ⅰ/Ⅱ级的患者中，接受靶向治疗的患者PFS（9.1个月）显著长于对照组（2.8个月，HR=0.41，90% CI：0.27～0.61, P＜0.001）。FUTURE研究验证在复旦分型指导下的精准治疗，可以将多线治疗后的难治性三阴性乳腺癌（triple negative breast cancer, TNBC）患者的总体客观有效率（objective response rate, ORR）提高到29.0%，其中免疫治疗的ORR达52.6%。
NTRK融合突变在乳腺癌中比较罕见，但在部分特殊亚型乳腺癌（如分泌性乳腺癌）中检出率非常高。STARTRK-2研究显示，恩曲替尼治疗NTRK融合阳性的实体瘤整体缓解率为57.4%，缓解持续时间为12.9个月，显著改善患者的疗效；在6例NTRK融合阳性乳腺癌患者的队列中，2例完全缓解，3例部分缓解。
推荐意见 2
通过基因检测发现晚期乳腺癌治疗的特异性靶点并给予相应治疗，可以改善部分患者的疗效及预后。
HR阳性乳腺癌是指ER和/或PR为阳性的乳腺癌患者，约占全部乳腺癌患者的70%以上。对于HR阳性的晚期乳腺癌患者，内分泌治疗为主要治疗手段，但耐药是内分泌治疗失败的主要原因。乳腺癌内分泌耐药机制主要包含调节ER改变ER信号传导（如ER下调、ESR1突变或融合）、ER共激活因子/共抑制因子、转录因子、核受体和表观遗传调节剂的改变（如类固醇受体共激活剂SRC-1/3表达增加）、信号通路的激活（如PI3K/AKT/mTOR、RAS/MEK/ERK通路激活）、细胞周期进程的调节（如Cyclin D1、CDK4/6的扩增或激活）等。
30%的HR阳性转移性乳腺癌患者中，ESR1编码的ER结合结构域可能存在激活突变。与ESR1野生型相比，ESR1突变患者的PFS和总生存时间（overall survival, OS）明显缩短。SOFEA和PALOMA-3两项Ⅲ期临床试验分析显示，携带ESR1突变的HR阳性晚期乳腺癌患者使用氟维司群的疗效优于依西美坦，患者的PFS显著延长。Ⅲ期临床试验EMERALD显示，在内分泌治疗耐药的ESR1突变患者中，依拉司群组的中位PFS为3.8个月，而氟维司群或芳香化酶抑制剂组为1.9个月，依拉司群组12个月PFS率达26.8%，远超氟维司群或芳香化酶抑制剂组的8.2%。
PIK3CA基因突变热点有E542X、E545X、H1047X等，存在于约40%的芳香化酶抑制剂（aromatase inhibitors，AI）治疗后进展的HR+/HER-2-乳腺癌患者中。Ⅲ期临床研究BELLE-2和SOLAR-1显示，PIK3CA突变患者应用氟维司群联合PI3KCA抑制剂可显著获益。BELLE-2研究中，氟维司群联合Buparlisib和氟维司群联合安慰剂组患者的中位PFS分别为6.8和4.0个月；SOLAR-1研究中，氟维司群联合阿培利司和氟维司群联合安慰剂组患者的中位PFS分别为11.0和5.7个月。因此，对于HR阳性HER-2阴性的绝经后乳腺癌患者，建议检测PI3KCA的突变状态以进一步指导治疗。CAPItello-291Ⅲ期研究结果显示，在HR+/HER2-中以及AKT通路改变的晚期乳腺癌患者中，与单独使用氟维司群相比，卡帕塞替尼联合氟维司群显著改善了PFS，降低50%的疾病进展或死亡风险。有研究显示，PI3K/Akt/mTOR通路的活化与AKT1基因有关，约1.4%～8%的乳腺癌患者中发现AKT1 E17K耐药突变。94例ER阳性的浸润性小叶癌患者进行基因测序，结果显示，＞50%的患者携带内分泌耐药相关的基因组改变，其中AKT1突变率居首位。
CDK4/6抑制剂联合AI、氟维司群仍然是HR阳性晚期乳腺癌患者内分泌治疗的优选方案。现有研究提示，FAT1、RB1基因突变与CDK4/6抑制剂的耐药相关。携带FAT1基因突变的患者接受CDK4/6抑制剂治疗的中位PFS为2.4个月，而未发生FAT1基因突变的患者中位PFS为10.1个月。PALOMA-195等研究显示，当患者对CDK4/6抑制产生耐药性时，约2%～9%的患者中出现了新的可检测到的RB1突变。
HR阳性患者中有约9%存在胚系BRCA1/2突变。PARP抑制剂奥拉帕利和他拉唑帕利对BRCA1/2或PALB2突变晚期乳腺癌患者有较高的临床反应率（＞60%）。Ⅲ期临床研究显示，携带BRCA1/2突变的患者使用奥拉帕利、他拉唑帕利、维利帕尼的PFS显著优于单药化疗。
推荐意见 3
HR阳性晚期乳腺癌患者主要以内分泌治疗和靶向治疗为主，并且需要关注内分泌治疗耐药相关基因突变和DNA突变修复相关通路基因突变。患者可根据基因检测选择可能获益的药物如氟维司群、PI3K抑制剂、mTOR抑制剂、PARP抑制剂等。
HER-2阳性乳腺癌约占全部乳腺癌患者的20%以上。目前，抗HER-2单抗、小分子酪氨酸激酶抑制剂及抗体偶联药物的升级逐步提升了HER-2阳性患者的治疗效果。HER-2阳性乳腺癌患者首要关注HER-2靶向治疗耐药相关的基因和生物标志物。
HER-2靶向治疗耐药的原因包括：（1）HER受体家族的变更和补偿，如p95-HER-2缺乏曲妥珠单抗结合表位、表达增加的HER1和HER3补偿性激活、替代受体酪氨酸激酶（IGF-1R、MET）及ER和其他转录因子的激活；（2）HER-2下游激酶通路的过度活化，如（PIK3CA、PTEN突变引起的）PI3K/AKT通路的持续性激活，如较高水平的肿瘤浸润淋巴细胞增加曲妥珠单抗的耐药性、β1和β4整合素可影响HER-2靶向药物的抑制效应。
研究显示，PIK3CA基因突变会影响抗HER-2治疗。CLEOPATRA研究结果显示，PIK3CA野生型患者的PFS长于PIK3CA突变患者（曲妥珠单抗+多西他赛+安慰剂组中位PFS分别为13.8和8.6个月，曲妥珠单抗+帕妥珠单抗+多西他赛组中位PFS分别为21.8和12.5个月），提示PIK3CA突变是预后不良的标志物。EMILIA研究显示，携带或不携带PIK3CA突变的患者接受T-DM1治疗的效果相似，但携带PIK3CA突变的患者接受拉帕替尼和卡培他滨治疗的中位PFS（突变型比野生型分别为4.3和6.4个月）和中位OS（17.3和27.8个月）较短。
HER-2突变在乳腺癌中的发生率约为1.6%，多发现于HER-2扩增阴性的乳腺癌中，热点突变包含S310F、S429R/H、R678Q、V777L等。HER-2突变与HER-2抑制剂的耐药相关，HER-2突变可削弱曲妥珠单抗在PI3K/AKT通路中的抑制作用。目前针对HER-2突变的治疗策略研究较少，2项Ⅱ期临床研究显示，HER-2突变乳腺癌患者可从新型抗HER-2的酪氨酸激酶抑制剂（奈拉替尼）中获益。
推荐意见 4
HER-2阳性晚期乳腺癌的主要治疗手段是抗HER-2的靶向治疗，耐药患者需评估HER-2、PI3K/AKT等耐药相关基因突变情况，以辅助临床方案制定。
TNBC约占全部乳腺癌的15%～20%，是临床预后较差的亚型，是精准靶向治疗的重点和难点。目前，TNBC潜在的治疗靶点有BRCA1/2、PI3K/AKT/mTOR、FGFR1/2/3等。
约10%～15%的TNBC患者存在胚系或体系BRCA1/2突变，对于铂类化疗以及PARP抑制剂显示出更高的疗效。Ⅲ期临床试验OlympiAD结果显示，对于胚系BRCA1/2突变的晚期TNBC，奥拉帕利较化疗能够降低57%的疾病进展或死亡风险（HR=0.43，95% CI：0.29～0.63）。TBCRC 048研究证实，PALB2胚系突变（ORR=82%，90% CI：53%～96%）和BRCA1/2体系突变者（ORR=50%，90% CI：33%～67%）的患者也可获益于PARP抑制剂治疗，显著扩大了可能从PARP抑制剂中受益的乳腺癌患者群体。
在LOTUS研究中，NGS检测显示，41%（42/103）的TNBC患者携带PIK3CA/AKT1/PTEN通路相关突变，此类患者增加PIK3CA抑制剂Ipatasertib的治疗后，表现出显著的临床获益。
FUTURE研究对晚期耐药性TNBC进行基因检测的结果显示，难治性TNBC中常见的突变基因包括TP53（72%）、PIK3CA（18%）、PTEN（10%）、KMT2D（9%）和TSC2（9%）。对于富含HER-2基因突变的晚期TNBC患者，接受吡咯替尼联合卡培他滨治疗可能获益。通过对临床、基因组和转录组数据的整合分析将TNBC分为免疫调节型、腔面/雄激素受体型、基底/免疫抑制型、间质型，其中，免疫调节型患者接受卡瑞利珠单抗联合白蛋白紫杉醇显示出良好疗效，ORR可达到52.6%。
在乳腺癌中，同源重组修复缺陷（homologous recombination deficiency, HRD）检测对PARP抑制剂或含铂类药物的临床应用可能具有潜在的指导价值，但HRD指导转移性乳腺癌患者的精准治疗仍需更多探索。
推荐意见 5
TNBC患者BRCA1/2、PIK3CA/AKT1/PTEN通路等基因突变频率较高，且可相应选择PARP抑制剂、AKT抑制剂等靶向治疗和免疫检查点抑制剂治疗。
近年来，免疫治疗已成为晚期乳腺癌治疗领域中最具前景的治疗方式之一。程序性死亡受体配体1（programmed cell death-ligand 1, PD-L1）阳性表达、DNA错配修复（mismatch repair, MMR）缺失、微卫星高度不稳定（microsatellite instability-high，MSI-H）和高肿瘤突变负荷（tumor mutation burden, TMB）可作为晚期实体瘤患者免疫治疗获益的参考标志物。
免疫单药治疗PD-L1阳性表达的晚期TNBC患者ORR为4%～23%，优于PD-L1阴性亚组。KEYNOTE-355研究显示，在晚期转移TNBC PD-L1阳性患者中，一线应用帕博利珠单抗联合化疗与单独化疗相比，OS得到了显著和有临床意义的改善。KEYNOT-158研究显示，MSI-H/dMMR、高TMB的实体瘤患者后线使用帕博利珠单抗能够获益。
此外，多种肿瘤免疫治疗过程中存在免疫超进展和免疫耐药的情况，因此，还应该关注相关基因（EGFR、MDM2/4等、JAK1/2、B2M等）的突变情况。对于需要进行免疫治疗的晚期乳腺癌患者，需要全面评估肿瘤的免疫治疗相关生物标志物和潜在受益或风险标志物。
推荐意见 6
晚期乳腺癌患者进行全面的免疫相关标志物评估，包括PD-L1表达、MSI/MMR、TMB等，同时也需关注免疫超进展和免疫耐药相关基因的检测。
当前肿瘤组织仍然是NGS基因检测首选的样本来源。ctDNA检测具有无创性、均质性好、实时性高、不受肿瘤异质性影响等优点，在不能获取肿瘤组织样本或取样困难时提供了新的选择。血液中的ctDNA源自肿瘤组织，理论上两者应一致。但是肿瘤组织检测具有异质性，以及ctDNA释放受肿瘤组织部位、分期、克隆性造血等多种因素的影响，使得两者之间检测结果不能完全对应。两者突变结果的一致性与驱动基因、基因突变丰度相关。
在一项纳入168例实体瘤患者的研究中，ctDNA和组织驱动基因突变检测的一致率可高达88.1%～93.1%。Plasma MATCH试验共入组1044例晚期乳腺癌患者，研究结果显示，ctDNA和组织检测结果一致性高达98%。乳腺癌组织和ctDNA在PIK3CA突变的一致性为81%，ERBB2扩增和突变的一致性为79.1%，ESR1和TP53突变的一致性分别为84.8%和79.1%。
推荐意见 7
在晚期乳腺癌患者的基因检测中，血液和组织样本检测突变结果的一致性较高，并与关键驱动基因、基因突变丰度相关。
以基因突变/免疫生物标志物为靶点（如TMB）的药物推荐参考依据是国家药品监督管理局（National Medical Products Administration，NMPA）/美国食品药品监督管理局（Food and Drug Administration, FDA）获批情况、专业指南共识推荐方案以及其他相关的循证医学临床证据。在2017年分子病理学会/美国临床肿瘤学会/美国病理学家学会（College of American Pathology, CAP）发布的针对肿瘤体细胞变异的解读指南里，把不同的循证医学临床证据划分成4个级别：（1）A级证据：NMPA/FDA批准、专业指南推荐；（2）B级证据：具有足够多统计学效能的临床研究证实或领域内专家达成共识的治疗；（3）C级证据：NMPA/FDA在其他癌种中批准、多项小型研究支持、达成部分共识；（4）D级证据：临床前研究或案例报道支持。目前国内各机构基本沿用上述的划分规则对不同药物推荐的证据级别进行划分。
推荐意见 8
基因检测的药物推荐是基于基因突变/免疫生物标志物、NMPA/FDA获批情况、专业指南共识及其他相关的循证医学证据综合进行分类的。
根据检测目标基因数量的大小，存在不同类型的测序方法，包括WES和靶向测序。WES包含约2万个基因，靶向测序panel一般包含几个至一千多个基因。靶向测序和WES测序在临床应用中有不同的侧重点。
靶向测序的检测区域相对有限，但可以实施对检测区域的高深度测序，对低频突变、亚克隆变异都有不错的检测效果。对于TMB检测，建议panel包含的蛋白质编码区捕获区域＞1 M，TMB检测准确性更高。
WES的检测区域更大，可以更为全面地评估肿瘤基因突变、TMB、HRD和新抗原负荷等，在预测免疫治疗药物和预测靶向基因组不稳定性的DNA修复抑制剂的疗效上有独特的优势。相较于靶向测序，WES更适用于罕见肿瘤、基因突变较少的肿瘤。当靶向测序未发现基因突变时，也可使用WES进行突变筛查。但是WES也伴随着更高的成本以及对生物信息学分析的更高要求。
推荐意见 9
目前没有足够的证据支持检测的目标基因数量与患者获益相关。建议重点关注证据等级较高的基因，当靶向测序未发现基因突变时，可以使用WES进行突变筛查。
ctDNA水平的波动与肿瘤负荷相关，这使得ctDNA成为监测肿瘤演变、预测治疗反应、监测耐药和确定预后的优秀非侵入性工具。晚期肿瘤中ctDNA通常通过基因突变、突变丰度等分子指标进行动态监测。
在晚期乳腺癌患者中动态监测ctDNA可以预测治疗疗效。TP53、PIK3CA突变动态ctDNA水平的变化与治疗反应相关，疾病进展患者中均发现TP53和/或PIK3CA VAF增加，71%（10/14）对治疗有反应的患者中发现TP53和/或PIK3CA VAF降低。连续监测ctDNA可以对患者进行耐药监测，有研究显示，56.4%的一线AI治疗后进展的患者中检测到ESR1突变，可以比标准影像技术提早6.7个月监测到耐药发生。ctDNA监测也在预测患者预后方面发挥重要作用，ESR1或ERBB2基因突变与后线使用氟维司群治疗的不良PFS有关。双盲Ⅱ期LOTUS试验比较了Ipatasertib联合紫杉醇与紫杉醇单药治疗晚期TNBC患者的情况，证明了ctDNA的动态评估在评估客观反应和PFS方面的预测价值。
推荐意见 10
在晚期乳腺癌患者中进行ctDNA动态监测有助于预测治疗疗效、监测耐药、预测患者预后。
NGS实验室对不同样本的采集和处理需要制定严格的管理制度、标准化操作程序、系列质量管理文件。严格的样本质控是高质量基因检测结果的重要前提条件，进行NGS检测的机构应为资质齐全、技术实力雄厚、后续服务能力强的正规机构，需获得中国合格评定国家认可委员会、CAP或美国临床实验室改进法案修正案认证。NGS实验室应每年参加由国家卫生健康委员会临床检验中心、病理质控中心或欧洲分子基因诊断质量联盟等机构组织的室间质量评价与能力验证，保证实验室质控体系符合标准。
NGS检测的常见样本类型有肿瘤新鲜组织、肿瘤石蜡组织、外周血、胸腹水等。体系突变检测一般采用手术切除或穿刺组织（甲醛固定和石蜡包埋组织切片）、血液、胸腹水以及脑脊液来进行检测；胚系突变检测则一般采用血液进行检测，还可选择唾液、口腔拭子（口腔上皮细胞）等样本。采集样本时，应在采集管上贴上唯一条码，以确保样本信息清晰、可追溯。采集完的样本应与签字的知情同意书及检测申请单一并送达检测实验室或第三方医疗检测机构，留存资料备档。
推荐意见 11
NGS应选择正规的检测机构，确保检测结果准确可靠。NGS检测机构或中心应制定并执行完善的质量控制流程，符合分子诊断实验规范要求，列明质量标准及质量参数。
NGS技术在晚期乳腺癌患者的精准治疗中发挥了重要的作用。随着越来越多标志物的发现，更多高质量的临床研究数据发表，分子生物学技术作为重要的一环能够使我们更深入地理解晚期乳腺癌的基因组特征和分子机制，更准确地识别疾病的进展轨迹，选择更有效的治疗方案，持续推动精准诊疗不断向前发展，期待基因检测技术在未来能够发挥更大的作用，为患者带来更好的生活质量。
参考文献略。
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本文编辑 | 殷宝侠
公众号 | 苏在明
