2024年对NanoString是复杂和特殊的一年，但对CosMx SMI是进展不断、收获颇丰的一年。
2024年，CosMx空间多组学技术得到了全球科学家的广泛认可和深入应用，令人兴奋的科研成果层出不穷。本文整理挑选了2024年发表的部分CosMx文章，并对CosMx的公共数据集资源进行了汇总。
2024 CosMx精选文献合辑
2024. 1
Nature Cancer
上海免疫所科学家团队主导利用多组学技术揭示“癌-胚”重编程对肝细胞癌复发和免疫治疗响应的影响
该研究利用了包括CosMx单细胞空间原位分子成像技术等多种前沿工具，通过对获得的多组学数据整合分析，系统揭示了“癌-胚”重编程过程在肝细胞癌复发及抵抗免疫治疗过程中的重要作用，为研究肝癌复发及其免疫逃逸机制提供了全新的视角。
2024. 1
Cancer Cell
CosMx助力发现肠道上皮IL-17RA信号可通过微生物调节远端肿瘤生长
MD Anderson Cancer Center研究团队利用及临床科学家团队利用CosMx单细胞空间原位分子成像技术，结合单细胞RNA测序，探讨了肠道微生物与肿瘤生长发展之间的关系，揭示了癌症患者对细胞因子抑制的抵抗机制。利用CosMx所提供的全面的高分辨率单细胞空间转录组数据，研究人员阐释和证实了IL-17A在PDAC中的作用，为开发新的治疗策略提供重要信息和深入见解。
2024. 2
Nature Communications
2024. 3
Nature Communications
【GeoMx & CosMx联合应用】多维度空间转录组学揭示大脑皮质路易病理学特征
该研究分别利用GeoMx空间全转录组技术和CosMx单细胞空间原位分子成像技术从多细胞组织维度和单细胞空间维度，在组织原位检测不同的空间特征和细胞状态，鉴定出帕金森病(PD)皮层中易受Lewy病理影响的特定神经元类型，并揭示其分子功能障碍的保守特征。这些发现为未来针对特定神经元类型和分子途径的治疗干预提供了可能的靶点。
2024. 3
Nature Communications
CosMx空间转录组学揭示卵巢癌亚克隆特异性肿瘤微环境和自分泌环路
该项研究综合利用空间全转录组和CosMx单细胞空间分子成像技术，对高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)的亚克隆进行了鉴定，并深入探究了不同亚克隆与局部组织为环境中不同类型细胞的通讯和相互作用特征，从空间和分子角度全面阐释了HGSOC的异质性。
2024. 5
Nature Medicine
MD Anderson癌症中心研究团队利用CosMx单细胞空间原位技术揭秘肿瘤微环境新细节
该研究利用了CosMx单细胞空间原位分子成像技术等多组学方案对复杂肿瘤微环境中的T细胞转录组状态的多样性及其在免疫治疗中的潜在作用进行了深入解析，为理解癌症免疫治疗的耐药性带来了新的视角。
2024. 5
Nature
CosMx助力揭示“基因荒漠”如何通过ETS2诱导巨噬细胞炎性参与免疫疾病发生发展
该项研究综合利用单细胞测序数据、CosMx单细胞空间分子成像技术和CRISPR-Cas9基因编辑等前沿技术，揭示了与炎性疾病相关的基因区段(chr21q22)如何通过ETS2基因调控人类炎症性巨噬细胞的活性，参与疾病的发生发展，并阐明和验证了ETS2基因及其调控基因的空间表达模式与疾病机制之间的联系，为未来的药物开发提供了新的靶点。
2024. 5
Cancer Cell
CosMx组织原位追踪诱发结肠炎的检查点抑制剂结合T细胞，揭示致病机制
该研究综合利用单细胞RNA测序和CosMx单细胞空间转录组学技术等多组学方法追踪肠道组织中与检查点抑制剂(CPI)结合的T细胞，鉴定出与结肠炎发展相关的不同细胞亚型及其组织邻域，并进一步确定了致病相关的空间细胞社群特征。
2024. 7
Nature Genetics
由美国宾夕法尼亚大学及德国研究中心的科学家团队通过对人类肾脏进行单细胞多组学测序和单细胞空间原位分析(CosMx单细胞空间原位分子成像技术)，绘制了健康及慢性肾脏疾病(CKD)肾脏微环境全景特征，全面阐明了肾脏不同组织空间部位的分子和细胞特征，以及伴随CKD发生的组织微环境变化，尤其揭示了纤维化微环境在肾病进展中的作用。
2024. 6
Nature Communications
该研究通过收集不同癌种的单细胞测序数据构建了一个泛癌种的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)单细胞转录组图谱，并利用CosMx单细胞空间分子成像技术揭示了TAMs的空间分布以及它们与肿瘤微环境中其他细胞类型的相互作用关系，详细探究了TAMs在调节免疫疗法反应中的作用。
2024. 7
Nature Immunology
CosMx 6K全球首篇！揭示卵巢癌免疫逃逸的空间单细胞组织特征及细胞状态调节因子
研究人员应用以CosMx为主的单细胞空间转录组技术，对来自94名患者的130个HGSC肿瘤样本中的250多万个单细胞进行了空间原位检测分析，绘制了HGSC单细胞空间组织图谱，系统地探究了HGSC肿瘤免疫的恶性细胞状态及细胞调节因子。
2024. 9
Nature Genetics
CosMx空间单细胞分析揭示治疗所诱导的胰腺癌微环境重塑事件和机制
麻省总医院、Broad研究所的联合研究小组基于CosMx单细胞空间转录组学技术，开发出一套空间约束优化传输互作分析(SCOTIA)计算模型，将单细胞空间转录组图谱与临床前数据相结合，不仅描绘了原发性胰腺导管腺癌(PDAC)的肿瘤微环境(TME)特征，还深入探究了PDAC在新辅助化疗和放疗中的多细胞空间邻域和细胞间相互作用的重塑情况，并发现了与治疗反应相吻合的关键分子通路变化。基于这些发现，研究人员认为TME中细胞间相互作用变化可为解决耐药性提供新见解。
2024. 9
Cancer Cell
CosMx空间单细胞多组学揭示人类胰腺癌KRAS突变体的不同临床结果和分子生物学特征
斯隆—凯特林癌症研究所、康奈尔大学威尔医学院等联合研究小组通过利用CosMx单细胞空间原位分子成像技术对1360例胰腺癌患者进行了检测分析，绘制了胰腺导管腺癌(PDAC)单细胞空间转录组图谱，探讨了早期(I期)与晚期(II-III期)PDAC的临床和病理特征，重现并详细分析了不同等位基因的特异性差异，特别是KRAS基因不同突变体与早期疾病和临床结局的关系。发现含有且高表达KRASG12R突变型与预后改善密切相关，强调了突变特异性在PDAC中的重要性。
CosMx公共数据集
01
CosMx正常肝脏及肝癌公共数据集
数据样本：正常个体和肝癌患者肝脏的FFPE组织
检测方案：CosMx Universal Cell Characterization RNA Panel（1000-plex）
官网链接：https://nanostring.com/products/cosmx-spatial-molecular-imager/ffpe-dataset/human-liver-rna-ffpe-dataset/
02
CosMx小鼠脑公共数据集
数据样本：小鼠大脑的两个冠状FFPE切片样本
检测方案：CosMx Mouse Neuroscience panel (1000-plex RNA)
官网链接：https://nanostring.com/products/cosmx-spatial-molecular-imager/ffpe-dataset/cosmx-smi-mouse-brain-ffpe-dataset/
03
首套CosMx 6K公共数据集
数据样本：人类额叶皮层FFPE样本
检测方案：CosMx Human 6K Discovery Panel (6000-plex RNA)
官网链接：
https://nanostring.com/products/cosmx-spatial-molecular-imager/ffpe-dataset/human-frontal-cortex-ffpe-dataset/
04
CosMx人类淋巴结CosMx 6K公共数据集
数据样本：人类淋巴结FFPE样本
检测方案：CosMx Human 6K Discovery Panel
（6000-plex RNA）
官网链接：
https://nanostring.com/products/cosmx-spatial-molecular-imager/ffpe-dataset/cosmx-human-lymph-node-ffpe-dataset/
05
首套CosMx WTx公共数据集
数据样本：胰腺FFPE样本
检测方案：Pre-commercial CosMx Human Whole Transcriptome Panel (18,000+ plex RNA)
官网链接：https://nanostring.com/products/cosmx-spatial-molecular-imager/ffpe-dataset/cosmx-smi-human-pancreas-ffpe-dataset/
CosMx技术验证性文章：
He, S., Bhatt, R., Brown, C. et al. High-plex imaging of RNA and proteins at subcellular resolution in fixed tissue by spatial molecular imaging. Nat Biotechnol (2022). https://doi.org/10.1038/s41587-022-01483-z
CosMxTM SMI单细胞空间原位分子成像系统
CosMx™ SMI是一个突破性的单细胞空间原位成像平台，结合了超高分辨率成像技术和多靶标检测能力，能够对组织切片中6000+种RNA和64+种蛋白质分子进行单细胞和亚细胞分辨率的原位成像，支持研究人员实现精准透彻的生物学解析。
众所周知，FFPE样本中的RNA和蛋白质通常质量较低，尤其是RNA往往降解严重，使得对于FFPE样本的分子检测分析极具挑战性。CosMx™ SMI系统具有简单的样本制备流程和稳定的原位杂交化学原理，并能够兼容多种组织类型（如新鲜冷冻（FF）、福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）、组织芯片（TMA）、类器官等），在单细胞分辨率上实现RNA和蛋白质在组织细胞原位精细的可视化展示和精准的定量分析。
超多靶标的单细胞空间原位表达信息不仅可以实现精细的细胞分型，绘制单细胞空间图谱，详细展示细胞邻域和组织微环境，同时还支持细胞配受体检测，在真实的组织空间背景下推进您对细胞间相互作用、细胞通讯和细胞状态的深刻洞察。
CosMx™ SMI应用包括：
单细胞空间图谱：发现不同细胞类型，绘制其组织空间定位；
差异表达分析：基于空间背景的单细胞转录组差异表达分析；
解析细胞状态和细胞功能；
细胞邻域分析：组织微环境的空间表型；
细胞通讯：配体-受体相互作用；
转录本和蛋白的亚细胞定位；
生物标志物的发现和验证。
关于布鲁克空间生物学
布鲁克公司旗下的布鲁克空间生物学事业部（Bruker Spatial Biology, BSB），专注于为全球生命科学研究者提供领先的空间分子生物学研究工具。BSB极具创新性的产品生态系统为后基因组时代探索三维生物学的科学发现和转化医学研究提供了全面的解决方案。BSB产品生态系统由多种突破性技术组成，包括：NanoString的GeoMx DSP数字空间多组学分析系统，提供全组织空间蛋白质组和全转录组表达谱分析；CosMx SMI单细胞空间原位分子成像系统，通过单细胞和亚细胞水平的超高分辨率成像分析，使研究人员能够在组织原位绘制单细胞空间图谱并获取背后的分子机制。其分析流程可以由基于云计算的分析、协作解决平台AtoMx提供支持；Canopy的CellScape超分辨空间原位单细胞蛋白成像系统兼容开源试剂，能够实现灵活可拓展的空间单细胞蛋白质组学探索；最新的空间分析平台Acuity支持单个细胞和细胞群中原位可视化分析空间三维染色质结构，为空间三维基因组学提供了全新的洞察力。该技术能分析染色体三维构象(Chromosome 3D Conformation)、染色体区室(Chromosomal Compartments)、拓扑关联结构域(TAD)和染色质环(Loops)的位置和关系，以及空间分辨率解析的增强子-启动子(Enhancer-Promoter)相互作用；NanoString的nCounter分析系统，是定量分析工具，它提供了一种安全可靠的方法，可轻松地同时对数百个基因、蛋白质、miRNA 或拷贝数变异的表达进行高灵敏度和高精确度的分析。
欲了解更多信息，请访问：
https://brukerspatialbiology.com。
