原基分化到各种花器官形成称为花芽分化。柑橘花芽分化是柑橘由营养生长过渡到生殖生长的转折，它开始于芽的原始体出现，终于芽内雌雄蕊的形成。
柑橘的花芽分化通常分为三大部分，树体的准备、花芽生理分化和花芽形态分化。时间上从每年的9月中下旬到第二年春季开花时节，花芽分化一直都在进行。
了解花芽分化的时间表，可以指导我们在柑橘果园管理中的工作重点，有针对性的做出促花保花工作，为来年多开花、开好花；多结果、结好果做好准备！树体的准备过程其实就是养分的积累过程。时间上，一般在每年的9月中下旬，到10月中下旬。即在秋梢老熟的过程中进行，此时树体养分供应充足，秋梢枝条逐渐积累大量的养分物质，并开始逐渐老熟。这个阶段中，有助于柑橘成花的营养类物质、激素类物质、遗传类物质开始形成，为花芽的生理分化准备内在条件。但需要注意的是，此时柑橘叶芽生长点还未开始朝花芽方向转变。
在秋梢老熟之后，树体养分充足的情况下，一些能促进柑橘叶芽生长点转向花芽分化的内源激素开始大量形成，并在营养物质和遗传类物质的协助下，促使芽生长点开始向花芽进行转变。这个过程就是花芽的生理分化。花芽的生理分化是细胞结构上的微观变化，此时无法用肉眼去判断。时间上，花芽的生理分化持续不长，一般在每年的10月中下旬，到11月中下旬，持续时间一个月左右。但在作用上，却非常重要！花芽生理分化的好坏，直接关系到来年柑橘树成花数量的多少。花芽生理分化完成后，就是漫长的形态分化过程，从形态分化前期、花萼分化期、花瓣分化期到雄蕊分化期、雌蕊分化期。整个过程从11月中下旬到次年开花前（3月）。而花芽的形态分化期也就是通常所说的花芽分化期。在这个阶段中，柑橘花的各个器官逐渐形成，花的结构基本完善，其中雄蕊和雌蕊的分化形成，关系到次年柑橘成花的质量。如果在雄蕊和雌蕊分化期，外界环境或者果园管理方面出现问题，就会导致形成畸形花，花瓣不全、花朵弱小；严重的会导致雌蕊、雄蕊发育不完全，严重影响柑橘花的收粉率和结果率。 一个芽，开花还是长叶，主要取决于芽及枝条内碳水化合物贮藏的多少，决定开花的不是碳水化合物的绝对量而是相对量。高含量的碳水化合物（即光合产物）并不一定促使柑橘成花，必须是碳水化合物比无机物质占优势时，才可以开花；相反，氮占优势则出芽。即所谓的碳氮比（C/N）。氮(N)：足够的氮素营养可促进多种果树花芽分化，增加木质部汁液中细胞分裂素含量，但大量施氮，会导致徒长，赤霉素含量上升，抑制成花，不利于花芽分化。磷(P)：树体中有效磷水平在很大程度上调控着果树的花芽分化，能够促进花芽形成。钾(K)：钾是光合作用过程的重要物质，而光合产物的含量是影响柑橘花芽的主要原因。另一方面，钾元素水平影响着激素平衡，树体缺钾有类似赤霉素的抑花作用。钙(Ca)：分生组织的继续生长必需有钙，缺钙则细胞分裂受抑制或不能进行，而花芽分化必定有细胞的分裂，因此钙对花芽分化同样重要，同时钙对维持生物膜的完整性和渗透性也起重要作用镁(Mg)：镁是构成叶绿素和各种色素的组成成分之一，直接与叶绿素和其它色素生成有关，从而影响光合作用以及碳水化合物的合成，从而影响花芽分化。硼(B)：硼能提高多种酶活性，促进碳水化合物的合成和运转；同时硼有助于叶绿素的形成和光合作用的进行以及输导组织的正常发育。锌(Zn)：锌是树体内某些酶的成分和活化剂，与植株光合、呼吸作用以及碳水化合物合成、运转等过程有密切关系，同时参与植株体内的生长素形成，RNA代谢。
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上面我们谈了柑橘树体的营养水平和物质代谢方面与花芽分化的关系。但是，是什么机制来控制物质代谢呢？这其中与植物内源激素密切相关！细胞分裂素：细胞分裂素对花芽孕育起促进作用，在柑橘花芽分化期，柑橘花芽内细胞分裂素的水平逐渐增加，在形态分化初期达到最高水平。赤霉素：赤霉素是主要的抑花激素，赤霉素是多数果树主要的成花抑制物质，外用赤霉素能抵消环割的促花作用。脱落酸：脱落酸能促进柑橘花芽孕育，是因为脱落酸可抵消赤霉素的作用，增加柑橘芽液泡中糖的浓度。但脱落酸过多，会造成柑橘树营养生长停止，可能间接影响花芽孕育，这就是为什么冬天大量落叶后第二年早春花量很少。花芽孕育是各种激素在时间、空间上的相互作用而产生的综合结果。
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1、温度：不同的品种分化期也有所不同，甜橙较早，椪柑、温州蜜柑、蕉柑较迟。同一品种，在不同的地区也有所不同。一般在气温高的地区花芽分化较早，气温低的较迟。2、光照：充足的光照有利于花芽分化，花芽孕育被促进。3、水分：土壤水分含量的多少会影响柑橘花芽分化，相对干旱的环境能促进柑橘花芽的分化，过湿不利于花芽分化。（控水断根促进花芽分化）柑橘芽长出花还是叶，首先取决于树体的营养水平，具体来说是芽生长点碳水化合物的相对含量，植物体组织的碳水化合物含量又取决于体内物质的代谢过程，同时又受体内内源激素的制约；相反，激素的多少与运转方向又受体内代谢营养水平及外界光、温、湿等自然条件影响。所以，柑橘花芽分化是多方面因素相互作用的过程。
