新疆，是从清代沿袭下来的地名，但是当年国内曾经有过几个新疆。
雍正朝称乌蒙地区为新疆。据《清世宗实录》记载，雍正八年（公元七三〇年）七月“乙酉，户部议复云贵广西总督鄂尔泰遵旨酌定乌蒙总兵刘起元条奏苗疆事宜：一、乌蒙系改土新疆，与威宁接壤。一、乌蒙府设有永善一县，新经改流，诸事尚未就绪，应增置乌蒙一县，隶于该府。”
上述条奏中被称为新疆的乌蒙在什么地方呢？据《清史稿·地理志》说，云南省昭通府就是过去的“乌蒙府”。“雍正五年，（由四川）改隶云南。六年，设流官，置恩安、永善两县，……。九年，改今名（昭通)。”从地理位置看，乌蒙在今昭通、永善一带，位于云南省北部，与四川、贵州两省邻接，明代和清朝初期曾属于四川省。文中说乌蒙是“苗疆”，实际上这里是彝族分布地区。
从历史上看，乌蒙地区从来就在我国版图之内。西汉时即属犍为郡地。蜀汉、西晋和南朝在这里设朱提郡。隋朝在这设立恭州，唐朝改名曲州。宋为乌蒙部地。元朝设乌蒙路,是云南省的下属行政机关，明代设立乌蒙军民府。上述建置表明，乌蒙地区向来是中国的固有领土。
那么清朝为什么称为新疆呢？因为乌蒙本来是元、明、清等朝政府设立土司管理的少数民族地区，雍正六年清朝在乌蒙府实行改土归流，废除世袭的土官，委派流官统治。“乌蒙系改土新疆”这句话说明：这个“新疆”是指改革旧土司制度以后，设立新行政机关的国内少数民族聚居区。
除了云南乌蒙以外，清代还称贵州的黔东南地区为新疆。
《清实录》记载。雍正十年（公元一七三二年）四月辛卯日，皇帝降旨说：“新疆辽阔，直通楚、粤，兼有内地旧汎，非古州（今贵州榕江）一镇所能统辖。……将新疆之丹江营（今贵州雷山境）、台拱营（今贵州台江），与内地之铜仁、……等协俱归（拟设之清江镇）管辖。其余都匀协、……诸协营，仍隶古州镇管辖”。雍正十三年（公元一七三五年）七月丁未日上谕：“朕思古州地方为新疆要地”。雍正皇帝提到的古州、丹江和台拱等地，都在贵州省东南部分，他把这些苗族侗族聚居的地方称为新疆。又如《清高宗实录》第二二卷，乾隆元年（公元一七三六年）七月“辛丑，永除新疆苗赋”。第五二卷，乾隆二年闰九月“丁卯，停贵州古州苗田屯军。……若新疆招集汉民耕种，……”。这些“新疆”，指的都是贵州东南部的新疆。
《东华录》也有黔东南地区称新疆的记载。例如雍正朝第二六卷，雍正十三年六月丁酉日，办理苗疆事务王、大臣等奏：“又，荔波县系贵州、广西两省交界之地，虽新疆内有都江（今贵州三都水族自治县境）一协……“。
在《责州通志》以及《贵阳府志》《黎平府志》等地方志中，称黔东南地区为新疆的记载更多，《贵州通志·前事志》就多达好几十处。雍正九年（公元一七三一年）“六月，张抚军（广泗）巡历新疆，自古州、丹江至清江两岸”。乾隆二年“秋八月，始设古州新疆卫官，大兴屯田”。“于是新疆九卫共设堡百有九，屯军八千九百三十户。”
这被称新疆的地区，历史上始终是我国的一部分。从西汉起，黔东南一带即属荆州武陵郡。唐朝设立应州，属于黔中道。宋代，这一带属于變州路。当时古州已是黔东南少数民族聚居的中心之一，属于务川县。元代，黔东南属湖广行省。明代属贵州。古州为黎平府所辖十三长官司之一。由上可知，黔东南地区自古以来属于中国是确实无疑的。
从地理位置看，黔东南在我国贵州省境内。贵州在广西、云南之北，离我国南部边界还隔着别的省分。相对来说，黔东南应该算作内地，它是中国固有的领土，这是不言而喻的。
雍正朝在西南各省推行“改土归流”的时候，也在黔东南苗族侗族聚居区设立新的行政机关， 由朝廷直接派官统治。同治十一年（公元一八七二年）五月，湖南巡抚王文韶奏摺说：雍正年间“创建六厅，曰古州（今榕江），曰台拱（今台江），曰清江（今剑河），曰都江（今三都水族自治县境），曰丹江（今雷山境），曰八寨（今丹寨），谓之新疆”。
清代在贵州省境内还有一个新疆。《贵州通志·前事志》记载，雍正八年（公元一七三O年）“十一月，（贵州）巡抚张广泗据升任学使徐本条奏，请设两游新疆义学。十一月，广泗言：上、下两游新疆，……宜设义学，以渐化导。于是立古州义学二，大小丹江、八寨、清江、旧施秉、安顺之摆贡、镇宁之威远汎各义学一”。“臣等复查上、下两游新辟各处，苗人种类不一。上游，附近安顺、镇宁地方则为仲苗。下游，附近都匀、镇远等地方则为黑苗，附近黎平一边之古州则为洞苗（对侗族的旧称)”。这里所说的“上、下两游新疆”，上游和下游并不属于同一条河流，而是一个在贵州西部高处，另一个在贵州东南部低处。条奏中的“仲苗”即仲家，是对布依族的旧称。由此可知贵州上游新疆在今安顺市和镇宁县附近一带，是布依族聚居区。
祖国西北的新疆，是清朝乾隆平定准噶尔部和回部（清代对新疆南部维吾尔族聚居区的称呼）大、小和卓之乱以后。《清高宗实录》第六O一卷记载：乾隆二十四年（公元一七五九年）十一月丙子日，“陕甘总督杨应琚遵旨议奏，新疆效用武职人数，……遇有辟展（今新疆鄯善县）等处 差务，陆续委用”。六一二卷，乾隆二十五年五月壬子日上谕：“……然现在新疆垦种，实无一劳民之事。……西陲定，回部悉平，朕之初念岂务为好大喜功，今亦不过辑其旧部，复其本业而已”。在乾隆四十九年（公元一七八四年）版和嘉庆重修版的《大清一统志》，则称为“西域新疆”。
因为“今之新疆即古西域”。实际上,“西域”这个地名，不但汉代以来一直沿用，并且在光绪九年（公元一八八三年）新疆建立行省以前，仍经常作为地名使用。乾隆朝编纂的地方志，以《钦定皇舆西域图志》为名。乾隆四十二年（公元一七七七年)成书的介绍该地区情况的著作，称《西域闻见录》。道光三年（公元一八二三年）刊印的当地地理名著，称《西域水道记》。清代思想家、文学家龚自珍著有《西域置行省议》（载于《定庵文集》中卷），另有朱逢甲也著《西域设行省议》一文（《小方壶斋舆地丛钞》第二峡）。他们都称建省以前的新疆为西域。
当时清政府把西域属于中国的历史，载入皇家编的当地第一部地方志《钦定皇舆西域图志》中。该书记载：西汉时统治整个西域的西域都护“理乌垒城，于西域为中，故治焉。至元帝置戊已二校尉，屯田车师前王庭。”东汉“班超遂定西域，因以超为都护，居龟兹（今新疆库车），复置戊已校尉，于是五十余国悉纳质内属。”这就是说早在两汉时期，西域就是由中国中央王朝派官直接管辖的地区。该书接着说：北魏时，西域“贡献者十有六国”。隋代“来朝者三十余国”，“置伊吾郡”。唐朝“更置安西都护府”，“统于阗、碎叶、疏勒、（龟兹），号四镇”，“后置北庭大都护”，“凡西域诸国内属，隶陇右道者为府五十一、州百九十八。”当时唐朝的政治和军事机关遍布西域各地。从五代起，“突厥、沙陀、乌孙、回鹘、黠戛斯、高昌、于阗诸部亦服属于辽”。这一时期西域主要属于我国北部的王朝——辽朝。到南宋时，西辽（辽朝在我国西部的延续）统治西域。“元太祖肇迹北方，荡平西域，尽以诸王、驸马为之君长。”于是整个西域成为元朝的一部分。明“设沙州、哈密、赤斤、罕东、阿端、曲先、安定诸卫。封哈密旧王昂克特穆尔为忠顺王，兄子托都袭诸国事。土尔番（吐鲁番）酋长也先后入贡。”《西域图志》对于历史的追溯虽然很不全面，但是已足可证明西域从古以来属于中国。
从西域新疆同国内其他新疆的对比来看，从乾隆朝到光绪初的一百多年间，西域和贵州的古州一带同时都称为新疆。
