疾病预防控制体系是保护人民健康、保障公共卫生安全、维护经济社会稳定的重要保障。从这次疫情防控斗争看，我国疾病预防控制体系发挥了重要作用，但在特大疫情面前，暴露出能力不强、机制不活、动力不足、防治结合不紧密等问题。习近平总书记强调，这些也是老问题，现在到了下决心解决的时候了。方向是立足更精准更有效地防，在理顺体制机制、明确功能定位、提升专业能力等方面加大改革力度。要坚定不移贯彻预防为主的方针，坚持常备不懈，将预防关口前移，避免小病酿成大疫。
第一，明确功能定位。
党中央、国务院对履行公共卫生职能的部委机构进行及时改革调整，新组建了国家疾病预防控制局，其主要职能包括负责制订传染病防控及公共卫生监督的政策；指导疾病预防控制体系建设；规划指导疫情监测预警体系建设；指导疾控科研体系建设；公共卫生监督管理、传染病防治监督等。目前定位的各级疾病预防控制机构的主要职能包括监测预警、风险评估、流行病学调查、检验检测、应急处置、监督监管等，当然还包括人群健康状况监测与调查、综合干预与评价、信息管理与发布、健康教育与促进、技术管理与指导等基本职能。
可以看出，各级疾病预防控制机构的核心职能是传染病防控和应急处置，需要进一步强化监测预警、风险评估、流行病学调查、检验检测、应急处置和监督监管等主要职能，初步建立能有效应对重大传染病及突发公共卫生事件、服务支撑健康中国建设、基本满足国家公共安全需要的责权清晰、功能完善、运转高效、协同联动、保障有力的疾病预防控制体系。
优化完善疾病预防控制机构职能设置，健全以国家、省、市、县四级疾控中心和各类专科疾病防治机构为骨干，医疗机构为依托，基层医疗卫生机构为网底，军民融合、防治结合的疾控体系和上下联动的分工协作机制。
第二，理顺健全疾病预防控制制体制机制。
一是完善补偿和激励机制。在实行财政全额保障政策的同时，建立保障与激励相结合、符合疾控机构特点的运行新机制。各级财政应足额保障属地疾控机构基本建设、设备购置、学科建设、人才培养等发展建设支出和人员、公用、业务等经费，建立财政对传染病疫情和突发公共卫生事件应急储备的长效投入机制，并纳入政府经常性预算安排。落实“两个允许”要求，给予疾控机构内部分配自主权，激发机构运行活力。
二是完善考核评估机制。地方对辖区疾控机构的考核评估应围绕机构自身职责，建立科学的绩效评价体系，构建绩效考核评估指标框架，定期开展考核评估工作。考核评估内容应包括各级疾控机构承担政府公共卫生职能和公益性任务的完成情况、对区域医疗机构承担公共卫生任务的指导和监督任务的完成情况以及辖区居民健康指标的改善情况等。强化考核结果运用，将考核评价结果作为疾控机构人事任免、评优评先、工资总额和奖励绩效核定等的重要依据，并与疾控工作人员绩效、进修、晋升等挂钩。
三是健全人才队伍发展机制。加强疾控人才队伍建设，建立适应现代化疾控体系的人才培养使用机制，稳定基层疾控队伍。加大各级疾控机构用编、用人自主权，改革职称评审标准，合理增加疾控机构中高级岗位比例。健全公共卫生医师制度，培育壮大公共卫生医师队伍，探索赋予公共卫生医师处方权。设立公共卫生人才培育专项计划，建立公共卫生首席专家制度和特设岗位，选拔、培养公共卫生领军人才和青年拔尖人才，打造高层次公共卫生人才队伍。建立以实践为导向的公共卫生人才评价机制，实行分类考核。推动并加强各级疾控机构与高校公共卫生学院在人才培养、人员互聘、平台共建、数据共享等方面的合作，创建校地合作公共卫生人才培养示范基地，协同培养公共卫生应用型专业人才。
第三，提升专业能力。
一是流行病学调查和风险评估能力。从新冠肺炎疫情防控实践中，各级疾控中心的流行病学调查和风险研判及评估能力对于落实科学防控和精准防控至关重要。因此，流行病学调查和风险评估能力应该成为新时期疾控机构能力建设中最重要的内容。疾控机构要组建数量充足、区分梯次的流调队伍，具备利用现场流行病学、分子流行病学、血清流行病学、数字流行病学等理论和技术开展流行病学调查和溯源，以及利用人工智能、大数据等新技术开展疫情实时展示和趋势预测研判的能力，为政府制定有针对性的疫情防控策略如风险人群和封闭、封控区域的划定、核酸检测和筛查的范围和频率、严格隔离管控和居家健康监测人员的判定标准等提供决策支撑。
二是实验室检验检测能力。作为我国公共卫生体系应急处置的核心能力之一，检验检测能力已成为衡量疾控机构技术水平、工作能力的重要标志。统筹规划以各级疾控机构实验室为主体，由医疗机构检验科、独立医学检验实验室、病原微生物研究机构等共同组成的公共卫生实验室检测网络。根据各级疾控机构的职能定位，分级分类分区域加强疾控机构的检验检测技术能力，并强化技术操作规范和生物安全培训等工作。国家层面建设生物安全四级实验室、高级别生物安全实验室和重点理化和毒理实验室，每个省域内逐步实现至少建设一个生物安全三级实验室，推动在全国各地级市、县（区）和口岸至少建设一个生物安全二级实验室。建设一批国内先进水平的疾病防控重点实验室、省级参比实验室和区域性特色实验室，整体提升疾控体系的检验检测能力。
