最近对接客户,包括面试毕业生。
发现大家对于生物信息分析重视程度有了,但是它的能力范围并不清楚。
很多小伙伴就知道肿瘤数据库TCGA,却不知道单细胞当道的情况下,GEO的数据利用程度远远超过TCGA。这句话是重点,一定要记得,实在不清楚,找我们设计的方案,你就知道了。
今天小编就整理了24年做生信分析,一定要知道的十大数据库。
一、NCBI(GEO,数据多,疾病,肿瘤都有,单细胞)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo
GEO数据库随着疾病研究的深入,包括单细胞测序技术的发展,目前在生信分析上已经慢慢的有超越TCGA的趋势,所以你一定要知道,GEO是块宝,不过得好好的做数据清洗才能用。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
https://www.cdc.gov/nchs/nhanes/index.htm
https://www.ukbiobank.ac.uk
1、IEU(https://gwas.mrcieu.ac.uk/)
2、GWAS Catalog(https://www.ebi.ac.uk/gwas/)
3、Finngen(https://r10.finngen.fi/)
4、eQTLGen(https://www.eqtlgen.org/phase1.html)
https://portal.gdc.cancer.gov/
http://gepia2.cancer-pku.cn/#index
https://www.cbioportal.org/
http://ualcan.path.uab.edu/
http://www.cancerimagingarchive.net/
http://www.proteinatlas.org