新辅助TCHP治疗是早期HER2+乳腺癌的一项标准治疗策略，约有三分之一患者表现出临床获益（PCR）。了解导致不同乳腺癌患者对该疗法应答或应答失败的生物学因素，对于开发治疗方法和选择治疗策略至关重要。
Mayo Clinic的研究团队在2023美国肿瘤免疫治疗学会年会（The Society for Immunotherapy of Cancer, SITC）上发布了他们的一项早期研究，该研究选择利用了GeoMx® IPA空间蛋白质组检测方案对早期HER2+/ER肿瘤的基质区域和肿瘤区域进行深度挖掘分析，初步发现了与治疗响应相关的生物标志物。
我们邀请了该项研究的负责人Saranya Chumsri教授对该项目的最新进展，尤其是临床试验结果进行了介绍分享。以下是本次研讨会的回放视频（含中文字幕），敬请观看。
研究概览 - 2023 SITC墙报
研究人员使用了GeoMx® IPA空间蛋白质组检测方案来评估早期HER2+（IHC3+）/ER-肿瘤的肿瘤区和基质区的空间蛋白质组表达特征。在该项试验中，研究人员分析了6个样本，包含3个对新辅助TCHP治疗响应的样本和3个对新辅助TCHP治疗无响应的样本，使用线性混合模型对不同样本不同区域的蛋白质组表达差异进行评估，以确定与TCHP治疗响应相关的蛋白表达特征，并评估治疗后仍有微小残留病灶（MRD）的样本的免疫微环境。
涵盖570种蛋白靶标的GeoMx® IPA免疫肿瘤空间蛋白质组检测方案能够深入分析这些蛋白的组织空间分布特征和表达丰度差异，提供了极具病理价值的分子信息，进而支持研究人员从新的视角了解与HER2+乳腺癌标准疗法的良好响应相关的蛋白质组特征，挖掘出具有临床应用（预测预后等）潜力的生物标志物，甚至开发新的治疗靶点，从而最大限度地提高新辅助TCHP的疗效。
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不同治疗响应下肿瘤区和基质区的空间蛋白质组表达谱
图 2：A).不同样本的组织形态学特征；B).在对所有样本AOI蛋白表达谱数据进行质控和归一化，继而进行无监督聚类分析。
空间蛋白质组学分析表明，对新辅助TCHP疗法响应的样本中，ERBB信号转导模式表现出显著特征
图 3: B). GSEA分析显示，对新辅助TCHP治疗有响应的样本中，ERBB信号特征明显富集；C). CK+和CK-组织中的差异表达；D). ERBB信号特征在应答者和非应答者中高度相关。
GeoMx空间蛋白质组数据与CosMx单细胞空间原位转录组学数据联合分析
图 4：A). 使用 CosMx™ Human Universal Cell Characterization（CosMx™ UCC）1K RNA检测方案对样本进行检测。B). 带有形态学标记信息的肿瘤区和基质区的CosMx图像；C). CK+组织中的HER2蛋白表达（GeoMx® IPA）与肿瘤细胞中的ERBB2 mRNA密切相关（CosMx™ UCC）；D). 不同组织区域的差异表达。
GeoMx® IPA 空间蛋白质组检测方案
GeoMx® IPA可以实现对组织中任何区域（如肿瘤区域、免疫交界区域、肿瘤微环境和正常基质区域等）中的>570种蛋白质进行空间原位的表达检测，快速发现新的蛋白质生物标记物和药物靶点。与传统的免疫组化（IHC）或免疫荧光（IF）检测方法相比，利用GeoMx® IPA可在每张组织切片获得更全面的生物信息。同时GeoMx® IPA同样采取了与组织学实验类似的工作流程，与您实验室中现有的组织学方案程无缝集成。
产品特点：
超多蛋白靶标，带来的是突破性的生物标志物发掘能力：在一张组织切片上检测超过570个人类蛋白靶标的原位表达信息；
全面覆盖77种癌症关键的功能途径；
RNA和蛋白共检实现真正的空间多组学检测，最大程度释放有限样本的无限价值：在一张组织切片上同时获取空间全转录组（GeoMx® WTA）和空间蛋白组（GeoMx® IPA）数据；
无损检测分析：柔和、稳定的生物化学原理极大程度减小了对组织样本的损伤；
经IHC验证的全面抗体目录，与您熟悉的免疫组化技术无缝集成；
支持灵活的定制方案：可以添加多达40个额外的蛋白质靶标。
